Sekwenzjar ta 'mRNA full-full nanopore
Karatteristiċi
● Qbid ta 'Poly-A mRNA segwit minn sintesi ta' cDNA u preparazzjoni tal-librerija
● Sekwenzar tat-traskrizzjonijiet tat-tul sħiħ
● Analiżi bijoinformatika bbażata fuq allinjament ma 'ġenoma ta' referenza
● Analiżi bijoinformatika tinkludi mhux biss espressjoni fil-ġene u fil-livell tal-isoform iżda wkoll analiżi ta 'lncRNA, fużjonijiet tal-ġeni, poli-adenilazzjoni u struttura tal-ġeni
Vantaġġi tas-Servizz
●Kwantifikazzjoni ta 'espressjoni fil-livell ta' isoform: tippermetti analiżi tal-espressjoni dettaljata u preċiża, li tikxef bidla li tista 'tkun mgħottija meta tiġi analizzata l-espressjoni tal-ġene kollha
●Talbiet imnaqqsa tad-dejta:Meta mqabbel mas-sekwenzar tal-ġenerazzjoni li jmiss (NGS), is-sekwenzar tan-nanopore juri rekwiżiti ta 'dejta aktar baxxi, li jippermettu livelli ekwivalenti ta' saturazzjoni ta 'kwantifikazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni b'data iżgħar.
●Eżattezza ogħla tal-kwantifikazzjoni tal-espressjoni: kemm fil-livell tal-ġene kif ukoll tal-isoform
●Identifikazzjoni ta 'informazzjoni traskriptomika addizzjonali: poliadenilazzjoni alternattiva, ġeni tal-fużjoni u lcnRNA u l-ġeni fil-mira tagħhom
●Kompetenza estensiva: It-tim tagħna jġib rikkezza ta 'esperjenza għal kull proġett, wara li temm aktar minn 850 Nanopore proġett ta' traskrizzjoni sħiħa u pproċessat aktar minn 8,000 kampjun.
●Appoġġ ta 'wara l-bejgħ: L-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta 'servizz ta' 3 xhur wara l-bejgħ. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza ta 'soluzzjoni ta' problemi, u sessjonijiet ta 'Q&A biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.
Rekwiżiti tal-kampjun u kunsinna
| Librerija | Strateġija ta 'sekwenzar | Dejta rakkomandata | Kontroll tal-kwalità |
| Poly A arrikkit | Illumina PE150 | 6/12 GB | Punteġġ medju tal-kwalità: Q10 |
Rekwiżiti tal-Kampjun:
Nukleotidi:
| Conc. (Ng / μl) | Ammont (μg) | Purità | Integrità |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Kontaminazzjoni limitata jew l-ebda proteina jew DNA murija fuq ġel. | Għall-pjanti: Rin≥7.0; Għall-annimali: Rin≥7.5; 5.0≥28s / 18S≥1.0; Limitu jew l-ebda elevazzjoni tal-linja bażi |
● Pjanti:
Għerq, zokk jew petal: 450 mg
Werqa jew żerriegħa: 300 mg
Frott: 1.2 g
● Animal:
Qalb jew Intestina: 300 mg
Viscera jew moħħ: 240 mg
Muskolu: 450 mg
Għadam, Xagħar jew Ġilda: 1G
● Artropodi:
Insetti: 6g
Crustacea: 300 mg
● demm sħiħ: 1 tubu
● ċelloli: 106 ċelloli
Twassil tal-kampjun rakkomandat
Kontenitur: 2 ml centrifuge tubu (fojl tal-landa mhux irrakkomandat)
Tikkettar tal-kampjun: Grupp + replika eż. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Ġarr:
1. Silġ niexef: Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu ppakkjati f'boroż u midfuna f'iklejka niexfa.
2. Tubi Rnastable: Kampjuni ta 'l-RNA jistgħu jitnixxfu fit-tubu ta' stabbilizzazzjoni ta 'RNA (eż. RNastable®) u mibgħuta fit-temperatura tal-kamra.
Fluss tax-xogħol tas-servizz
Nukleotidi:
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-Dejta
Servizzi ta 'wara l-bejgħ
Fluss tax-xogħol tas-servizz
Tessut:
Disinn ta 'Esperiment
Kunsinna tal-kampjun
Estrazzjoni tal-RNA
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-Dejta
Servizzi ta 'wara l-bejgħ
● Ipproċessar tad-dejta mhux maħdum
● Identifikazzjoni tat-traskrizzjoni
● Splicing alternattiv
● Kwantifikazzjoni tal-espressjoni fil-livell tal-ġeni u l-livell ta 'isoform
● Analiżi tal-espressjoni differenzjali
● Funzjoni ta 'annotazzjoni u arrikkiment (degs u dets)
Analiżi alternattiva ta 'splicing
Analiżi Alternattiva tal-Poliadenilazzjoni (APA)
Tbassir tal-lncRNA
Annotazzjoni ta 'ġeni ġodda
Raggruppament ta 'Dets
Netwerks ta 'proteina-proteina fid-DEGs
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi ta 'sekwenzar ta' mRNA tan-nanopore ta 'BMKGene permezz ta' kollezzjoni kkurata ta 'pubblikazzjonijiet.
Gong, B. et al. (2023) "Attivazzjoni epigenetika u traskrizzjonali tal-kinase sekrezzjonali FAM20C bħala onkogene fil-glioma", Journal of Genetics and Genomics, 50 (6), pp. 422-433. doi: 10.1016 / j.jgg.2023.01.008.
Hu, Z. et al. (2023) "Sekwenzar ta 'traskriżomi ta' tul sħiħ ta 'limfoċiti jirrispondu għal IFN-γ jiżvela rispons immuni mkebbeb Th1 fil-barbun (Paralichthys Olivaceus)", Immunoloġija tal-Ħut u tal-Misshis, 134, p. 108636. Doi: 10.1016 / j.fsi.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) "Analiżi komparattiva ta 'metodi ta' sekwenzar ta 'PACBIO u ONT RNA għal Nemopilema Nomurai Venom Identifikazzjoni", Genomics, 115 (6), p. 110709. Doi: 10.1016 / j.ygeno.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) "L-analiżi nano-seq tiżvela tendenza funzjonali differenti bejn l-eżosomi u l-mikrovesikli derivati minn HUMSC", riċerka u terapija taċ-ċelloli staminali, 14 (1), pp. 1-13. doi: 10.1186 / s13287-023-03491-5 / tabelli / 6.
