Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Idħol

Prodotti

Ġenetika Evoluttiva

Evolutionary Genetics huwa servizz ta' sekwenzar komprensiv iddisinjat biex joffri interpretazzjoni insightful tal-evoluzzjoni fi ħdan grupp kbir ta' individwi, ibbażata fuq varjazzjonijiet ġenetiċi, inklużi SNPs, InDels, SVs, u CNVs. Dan is-servizz jiġbor fih l-analiżi essenzjali kollha meħtieġa biex jiġu spjegati l-bidliet evoluzzjonarji u l-karatteristiċi ġenetiċi tal-popolazzjonijiet, inklużi valutazzjonijiet tal-istruttura tal-popolazzjoni, id-diversità ġenetika u r-relazzjonijiet filoġenetiċi. Barra minn hekk, jidħol fi studji dwar il-fluss tal-ġeni, li jippermetti stimi tad-daqs effettiv tal-popolazzjoni u l-ħin tad-diverġenza. Studji evoluzzjonarji tal-ġenetika jagħtu għarfien siewi dwar l-oriġini u l-adattamenti tal-ispeċi.

F'BMKGENE, noffru żewġ toroq għat-twettiq ta 'studji tal-ġenetika evoluzzjonarja fuq popolazzjonijiet kbar: l-użu ta' sekwenzar tal-ġenoma sħiħ (WGS) jew l-għażla ta 'metodu ta' sekwenzar tal-ġenoma ta 'rappreżentazzjoni mnaqqsa, il-Framment Ammplifikat tal-Locus Speċifiku (SLAF) żviluppat internament. Filwaqt li WGS jaqbel ma 'ġenomi iżgħar, SLAF joħroġ bħala alternattiva kosteffettiva għall-istudju ta' popolazzjonijiet akbar b'ġenomi itwal, li jimminimizzaw b'mod effettiv l-ispejjeż tas-sekwenzjar.

Ikkuntattjana

Dettalji tas-Servizz

Bijoinformatika

Riżultati Demo

Pubblikazzjonijiet dehru

Vantaġġi tas-Servizz

Takagi et al.,Il-ġurnal tal-pjanti, 2013

●Analiżi bijoinformatika komprensiva:li tippermetti l-istima tad-diversità ġenetika, li tirrifletti l-potenzjal evoluzzjonarju tal-ispeċi, u tiżvela relazzjoni filoġenetika affidabbli bejn l-ispeċi b'influwenza minimizzata ta 'evoluzzjoni konverġenti u evoluzzjoni parallela

●Analiżi personalizzata fakultattiva: bħall-istima tal-ħin u l-veloċità tad-diverġenza bbażati fuq varjazzjonijiet fil-livell tan-nukleotidi u l-aċidi amminiċi.

●Kompetenza estensiva u rekords ta' pubblikazzjoni: BMKGene akkumula esperjenza massiva fi proġetti tal-popolazzjoni u tal-ġenetika evoluzzjonarja għal aktar minn 15-il sena, li tkopri eluf ta 'speċi, eċċ. u kkontribwixxa għal aktar minn 1000 proġett ta' livell għoli ppubblikati f'Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, eċċ.

● Tim tal-bijoinformatika b'ħiliet kbar u ċiklu qasir ta' analiżi: b'esperjenza kbira fl-analiżi tal-ġenomika avvanzata, it-tim ta 'BMKGene jagħti analiżi komprensivi b'ħin ta' tibdil rapidu.

● Appoġġ ta' wara l-bejgħ:L-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta 'servizz ta' wara l-bejgħ ta '3 xhur. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza għas-soluzzjoni tal-problemi, u sessjonijiet ta’ Q&A biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.

Speċifikazzjonijiet u rekwiżiti tas-servizz

Tip ta' sekwenzar

Skala tal-popolazzjoni rakkomandata

Strateġija ta' sekwenzar

Rekwiżiti tan-nukleotide

Sekwenzar tal-Ġenoma Sħiħ

≥ 30 individwu, b'≥ 10 individwi minn kull sottogrupp

10x

Konċentrazzjoni: ≥ 1 ng/ µL

Total ammont≥ 30ng

Degradazzjoni jew kontaminazzjoni limitata jew l-ebda

Framment Amplifikat tal-Locus Speċifiku (SLAF)

Fond tat-tikketta:

10x

Numru ta' tikketti:

<400 Mb: WGS huwa rakkomandat

<1Gb: 100K tags

1Gb

> 2Gb: 300K tikketti

Max 500k tags

Konċentrazzjoni ≥ 5 ng/µL

Ammont totali ≥ 80 ng

Nanodrop OD260/280 = 1.6-2.5

Ġel tal-agarose: l-ebda degradazzjoni jew kontaminazzjoni limitata jew limitata

Fluss tax-Xogħol tas-Servizz

Disinn tal-esperimenti

Kunsinna tal-kampjun

Kostruzzjoni ta' librerija

Sekwenzar

Analiżi tad-dejta

Servizzi ta’ wara l-bejgħ

Preċedenti: Analiżi Segregant bulked

Li jmiss: Metabolomika

Is-servizz jinkludi analiżi tal-istruttura tal-popolazzjoni (siġra filoġenetika, PCA, chart tal-istratifikazzjoni tal-popolazzjoni), id-diversità tal-popolazzjoni, u l-għażla tal-popolazzjoni (diżbilanċ tal-konnessjoni, għażla selettiva tal-knis ta 'siti vantaġġużi). Is-servizz jista' jinkludi wkoll analiżi personalizzata (eż. ħin ta' diverġenza, fluss tal-ġeni).

*Riżultati demo murija hawn huma kollha minn ġenomi ppubblikati b'BMKGENE

1.L-analiżi tal-evoluzzjoni fiha kostruzzjoni ta 'siġra filoġenetika, struttura tal-popolazzjoni u PCA bbażati fuq varjazzjonijiet ġenetiċi.

Is-siġra filoġenetika tirrappreżenta relazzjonijiet tassonomiċi u evoluzzjonarji fost speċi b'antenat komuni.
Il-PCA għandha l-għan li tara l-qrubija bejn is-sotto-popolazzjonijiet.
L-istruttura tal-popolazzjoni turi l-preżenza ta 'sotto-popolazzjoni ġenetikament distinta f'termini ta' frekwenzi alleli.

3-1Filoġenetika-siġra 3-2PCA 3-3Popolazzjoni-struttura

Chen, et. al.,PNAS, 2020

2.Knis selettiv

Sweep selettiv tirreferi għal proċess li bih jintgħażel sit vantaġġuż u jiżdiedu l-frekwenzi ta' siti newtrali konnessi u dawk ta' siti mhux konnessi jitnaqqsu, li jirriżulta fi tnaqqis ta' reġjonali.

Is-sejbien tal-ġenoma kollu fuq reġjuni ta' knis selettiv jiġi pproċessat billi jiġi kkalkulat l-indiċi ġenetiku tal-popolazzjoni (π，Fst, Tajima's D) tal-SNPs kollha f'tieqa li tiżżerżaq (100 Kb) f'ċertu pass (10 Kb).

Id-diversità tan-nukleotide (π)
4Nukleotide-diversità (π)

Tajima's D
5Tajima's-D

Indiċi ta' fissazzjoni (Fst)

6 Indiċi ta' fissazzjoni (Fst)

Wu, et. al.,Impjant Molekulari, 2018

3.Fluss tal-Ġene

7 Ġene-fluss

Wu, et. al.,Impjant Molekulari, 2018

4.Storja demografika

8Storja-demografika

Zhang, et. al.,Natura Ekoloġija & Evoluzzjoni, 2021

5.Ħin tad-diverġenza

9Diverġenza-ħin

Zhang, et. al.,Natura Ekoloġija & Evoluzzjoni, 2021

Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi tal-ġenetika evoluzzjonarja ta' BMKGene permezz ta' kollezzjoni kkurata ta' pubblikazzjonijiet:

Hassanyar, AK et al. (2023) 'Skoperta ta' Markers Molekulari SNP u Ġeni Kandidati Assoċjati mar-Reżistenza għall-Virus Sacbrood f'Larva ta' Apis cerana cerana permezz ta' Sekwenzar mill-Ġenoma Sħiħ',Ġurnal Internazzjonali tax-xjenzi molekulari...., 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.

Chai, J. et al. (2022) "L-iskoperta ta' salamandra ġgant Ċiniża selvaġġa, ġenetikament pura toħloq opportunitajiet ġodda ta' konservazzjoni",Riċerka Żoloġika, 2022, Vol. 43, Ħarġa 3, Paġni: 469-480, 43(3), pp. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.

Han, M. et al. (2022) 'Disinn Filoġeografiku u Storja ta' Evoluzzjoni tal-Popolazzjoni ta' Elymus sibiricus L. Indiġenu fuq il-Plateau Qinghai-Tibetan',Fruntieri fix-Xjenza tal-Pjanti, 13, p. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.

Wang, J. et al. (2022) 'Tagħrif ġenomu dwar l-evoluzzjoni tal-longan minn assemblaġġ tal-ġenoma fil-livell tal-kromożomi u ġenomika tal-popolazzjoni ta' adeżjonijiet tal-longan',Riċerka tal-Ortikultura, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.