mRNA-seq (NGS) – De novo

Is-sekwenzjar tal-mRNA jippermetti profil tat-traskrizzjonijiet tal-mRNA kollha fiċ-ċelloli taħt kundizzjonijiet speċifiċi u hija teknoloġija użata ħafna f'diversi oqsma ta 'riċerka. Il-pipeline BMKCloud De novo mRNA-seq huwa ddisinjat biex janalizza libreriji ta' sekwenzar arrikkit poly-A meta l-ebda ġenoma ta' referenza ma jkun disponibbli. Il-pipeline jibda bil-kontroll tal-kwalità, segwit minnde novoassemblaġġ ta 'traskrizzjoni u għażla ta' sett unigene. L-analiżi tal-istruttura unigene tbassar sekwenza ta' kodifikazzjoni (CDS) u ripetizzjonijiet ta' sekwenza sempliċi (SSR). Sussegwentement, l-analiżi tal-espressjoni differenzjali ssib ġeni espressi b'mod differenzjali (DEGs) fost il-kundizzjonijiet ittestjati, segwiti minn annotazzjoni funzjonali u arrikkiment ta 'DEGs biex jiġu estratti għarfien bijoloġiku.