Evoluzzjoni tal-ġenoma
PNAs
L-oriġini evoluzzjonarja u l-istorja tal-domestikazzjoni tal-ħut tal-ħut (Carassius auratus)
Pacbio | Illumina | Mappa tal-Ġenoma Bionano | Assemblea tal-Ġenoma Hi-C | Mappa ġenetika | Gwas | RNA-seq
Punti ewlenin
1. Il-ġenoma tal-ħut ġie aġġornat b'verżjoni ta 'assemblaġġ ta' kwalità għolja, li jankra 95.75% ta 'contigs f'50 psewdokromosomi (Scaffold N50 = 31.84 MB). Żewġ subġenomi ma ġewx maqtugħin.
2. Reġjuni ġenomiċi ta 'knis selettivi matul il-domestikazzjoni ġew identifikati minn dejta mill-ġdid ta' 201 individwi, li żvelat aktar minn 390 ġeni kandidati li x'aktarx huma assoċjati ma 'karatteristiċi ta' domestikazzjoni.
3.Gwas fuq xewka dorsali fil-ħut tal-ħut domestikat żvelat 378 ġene kandidat li potenzjalment assoċjati. Reporter tat-tyrosine-protein kinase ġie identifikat bħala ġene kawżali kandidat assoċjat mat-trasparenza
Sfond
Goldfish (Carassius auratus) huwa wieħed mill-aktar ħut imrobbi, li kienu domestikati mill-karpjun Crucian fiċ-Ċina tal-qedem. Huma ġew ikkummentati minn Charles Darwin bħala "jgħaddu minn diversità kważi infinita ta 'kulur, niltaqgħu mal-aktar modifiki straordinarji ta' struttura". Karatteristiċi estremament varji u storja twila ta 'domestikazzjoni u trobbija jagħmlu l-ħut tal-ħut sistema ġenetika eċċellenti għall-fiżjoloġija u l-evoluzzjoni tal-ħut.
Kisbiet
Ġenoma tal-ħut tal-ħut
JL-analiżi tal-ingwenti ta 'data ta' sekwenzar ta 'pacbio u Illumina par tirrendi assemblaġġ inizjali ta' 1.657 g (contig N50 = 474 kb). Mappa ottika Bionano ġiet iġġenerata u kkoreġut l-assemblaġġ fid-daqs ta '1.73 GB (daqs stmat tal-ġenoma: 1.8 GB). L-assemblaġġ ibbażat fuq Hi-C tejjeb aktar l-armar N50 minn 606 kb għal 31.84 MB u kiseb 95.75% (1.65 GB) orjentat u ordnat rata ta 'ankraġġ. Il-ġenoma tinkludi 56,251 ġeni tal-kodifikazzjoni u 10,098 traskrizzjoni twila li ma tikkodifikax. Barra minn hekk, 38 reġjun ċentromeriku potenzjali kienu mbassra minn 50 kromożomi.
Fig.1 Ġenoma tal-Ħut tad-Deheb
TĠew identifikati settijiet ċari ta 'subġenomi fil-50 kromożomi tal-ħut tal-ħut li rriżultaw minn avveniment ta' ibridizzazzjoni antika. Is-sett ta 'kromożomi bi proporzjon ogħla ta' qari allinjati bejn il-ħut tal-ħut u l-barbinae ġew definiti bħala subġenoma A (chra01 ~ a25), jiġifieri subġenoma komuni għal barbinae, u l-bqija bħala subġenoma B (CHRB01 ~ B25).
Domestikazzjoni u knis selettivi
ATotal ta '16 -il carps Crucian tat-tip selvaġġ u 185 varjanti rappreżentattivi tal-ħut tal-ħut kienu jerġgħu jibdew b'fond ta 'sekwenzar medju ta' madwar 12.5x, li jiġġeneraw 4.3 terabases tad-dejta. Ir-rikostruzzjoni filogenetika u l-analiżi tal-PCA kkonfermaw relazzjoni aktar mill-qrib bejn il-ħut komuni komuni u l-karpjun Crucian minn ħut ieħor, li din tal-aħħar tinqasam f'żewġ nisel.
LL-analiżi ta 'tħassir fuq erba' subpopolazzjonijiet appoġġat l-eżistenza ta 'konġestjoni ġenetika tal-popolazzjoni matul il-domestikazzjoni u għażla artifiċjali qawwija fil-ħut tal-ħut. Iż-żieda fid-diversità ġenetika (π) mill-karpjun Crucian għal ħut komuni aktar biex il-ħut tad-deheb u l-ħut tal-bajd indika akkumulazzjoni sinifikanti ta 'varjazzjonijiet ġenetiċi matul il-domestikazzjoni tagħhom. 50 reġjuni ġenomiċi selettivi tal-knis li jkopru 25.2 MB u 946 ġeni ġew identifikati minn dejta rappreżentattiva (33 ħut tal-ħut u 16-il ħażin Crucian). Analiżi li qed tespandi għal 201 individwi, 393 ġeni indikaw reġjuni ta 'knis selettiv komplut. Dawn il-ġeni nstabu ta 'diversità baxxa, li x'aktarx ikkontribwew għall-fenotipi assoċjati ma' karatteristiċi ta 'domestikazzjoni ewlenin fil-ħut tal-ħut.
Fig.3 Analiżi marbuta mal-ġenoma kollha
Gwas fuq ħut tal-ħut domestikat
DOrsal Fin hija karatteristika ewlenija li tiddistingwi l-ħut tal-ħut tal-bajd. GWAs ta 'xewka dorsali fuq 96 wen goldfish u 87 bajd tal-bajd żvelaw 378 ġene kandidati mifruxa ma' 13-il kromożomi u ġiet osservata distribuzzjoni irregolari ta 'dawn il-ġeni bejn is-subġenomi. Analiżi funzjonali fuq dawn il-ġeni kandidati enfasizzaw proċessi bijoloġiċi inklużi "sinjalazzjoni tar-riċetturi tal-wiċċ taċ-ċellula", "trasport transmembrane", "żvilupp tas-sistema skeletrika", eċċ.
Fig.4 GWAs ta 'xewka dorsali fuq ħut żgħir domestikat
IN GWAs ta 'karatteristiċi trasparenti relatati mal-iskala, ġiet osservata l-ogħla livell ta' assoċjazzjoni b'saħħitha. Ġen li jikkodifika riċettur ta 'proteina kinase ta' tyrosine ġie identifikat f'wieħed mir-reġjuni kandidati.
Fig.5 GWAs ta 'karatteristiċi relatati mal-iskala trasparenti
Referenza
CHen D et al. L-oriġini evoluzzjonarja u l-istorja tad-domestikazzjoni tal-ħut tal-ħut (Carassius auratus). PNAs (2020)
Aħbarijiet Għandha l-għan li taqsam l-aħħar każijiet ta 'suċċess ma' teknoloġiji tal-bijomarkatur, li taqbad kisbiet xjentifiċi ġodda kif ukoll tekniki prominenti applikati matul l-istudju.
Ħin ta 'wara: Jan-04-2022