Assemblea tal-ġenoma bbażata fuq Hi-C
Hi-C huwa metodu ddisinjat biex jaqbad konfigurazzjoni tal-kromożomi billi jikkombina interazzjonijiet ibbażati fuq il-prossimità u sekwenzar ta 'throughput għoli. L-intensità ta 'dawn l-interazzjonijiet hija maħsuba li hija korrelata b'mod negattiv mad-distanza fiżika fuq il-kromożomi. Għalhekk, id-dejta Hi-C tintuża biex tiggwida l-raggruppament, l-ordni u l-orjentazzjoni ta 'sekwenzi mmuntati f'ġenoma ta' abbozz u li jankraw dawk fuq ċertu numru ta 'kromożomi. Din it-teknoloġija tagħti s-setgħa ta 'assemblaġġ tal-ġenoma fil-livell tal-kromożomi fin-nuqqas ta' mappa ġenetika bbażata fuq il-popolazzjoni. Kull ġenoma waħda teħtieġ Hi-C.
Karatteristiċi tas-servizz
● Sekwenzar fuq Illumina Novaseq ma 'PE150.
● Is-servizz jirrikjedi kampjuni tat-tessuti, minflok estratti aċidi nuklejiċi, biex jgħaqqdu ma 'formaldehyde u jikkonservaw l-interazzjonijiet DNA-proteina.
● L-esperiment Hi-C jinvolvi restrizzjoni u tiswija tat-tmiem tat-truf li jwaħħlu bil-bijotina, segwita miċ-ċirkolarizzazzjoni tat-truf ċatt li jirriżultaw waqt li tippreserva l-interazzjonijiet. Id-DNA imbagħad jinġibed 'l isfel bi żibeġ ta' streptavidin u ppurifikat għall-preparazzjoni sussegwenti tal-librerija.
Vantaġġi tas-Servizz
Ħarsa ġenerali lejn Hi-C
(Lieberman-Aiden e et al.,Xjenza, 2009)
●L-eliminazzjoni tal-ħtieġa għal dejta tal-popolazzjoni ġenetika:Hi-C tissostitwixxi l-informazzjoni essenzjali meħtieġa għall-ankraġġ ta 'Contig.
●Densità għolja tal-markatur:li jwassal għal proporzjon għoli ta 'ankraġġ ta' contig 'il fuq minn 90%.
●Kompetenza estensiva u rekords ta 'pubblikazzjoni:BMKGene għandu esperjenza vasta b'aktar minn 2000 każ ta 'assemblaġġ tal-ġenoma Hi-C minn 1000 speċi differenti u diversi privattivi. Aktar minn 200 każ ippubblikat għandhom fattur ta 'impatt akkumulattiv ta' aktar minn 2000.
●Tim tal-Bijoinformatika b'ħiliet għolja:Bil-privattivi tad-dar u s-softwer tad-drittijiet tal-awtur għal esperimenti Hi-C u analiżi tad-dejta, is-softwer tad-dejta tal-viżwalizzazzjoni żviluppata minnu nnifsu jippermetti li jiċċaqlaq blokki manwali, jinqaleb, jirrevoka u jerġa 'jibda.
●Appoġġ ta 'wara l-bejgħ:L-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta 'servizz ta' 3 xhur wara l-bejgħ. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza ta 'soluzzjoni ta' problemi, u sessjonijiet ta 'Q&A biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.
●Annotazzjoni komprensiva: Aħna nużaw databases multipli biex jannotaw funzjonalment il-ġeni b'varjazzjonijiet identifikati u nwettqu l-analiżi ta 'arrikkiment korrispondenti, li nipprovdu għarfien dwar proġetti ta' riċerka multipli.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
| Preparazzjoni tal-librerija | Strateġija ta 'sekwenzar | Output tad-dejta rrakkomandat | Kontroll tal-kwalità |
| Librerija Hi-C | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Rekwiżiti tal-kampjun
| Tessut | Ammont meħtieġ |
| Viscera tal-Annimali | ≥ 2 g |
| Muskolu tal-annimali | |
| Demm mammiferu | ≥ 2 ml |
| Demm tat-Tjur / Ħut | |
| Pjanti- werqa friska | ≥ 3 g |
| Ċelloli kkultivati | ≥ 1x107 |
| Insett | ≥ 2 g |
Fluss tax-xogħol tas-servizz
Disinn ta 'Esperiment
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-Dejta
Servizzi ta 'wara l-bejgħ
1) Data RAW QC
2) Librerija Hi-C QC: Stima ta 'Interazzjonijiet Hi-C validi
3) Assemblea Hi-C: Raggruppament ta 'Contigs fi Gruppi, segwit minn Ordni tal-Kontig f'kull grupp u Assenjazzjoni ta' Orjentazzjoni tal-Kontig
4) Evalwazzjoni Hi-C
HI-C Library QC - Stima ta 'pari ta' interazzjoni valida hi-C
Assemblea Hi-C - Statistika
Evalwazzjoni ta 'wara l-assemblaġġ - Heatmap ta' l-intensità tas-sinjal bejn il-bins
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi ta 'assemblaġġ Hi-C ta' BMKGene permezz ta 'kollezzjoni kkurata ta' pubblikazzjonijiet.
Tian, T. et al. (2023) "Assemblea tal-ġenoma u dissezzjoni ġenetika ta 'ġermoplasma ta' qamħirrum reżistenti għan-nixfa", Ġenetika tan-Natura 2023 55: 3, 55 (3), pp. 496-506. doi: 10.1038 / s41588-023-01297-y.
Wang, Zl et al. (2020) "Assemblea fuq skala tal-kromożomi tal-Ġenoma ta 'l-Ażja Apis Cerana", Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. Doi: 10.3389 / fgene.2020.00279 / bibtex.
Zhang, F. et al. (2023) "L-evoluzzjoni li tiżvela tal-bijosintesi ta 'alkaloid tat-tropan billi tanalizza żewġ ġenomi fil-familja Solanaceae", Nature Communications 2023 14: 1, 1, 14 (1), pp. 1-18. doi: 10.1038 / s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) "Ġenomi tas-Siġra tal-Banyan u l-Wasp tal-Pollinatur jipprovdu għarfien dwar il-koevoluzzjoni tat-tin-wasp", Cell, 183 (4), pp. 875-889.E17. doi: 10.1016 / j.cell.2020.09.043
