Exclusive Agency for Korea

Bmkcloud log in

Prodotti

Interazzjoni tal-kromatina bbażata fuq Hi-C

Hi-C huwa metodu ddisinjat biex jaqbad konfigurazzjoni ġenomika billi jikkombina interazzjonijiet ibbażati fuq il-prossimità u sekwenzar ta 'throughput għoli. Il-metodu huwa bbażat fuq il-crosslinking tal-kromatina bil-formaldehyde, segwit minn diġestjoni u ligazzjoni mill-ġdid b'mod li l-frammenti biss li huma marbuta b'mod kovalenti jiffurmaw prodotti ta 'ligazzjoni. Billi sekwenzar dawn il-prodotti ta 'ligation, huwa possibbli li tiġi studjata l-organizzazzjoni 3D tal-ġenoma. Hi-C tippermetti li tistudja d-distribuzzjoni tal-porzjonijiet tal-ġenoma li huma ppakkjati ħafif (kompartimenti, ewkromatin) u aktar probabbli li jkunu attivi traskrizzjonalment, u r-reġjuni li huma ppakkjati b'mod aktar strett (kompartimenti B, heterochromatin). Hi-C tista 'tintuża wkoll biex tidentifika oqsma assoċjati topoloġikament (TADs), reġjuni tal-ġenoma li għandhom strutturi mitwija u x'aktarx ikollhom xejriet ta' espressjoni simili, u biex jidentifikaw linji tal-kromatina, reġjuni tad-DNA li huma ankrati flimkien mill-proteini u li huma ħafna drabi arrikkiti fl-elementi regolatorji. Is-servizz ta 'sekwenzar Hi-C ta' BMKGene jagħti s-setgħa lir-riċerkaturi biex jesploraw id-dimensjonijiet spazjali tal-ġenomika, jiftħu toroq ġodda biex jifhmu r-regolazzjoni tal-ġenoma u l-implikazzjonijiet tiegħu fis-saħħa u l-mard.

Ikkuntattjana

Dettalji tas-Servizz

Bijoinformatika

Riżultati demo

Pubblikazzjonijiet dehru

Karatteristiċi tas-servizz

● Sekwenzar fuq Illumina Novaseq ma 'PE150.

● Is-servizz jirrikjedi kampjuni tat-tessuti, minflok estratti aċidi nuklejiċi, biex jgħaqqdu ma 'formaldehyde u jikkonservaw l-interazzjonijiet DNA-proteina.

● L-esperiment Hi-C jinvolvi restrizzjoni u tiswija tat-tmiem tat-truf li jwaħħlu bil-bijotina, segwita miċ-ċirkolarizzazzjoni tat-truf ċatt li jirriżultaw waqt li tippreserva l-interazzjonijiet. Id-DNA imbagħad jinġibed 'l isfel bi żibeġ ta' streptavidin u ppurifikat għall-preparazzjoni sussegwenti tal-librerija.

Vantaġġi tas-Servizz

●Disinn ta 'Enżima ta' Restrizzjoni Ottimali: Biex tiżgura effiċjenza Hi-C għolja fuq speċi differenti b'madwar ta 'bejn 93% ta' interazzjoni validi.

●Kompetenza estensiva u rekords ta 'pubblikazzjoni:BMKGene għandu esperjenza vasta bi> 2000 proġetti ta 'sekwenzar Hi-C minn 800 speċi differenti u diversi privattivi. Aktar minn 100 każ ippubblikati b'fattur ta 'impatt akkumulattiv ta' aktar minn 900.

●Tim tal-bijoinformatika b'ħiliet għolja:bi privattivi interni u drittijiet tal-awtur tas-softwer għal esperimenti Hi-C u analiżi tad-dejta u softwer tad-dejta tal-viżwalizzazzjoni żviluppata minnu nnifsu.

●Appoġġ ta 'wara l-bejgħ:L-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta 'servizz ta' 3 xhur wara l-bejgħ. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza ta 'soluzzjoni ta' problemi, u sessjonijiet ta 'Q&A biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.

●Annotazzjoni komprensiva: Aħna nużaw databases multipli biex jannotaw funzjonalment il-ġeni b'varjazzjonijiet identifikati u nwettqu l-analiżi ta 'arrikkiment korrispondenti, li nipprovdu għarfien dwar proġetti ta' riċerka multipli.

Speċifikazzjonijiet tas-Servizz

Librerija

Strateġija ta 'sekwenzar

Output tad-dejta rrakkomandat

Riżoluzzjoni tas-sinjal Hi-C

Librerija Hi-C

Illumina PE150

Loop tal-kromatina: 150x

Tad: 50x

Loop tal-kromatina: 10kb

Tad: 40kb

Rekwiżiti tas-Servizz

Tip ta 'kampjun	Ammont meħtieġ
Tessut tal-annimali	≥2g
Demm sħiħ	≥2ml
Fungi	≥1g
Tessut żagħżugħ tal-pjanti	1g / alikwot, 2-4 alikwoti rakkomandati
Ċelloli kkultivati	≥1x10⁷

Preċedenti: Kit RNA tal-pjanta manjetika intelliġenti tguide

Li jmiss: DNBSEQ libreriji magħmula minn qabel

Tinkludi l-analiżi li ġejja:

● QC tad-dejta mhux maħduma;

● Immappjar u Librerija Hi-C QC: pari ta 'interazzjoni valida u esponenti ta' tħassir ta 'interazzjoni (IDEs);

● Profil ta 'interazzjoni mal-ġenoma: Analiżi CIS / trans u mappa ta' interazzjoni Hi-C;

● Analiżi tad-distribuzzjoni tal-kompartiment A / B;

● Identifikazzjoni ta 'TADs u linji tal-kromatina;

● Analiżi differenzjali fuq elementi ta 'struttura tal-kromatina 3D fost kampjuni u annotazzjoni funzjonali korrispondenti ta' ġeni assoċjati.

CIS u distribuzzjoni tal-proporzjon trans

Heatmap ta 'interazzjonijiet kromożomiċi bejn kampjuni

Distribuzzjoni tal-ġenoma tal-kompartimenti A / B

Distribuzzjoni kollha tal-ġenoma tal-linji tal-kromatina

Viżwalizzazzjoni ta 'TADs

Esplora l-avvanzi tar-riċerka ffaċilitati mis-servizzi ta 'sekwenzar Hi-C ta' BMKGene permezz ta 'kollezzjoni kkurata ta' pubblikazzjonijiet.

Meng, T. et al. (2021) "Analiżi Multi-OMICS Integrata Komparattiva tidentifika CA2 bħala mira ġdida għal Chordoma",Neuro-onkoloġija, 23 (10), pp. 1709-1722. doi: 10.1093 / neuonc / noab156.

Xu, L. et al. (2021) "Disorganizzazzjoni 3D u rranġament mill-ġdid tal-ġenoma jipprovdu għarfien dwar il-patoġenesi ta 'NAFLD permezz ta' sekwenzar integrat ta 'Hi-C, nanopore u RNA",Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), pp. 3150–3164. doi: 10.1016 / j.apsb.2021.03.022.