Metaġenomika (NGS)

Il-metagenomics Shotgun b'Illumina hija għodda popolari għall-istudju tal-mikrobijomi billi tissekwenza direttament id-DNA minn kampjuni kumplessi, li tippermetti l-istudju tad-diversità kemm tassonomika kif ukoll funzjonali. Il-pipeline BMKCloud metagenomic (NGS) jibda bil-kontroll tal-kwalità u l-assemblaġġ tal-metagenome, li minnu l-ġeni huma mbassra u miġbura f'settijiet ta 'dejta mhux żejda li huma annotati għall-funzjoni u t-tassonomija bl-użu ta' databases multipli. Din l-informazzjoni tintuża biex tanalizza d-diversità tassonomika fi ħdan il-kampjun (diversità alfa) u d-diversità bejn il-kampjuni (diversità beta). L-analiżi differenzjali bejn il-gruppi ssib OTUs u funzjonijiet bijoloġiċi li jvarjaw bejn iż-żewġ gruppi billi jużaw kemm testijiet parametriċi kif ukoll mhux parametriċi, filwaqt li l-analiżi ta 'korrelazzjoni tirrelata dawn id-differenzi ma' fatturi ambjentali.