mRNA-seq (NGS) b'ġenoma ta 'referenza

mRNA-seq (NGS) b'ġenoma ta 'referenza

RNA-seq hija għodda standard fix-xjenzi tal-ħajja u tal-għelejjel, li tnaqqas id-distakk bejn il-ġenomi u l-proteomi. Is-saħħa tagħha tinsab fl-iskoperta ta 'traskrizzjonijiet ġodda u tikkwantifika l-espressjoni tagħhom f'analiżi waħda. Huwa użat ħafna għal studji transcriptomic komparattivi, li jitfa 'dawl fuq ġeni relatati ma' diversi karatteristiċi jew fenotipi, bħall-paragun ta 'mutanti ma' tipi selvaġġi jew li jiżvelaw l-espressjoni tal-ġene taħt kondizzjonijiet speċifiċi. L-app BMKCloud mRNA (referenza) tintegra l-kwantifikazzjoni tal-espressjoni, analiżi tal-espressjoni differenzjali (DEG), u analiżi tal-istruttura tas-sekwenza fil-pipeline tal-bijoinformatika mRNA-seq (NGS) u amalgamates is-saħħiet ta 'softwer simili, li tiżgura konvenjenza u ħbiberija ta' l-utent. L-utenti jistgħu jtellgħu d-dejta tal-RNA-seq tagħhom fuq is-sħaba, fejn l-app toffri soluzzjoni komprensiva ta 'analiżi bijoinformatika one-stop. Barra minn hekk, tipprijoritizza l-esperjenza tal-klijent, u toffri operazzjonijiet personalizzati mfassla għall-bżonnijiet speċifiċi tal-utenti. L-utenti jistgħu jistabbilixxu parametri u jibagħtu l-missjoni tal-pipeline huma stess, jiċċekkjaw ir-rapport interattiv, jaraw dejta / dijagrammi u jtemmu l-minjieri tad-dejta, bħal: għażla tal-ġeni fil-mira, raggruppament funzjonali, dijagramma, eċċ.

Riżultati demo

Minjieri tad-dejta

Ħtieġa ta 'importazzjoni

Analiżi ewlenija

Referenza

Riżultati demo

Minjieri tad-dejta

Ħtieġa ta 'importazzjoni

Pjattaforma:Illumina, MGI
Strateġija:RNA-seq
Tqassim: Paried, data nadifa.
Tip ta 'Librerija:Fr-mhux stranded, Fr-Firststrand jew Fr-Secondstrand
Aqra t-tul:150 bp
Tip ta 'Fajl:* .fastq, * .fq, * .fastq.gz jew * .fq.gz. Is-sistema seawtomatikament iqabbad il-fajls .fastq skont l-ismijiet tal-fajls tagħhom,eż. * _1.fastq imqabbad ma '* ._ 2.fastq.
Numru ta 'kampjuni:M'hemm l-ebda restrizzjoni fuq in-numruta 'kampjuni, iżda l-ħin tal-analiżi se jiżdied bħala n-numru ta'Il-kampjuni jikbru.
Ammont tad-dejta rrakkomandat:6g kull kampjun

Analiżi ewlenija

L-analiżi ewlenija u l-għodod bijoinformatiċi ta 'mRNA-seq (referenza)Il-pipeline huwa kif ġej:

1. Kontroll tal-kwalità Rawdata:

• Tneħħija ta 'sekwenzi ta' kwalità baxxa, sekwenzi ta 'adapter,eċċ;

• Għodda: pipeline żviluppat in-house;

2. Allinjament tad-dejta għal ġenoma ta 'referenza:

• L-allinjament jaqra ma 'algoritmu konxju minn splice kontraġenoma ta 'referenza.

• Għodda:Hisat2, Samtools

3. Analiżi tal-kwalità tal-librerija:

• Daħħal analiżi tat-tul, analiżi tas-saturazzjoni tas-sekwenza, eċċ;

• Għodda:Samtools;

4. Analiżi tal-istruttura tas-sekwenza:

• Analiżi alternattiva ta 'splicing, ottimizzazzjoni tal-istruttura tal-ġeni,tbassir ġdid tal-ġeni, eċċ;

• Għodda:Stringtie, gffcompare, Gatk,Djamant, Interproscan, uHmmer.

5. Analiżi tal-espressjoni differenzjali:

• Screening DEG, analiżi ta 'ko-relazzjoni, funzjonaliarrikkiment;

•Riżultati varji ta 'viżwalizzazzjoni;

•Rma 'Segseq, DESEQ2, ggplot2, Dexseq

Referenza

1. Kim, Daehwan et al. “Allinjament tal-ġenoma bbażat fuq graff uĠenotipar ma 'Hisat2 u Hisat-Genotype. "NaturaBijoteknoloġija37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron et al. “L-Għodda tal-Analiżi tal-Ġenoma: AMapReduce Framework għall-analiżi tad-DNA tal-ġenerazzjoni li jmissDejta tas-sekwenzar. ”Riċerka tal-Ġenoma20 9 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng et al. “Il-format tas-sekwenza / l-allinjament tal-mappa uSamtools. ”Bijoinformatika25 (2009): 2078 - 2079.

4. Perțea, Mihaela et al. "Stringtie tjiebetIr-rikostruzzjoni ta 'traskrizzjoni mill-RNA-seq taqra. "NaturaBijoteknoloġija33 (2015): 290-295.

5. Love, Michael I. et al. “Stima moderata tal-bidla li tinja uDispersjoni għad-dejta RNA-seq ma 'DESEQ2. "ĠenomaBijoloġija15 (2014): n. pag.

6. Eddy, Sean R .. "Tfittxijiet tal-Profil Aċċellerat HMM."Plos Bijoloġija tal-Kompjuter7 (2011): n. pag.

mRNA-seq (NGS) b'ġenoma ta 'referenza

mRNA-seq (NGS) b'ġenoma ta 'referenza

Ikseb kwotazzjoni

Ibgħatilna l-messaġġ tiegħek: