Pjattaforma | Daqs tal-librerija | Rendiment ta 'dejta teoretika (għal kull ċellula) | Eżattezza ta 'bażi waħda | Applikazzjonijiet |
Nanopore | 8kb, 10kb, 20kb, ultralong, cDNA-pcr | 70-90GB / ċellola | 85-92% | SV Sejħa, de novo, sekwenzar ta 'tul sħiħ, iso-seq, annotazzjoni tal-ġeni, sejbien ta' metilazzjoni tad-DNA |
● Aktar minn 5 snin esperjenza fuq pjattaforma ta 'sekwenzar ta' Pacbio b'eluf ta 'proġetti magħluqa b'diversi speċi.
● BMKGene huwa sieħeb uffiċjali ta 'Oxford Nanopore, b'ċertifikazzjoni RNA / DNA tal-pjattaforma doppja.
● Hemm mudelli mainstream ta 'sequencers b'tagħmir komplet u fluss ta' sekwenzar suffiċjenti.
● Ibbażat fuq il-pjattaforma Nanopore, ġew ippubblikati aktar minn 10 riċerka dwar l-annimali u l-pjanti ta 'Denovo f'ġurnali ta' fama internazzjonali.
Tip ta 'kampjun | Ammont | Konċentrazzjoni (Qubit ®) | Volum | Purità | Oħrajn |
DNA ġenomiku | Jiddependu fuq ir-rekwiżit tad-dejta | ≥20ng / μl | ≥15μl | OD260 / 280 = 1.7-2.2; OD260 / 230≥1.5 ; Il-quċċata ċara f'260 nm , l-ebda kontaminazzjonijiet | Il-konċentrazzjoni teħtieġ li titkejjel permezz ta 'qubit u qubit / nanopore ≤ 2 |
RNA totali | ≥1.2μg | ≥100μg / μL | ≥15μl | OD260 / 280 = 1.7-2.5; OD260 / 230 = 0.5-2.5 ; L-ebda kontaminazzjonijiet | Valur Rin ≥7.5 |
Valutazzjoni tal-kwalità tad-dejta tal-kampjun tad-DNA
Tabella 1. Statistika dwar dejta nadifa.
Bmkid | Rawseqnum | Rawsumbase | CleanSeqnum | cleansumbase | cleann50len | cleann90len | CleanMeanlen | cleanmaxlen | cleanmeanqual |
DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28,014 | 15,764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
Valutazzjoni tal-kwalità tad-dejta tal-kampjun RNA
Tabella 1. Statistika dwar dejta nadifa.
Isem tal-fajl | ClientId | Readnum | Basenum | N50 | Tul | MaxLength | MeanQScore |
RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129,227 | Q12 |
Figura 1. Aqra d-distribuzzjoni tat-tul
Figura 2. Distribuzzjoni tal-punteġġ tal-kwalità ta 'dejta nadifa
Figura 3