Exclusive Agency for Korea

Bmkcloud log in

Prodotti

Sekwenzar ta 'mRNA full-tul -Pacbio

Filwaqt li s-sekwenzar tal-mRNA ibbażat fuq l-NGS huwa għodda versatili għall-ikkwantifikar tal-espressjoni tal-ġeni, id-dipendenza tagħha fuq qari qasir tillimita l-użu tagħha f'analiżi transkriptomiċi kumplessi. Min-naħa l-oħra, is-sekwenzar PACBIO (ISO-seq) juża teknoloġija li tinqara fit-tul, li tippermetti s-sekwenzar ta 'traskrizzjonijiet ta' mRNA ta 'tul sħiħ. Dan l-approċċ jiffaċilita esplorazzjoni komprensiva ta 'splicing alternattiv, fużjonijiet tal-ġeni, u poli-adenilazzjoni. Madankollu, hemm għażliet oħra għall-kwantifikazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni minħabba l-ammont għoli ta 'dejta meħtieġa. It-teknoloġija tas-sekwenzar PACBIO tiddependi fuq sekwenzar ta 'molekula waħda, f'ħin reali (SMRT), li tipprovdi vantaġġ distint fil-qbid ta' traskrizzjonijiet ta 'mRNA ta' tul sħiħ. Dan l-approċċ innovattiv jinvolvi l-użu ta 'gwidi tal-mewġ tal-modalità żero (ZMWs) u bjar mikrofabrikati li jippermettu l-osservazzjoni f'ħin reali ta' attività ta 'polimerażi tad-DNA waqt is-sekwenzar. Fi ħdan dawn iż-ZMWs, id-DNA polimerażi ta 'Pacbio tissintetizza linja komplementari ta' DNA, li tiġġenera qari twil li jkopri l-intier tat-traskrizzjonijiet tal-mRNA. L-operazzjoni PACBIO fil-modalità tas-sekwenzar ta 'kunsens ċirkolari (CCS) ittejjeb l-eżattezza billi taqsam ripetutament l-istess molekula. Il-qari tal-Hifi ġġenerat għandu eżattezza komparabbli ma 'NGS, li jikkontribwixxi aktar għal analiżi komprensiva u affidabbli ta' karatteristiċi transkriptomiċi kumplessi.

Pjattaforma: Sequel Pacbio II; Pacbio revio

Ikkuntattjana

Dettalji tas-Servizz

Bijoinformatika

Riżultati demo

Pubblikazzjonijiet dehru

Karatteristiċi

● Sintesi ta 'cDNA minn Poly-A mRNA segwit minn preparazzjoni tal-librerija

● Sekwenzar fil-modalità CCS, li tiġġenera HIFI Reads

● Sekwenzar tat-traskrizzjonijiet tat-tul sħiħ

● L-analiżi ma teħtieġx ġenoma ta 'referenza; Madankollu, jista 'jkun impjegat

● Analiżi bijoinformatika tippermetti analiżi ta 'traskrizzjonijiet isoform lncRNA, fużjonijiet tal-ġeni, adenilazzjoni tal-poly, u struttura tal-ġeni

Vantaġġi tas-Servizz

●Eżattezza għolja: Hifi jaqra bi preċiżjoni> 99.9% (Q30), komparabbli ma 'NGS

● Analiżi alternattiva ta 'splicing: Is-sekwenzar tat-traskrizzjonijiet kollha jippermetti identifikazzjoni u karatterizzazzjoni ta 'isoform

●Kompetenza estensiva: B'rekord ta 'tlestija ta' aktar minn 1100 proġett ta 'traskriżomi ta' tul sħiħ u proċessar ta 'aktar minn 2300 kampjun, it-tim tagħna jġib ħafna esperjenza għal kull proġett.

●Appoġġ ta 'wara l-bejgħ: L-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta 'servizz ta' 3 xhur wara l-bejgħ. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza ta 'soluzzjoni ta' problemi, u sessjonijiet ta 'Q&A biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.

Rekwiżiti tal-kampjun u kunsinna

Librerija

Strateġija ta 'sekwenzar

Dejta rakkomandata

Kontroll tal-kwalità

Librerija CCS arrikkita Polya arrikkita

Sequel Pacbio II

Pacbio revio

20/40 GB

5/10 M CCS

Q30≥85%

Rekwiżiti tal-Kampjun:

Nukleotidi:

● Pjanti:

Għerq, zokk jew petal: 450 mg

Werqa jew żerriegħa: 300 mg

Frott: 1.2 g

● Animal:

Qalb jew Intestina: 300 mg

Viscera jew moħħ: 240 mg

Muskolu: 450 mg

Għadam, Xagħar jew Ġilda: 1G

● Artropodi:

Insetti: 6g

Crustacea: 300 mg

● demm sħiħ: 1 tubu

● Ċelloli: 10⁶ċelloli

Conc. (Ng / μl)

Ammont (μg)

Purità

Integrità

≥ 100

≥ 1.0

OD260 / 280 = 1.7-2.5

OD260 / 230 = 0.5-2.5

Kontaminazzjoni limitata jew l-ebda proteina jew DNA murija fuq ġel.

Għall-pjanti: Rin≥7.5;

Għall-annimali: Rin≥8.0;

5.0≥ 28s / 18S≥1.0;

Limitu jew l-ebda elevazzjoni tal-linja bażi

Twassil tal-kampjun rakkomandat

Kontenitur: 2 ml centrifuge tubu (fojl tal-landa mhix irrakkomandata)

Tikkettar tal-kampjun: Grupp + replika eż. A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Ġarr:

1. Silġ niexef: Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu ppakkjati f'boroż u midfuna f'iklejka niexfa.

2. Tubi Rnastable: Kampjuni ta 'l-RNA jistgħu jitnixxfu fit-tubu ta' stabbilizzazzjoni ta 'RNA (eż. RNastable®) u mibgħuta fit-temperatura tal-kamra.

Fluss tax-xogħol tas-servizz

Disinn ta 'Esperiment

Kunsinna tal-kampjun

Estrazzjoni tal-RNA

Kostruzzjoni tal-librerija

Sekwenzar

Analiżi tad-Dejta

Servizzi ta 'wara l-bejgħ

Preċedenti: Is-sekwenzar tal-mRNA ewkarjotiku-INGs

Li jmiss: Sekwenzjar ta 'mRNA full-full nanopore

Tinkludi l-analiżi li ġejja:

● Kontroll tal-kwalità tad-dejta mhux ipproċessat

● Analiżi alternattiva tal-poliadenilazzjoni (APA)

● Analiżi tat-traskrizzjoni tal-fużjoni

● Analiżi alternattiva ta 'splicing

● Benchmarking Ortologi Universali ta 'Kopja Unika (BUSCO) Analiżi

● Analiżi tat-traskrizzjoni ġdida: tbassir ta 'sekwenzi ta' kodifikazzjoni (CDs) u annotazzjoni funzjonali

● Analiżi tal-lncRNA: tbassir ta 'lncRNA u miri

● Identifikazzjoni tal-mikrosatelite (SSR)

Analiżi Busco

Analiżi alternattiva ta 'splicing

Analiżi Alternattiva tal-Poliadenilazzjoni (APA)

Annotazzjoni funzjonali ta 'traskrizzjonijiet ġodda

Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi ta 'sekwenzar ta' mRNA tan-nanopore ta 'BMKGene f'din il-pubblikazzjoni dehru.

Ma, Y. et al. (2023) "Analiżi komparattiva ta 'metodi ta' sekwenzar ta 'PACBIO u ONT RNA għal Nemopilema Nomurai Venom Identifikazzjoni", Genomics, 115 (6), p. 110709. Doi: 10.1016 / j.ygeno.2023.110709.

Chao, Q. et al. (2019) "Id-Dinamika tal-Iżvilupp tat-Traskrizzjoni STEM Populus", Ġurnal tal-Bijoteknoloġija tal-Pjanti, 17 (1), pp. 206–219. doi: 10.1111 / pbi.12958.

Deng, H. et al. (2022) "Bidliet dinamiċi fil-kontenut ta 'aċidu askorbiku waqt l-iżvilupp tal-frott u l-maturazzjoni ta' actinidia latifolia (uċuħ tal-frott b'ħafna ascorbate) u l-mekkaniżmi molekulari assoċjati", Ġurnal Internazzjonali tax-Xjenzi Molekulari, 23 (10), p. 5808. Doi: 10.3390 / ijms23105808 / s1.

Hua, X. et al. (2022) "Tbassir effettiv tal-ġeni tal-mogħdija bijosintetika involuti fil-polifilini bijoattivi f'Pariġi polyphylla", Bijoloġija tal-Komunikazzjonijiet 2022 5: 1, 5, 5 (1), pp. 1-10. doi: 10.1038 / s42003-022-03000-z.

Liu, M. et al. (2023) "Pacbio ISO-seq magħquda u Illumina RNA-seq analiżi tat-traskrizzjoni Tuta Absoluta (Meyrick) u l-ġeni P450 taċ-ċitokromu", insetti, 14 (4), p. 363. Doi: 10.3390 / insetti14040363 / s1.

Wang, Lijun et al. (2019) "Stħarriġ ta 'kumplessità ta' traskrizzjoni bl-użu ta 'analiżi ta' ħin reali ta 'molekula waħda flimkien ma' sekwenzar ta 'RNA Illumina għal fehim aħjar tal-bijosintesi ta' aċidu ricinoleiku f'Ricinus communis", BMC Genomics, 20 (1), pp. 1-17. doi: 10.1186 / s12864-019-5832-9.