Nanopore transcriptome ta 'tul sħiħ

Is-sekwenzar tat-traskrizzjoni tan-nanopore huwa metodu qawwi għas-sekwenzar ta 'CDNAs ta' tul sħiħ, li jidentifikaw u jikkwantifikaw b'mod preċiż l-isoformi tat-traskrizzjoni. Il-pipeline tat-traskriżomi tan-nanopore BMKCloud huwa ddisinjat biex janalizza dejta RNA-seq iġġenerata fuq il-pjattaforma tan-nanopore kontra ġenoma ta 'referenza annotata sew ta' kwalità għolja, li tipprovdi analiżi kwalitattiva u kwantitattiva kemm fil-ġene kif ukoll fil-livell tat-traskrizzjoni. Wara l-kontroll tal-kwalità, sekwenzi ta 'tul sħiħ mhux ċimeriċi (FLNC) huma miksuba u sekwenzi ta' kunsens huma mapep għall-ġenoma ta 'referenza biex jitneħħew traskrizzjonijiet żejda. Minn dan is-sett tat-traskrizzjoni, l-espressjoni hija kwantifikata u l-ġeni u t-traskrizzjonijiet espressi b'mod differenti huma identifikati u annotati funzjonalment. Il-pipeline jinkludi wkoll analiżi alternattiva tal-poliadenilazzjoni (APA), analiżi alternattiva tat-tagħqid, analiżi ta 'sekwenza sempliċi (SSR), tbassir ta' lncRNA u miri korrispondenti, tbassir ta 'sekwenzi ta' kodifikazzjoni (CDS), analiżi tal-familja tal-ġeni, analiżi tal-fattur ta 'traskrizzjoni, tbassir ta' ġeni ġodda u annotazzjoni funzjonali tat-traskrizzjonijiet.