Analiżi tal-assoċjazzjoni mal-ġenoma kollha
Fluss tax-xogħol
Vantaġġi tas-Servizz
●Kompetenza estensiva u rekords ta 'pubblikazzjoni: B'esperjenza akkumulata fil-GWAS, BMKGene temm mijiet ta 'proġetti ta' speċi fir-riċerka tal-popolazzjoni GWAS, riċerkaturi assistiti biex jippubblikaw aktar minn 100 artiklu, u l-fattur ta 'impatt kumulattiv laħaq il-500.
● Analiżi komprensiva tal-bijoinformatika: Il-fluss tax-xogħol jinkludi analiżi ta 'assoċjazzjoni ta' trattament SNP, twassil ta 'sett ta' ġeni kandidati u l-annotazzjoni funzjonali korrispondenti tagħhom.
●Tim tal-bijoinformatika b'ħiliet għolja u ċiklu ta 'analiżi qasira: B'esperjenza kbira fl-analiżi tal-ġenomika avvanzata, it-tim ta 'BMKGene jagħti analiżi komprensivi bi żmien ta' bidla rapida.
●Appoġġ ta 'wara l-bejgħ:L-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta 'servizz ta' 3 xhur wara l-bejgħ. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza ta 'soluzzjoni ta' problemi, u sessjonijiet ta 'Q&A biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.
Speċifikazzjonijiet u Rekwiżiti tas-Servizz
| Tip ta 'sekwenzar | Skala tal-Popolazzjoni Rakkomandata | Strateġija ta 'sekwenzar | Rekwiżiti tan-nukleotidi |
| Sekwenzar tal-ġenoma sħiħ | 200 kampjun | 10x | Konċentrazzjoni: ≥ 1 ng / µl Ammont totali≥ 30ng Limitat jew l-ebda degradazzjoni jew kontaminazzjoni |
| Framment amplifikat speċifiku-lokus (SLAF) | Fond tat-Tag: 10x Numru ta 'tikketti: <400 MB: WGS huwa rrakkomandat <1GB: 100K Tags 1GB > 2GB: 300K Tags Tags Max 500K | Konċentrazzjoni ≥ 5 ng / µl Ammont totali ≥ 80 ng Nanodrop OD260 / 280 = 1.6-2.5 Agarose Gel: NO jew degradazzjoni jew kontaminazzjoni limitata
|
Għażla tal-materjal
Varjetajiet differenti, sottospeċi, Landraces / Genebanks / Familji Mħallta / Riżorsi Selvaġġi
Varjetajiet differenti, sottospeċi, Landraces
Familja nofs-sib / familja full-sib / riżorsi selvaġġi
Fluss tax-xogħol tas-servizz
Disinn ta 'Esperiment
Kunsinna tal-kampjun
Estrazzjoni tal-RNA
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-Dejta
Servizzi ta 'wara l-bejgħ
Tinkludi l-analiżi li ġejja:
- Analiżi tal-Assoċjazzjoni kollha tal-Ġenoma: LM, LMM, Emmax, Mudell Fastlmm
- Annotazzjoni funzjonali tal-ġeni kandidati
Analiżi tal-Assoċjazzjoni SNP-Trait - Manhattan Plot
Analiżi tal-Assoċjazzjoni SNP-Trait - QQ Plot
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi de gwas ta 'BMKGene permezz ta' kollezzjoni kkurata ta 'pubblikazzjonijiet:
LV, L. et al. (2023) "Ħarsa fil-bażi ġenetika tat-tolleranza tal-ammonja fil-leħja sinonovacula kostricta minn studju ta 'assoċjazzjoni mal-ġenoma",Akkwakultura, 569, p. 739351. Doi: 10.1016 / j.aquaculture.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) "Analiżijiet multi-omics ta '398 adeżjonijiet tal-millieġ foxtail jiżvelaw reġjuni ġenomiċi assoċjati ma' domestikazzjoni, karatteristiċi ta 'metaboliti, u effetti anti-infjammatorji",Impjant molekulari, 15 (8), pp. 1367–1383. doi: 10.1016 / j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) "Assoċjazzjoni tal-Ġenoma Mapep ta 'Hulless bilkemm fenotipi f'ambjent ta' nixfa",Frontiers fix-Xjenza tal-Pjanti, 13, p. 924892. Doi: 10.3389 / fpls.2022.924892 / bibtex.
Zhao, X. et al. (2021) "GMST1, li jikkodifika sulfotransferase, jagħti reżistenza għal razez tal-virus tal-mużajk tas-sojja G2 u G3",Pjanti, Ċellula u Ambjent, 44 (8), pp. 2777-2792. doi: 10.1111 / pce.14066.
