Assemblea tal-ġenoma fungali de novo
BMKGene joffri soluzzjonijiet versatili għal ġenomi fungali, catering għal ħtiġijiet ta 'riċerka differenti u kompletezza mixtieqa tal-ġenoma. L-użu ta 'sekwenzar ta' Illumina li jinqara qasir waħdu jippermetti l-ġenerazzjoni ta 'abbozz ta' ġenoma. Il-qari qasir u s-sekwenzar ta 'qari fit-tul bl-użu ta' nanopore jew pacbio huma kkombinati għal ġenoma fungali aktar raffinata b'kontigs itwal. Barra minn hekk, l-integrazzjoni ta 'sekwenzar ta' Hi-C ittejjeb aktar il-kapaċitajiet, li tippermetti l-kisba ta 'ġenoma ta' livell ta 'kromożomi kompluta.
Karatteristiċi tas-servizz
Bi tliet għażliet possibbli minn fejn jagħżlu skont il-grad mixtieq tal-kompletezza tal-ġenoma:
● Abbozz tal-Ġenoma Għażla: Sekwenzar ta 'qari qasir ma' Illumina Novaseq PE150.
● Għażla tal-ġenoma fina fungali:
Stħarriġ tal-Ġenoma: Illumina Novaseq PE150.
Assemblea tal-Ġenoma: Pacbio Revio (Hifi Reads) jew Nanopore Promethion 48.
● Ġenoma fungali fil-livell tal-kromożomi:
Stħarriġ tal-Ġenoma: Illumina Novaseq PE150.
Assemblea tal-Ġenoma: Pacbio Revio (Hifi Reads) jew Nanopore Promethion 48.
Ankra tal-kontig ma 'assemblaġġ Hi-C.
Vantaġġi tas-Servizz
●Strateġiji ta 'sekwenzar multipli disponibbli: Għal għanijiet u rekwiżiti ta 'riċerka differenti tal-kompletezza tal-ġenoma
●Fluss tax-xogħol tal-bijoinformatika kompluta:Dan jinkludi l-assemblaġġ tal-ġenoma u l-previżjoni ta 'elementi ġenomiċi multipli, annotazzjoni funzjonali tal-ġeni, u ankraġġ ta' contig.
●Kompetenza estensiva: B'aktar minn 12,000 ġenomi mikrobjali mmuntati, aħna nġibu aktar minn għaxar snin ta 'esperjenza, tim ta' analiżi b'ħiliet għolja, kontenut komprensiv, u appoġġ eċċellenti ta 'wara l-bejgħ.
●Appoġġ ta 'wara l-bejgħ:L-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta 'servizz ta' 3 xhur wara l-bejgħ. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza ta 'soluzzjoni ta' problemi, u sessjonijiet ta 'Q&A biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
| Servizz | Strateġija ta 'sekwenzar | Kontroll tal-kwalità |
| Abbozz tal-ġenoma | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Ġenoma fina | Stħarriġ tal-Ġenoma: Illumina PE150 50 x Assemblea: Pacbio Hifi 30x jew Nanopore 100x | Contig N50 ≥1MB （Pacbio Uniċellulari） Contig N50 ≥2MB （ONT Uniċellulari） Contig N50 ≥500kb （Oħrajn） |
| Ġenoma fil-livell tal-kromożomi | Stħarriġ tal-Ġenoma: Illumina PE150 50 x Assemblea: Pacbio Hifi 30x jew Nanopore 100x Assemblea Hi-C 100x | Proporzjon tal-Ankraġġ tal-Kontig> 90%
|
Rekwiżiti tas-Servizz
| Konċentrazzjoni (ng / µl) | Ammont totali (µg) | Volum (µL) | OD260 / 280 | OD260 / 230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Fungu uniċellulari: ≥3.5x1010 ċelloli
Fungu makro: ≥10 g
Fluss tax-xogħol tas-servizz
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-Dejta
Servizzi ta 'wara l-bejgħ
Tinkludi l-analiżi li ġejja:
Stħarriġ tal-Ġenoma:
- Sekwenzar tal-Kontroll tal-Kwalità tad-Dejta
- Stima tal-ġenoma: daqs, heterozygosity, elementi ripetittivi
Assemblea tal-ġenoma fina:
- Sekwenzar tal-Kontroll tal-Kwalità tad-Dejta
- De novoAssemblaġġ
- Analiżi tal-Komponenti tal-Ġenoma: Tbassir ta 'CDs u elementi ġenomiċi multipli
- Annotazzjoni funzjonali b'diversi bażijiet ta 'dejta ġenerali (GO, KEGG, eċċ.) U databases avvanzati (karta, VFDB, eċċ.)
Assemblea Hi-C:
- Valutazzjoni tal-librerija Hi-C.
- Kontigs li jankraw raggruppament, ordni u orjentazzjoni
- Evalwazzjoni tal-Assemblea Hi-C: Ibbażat fuq Ġenoma ta 'Referenza u Mappa tas-Sħana
Stħarriġ tal-Ġenoma: Distribuzzjoni K-Mer
Assemblea tal-Ġenoma: Annotazzjoni Omologa tal-Ġene (Database NR)
Assemblea tal-Ġenoma: Annotazzjoni tal-Ġene Funzjonali (GO)
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi ta 'assemblaġġ tal-ġenoma fungali ta' BMKGene permezz ta 'kollezzjoni kkurata ta' pubblikazzjonijiet.
Hao, J. et al. (2023) "Profil Omic Integrat tal-Faqqiegħ Mediċinali Inonotus Obliquus f'Kondizzjonijiet Mgħaddsa",BMC Genomics, 24 (1), pp. 1–12. doi: 10.1186 / s12864-023-09656-z / figuri / 3.
Lu, L. et al. (2023) "Is-sekwenzar tal-ġenoma jiżvela l-evoluzzjoni u l-mekkaniżmi patoġeniċi tal-qamħ li jaqtgħu patoġen tar-rizoctonia cerealis",Il-Ġurnal tal-Ħxejjex, 11 (2), pp. 405–416. doi: 10.1016 / j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) "Ir-Riżorsi tal-Ġenoma għal Erba 'Speċi ta' ClariReedia li Jikkawżaw Dollaru Spot fuq Turfgrasses Diversi",Mard tal-pjanti, 107 (3), pp. 929–934. doi: 10.1094 / PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) "Evidenza ġenetika u molekulari ta 'sistema ta' tgħammir tetrapolari fil-faqqiegħ li jittiekel grifola frondosa",Ġurnal tal-Fungi, 9 (10), p. 959. Doi: 10.3390 / jof9100959 / s1.
