Ġenomika komparattiva
Vantaġġi tas-Servizz
●Kompetenza estensiva u rekords ta 'pubblikazzjoni: Ma 'akkumulat, BMKGene temm aktar minn 90 proġett ta' ġenomika komparattiva, b'fattur ta 'impatt kumulattiv laħaq id-900.
●Analiżi komprensiva tal-bijoinformatika: Il-pakkett ta 'analiżi fih it-tmien analiżi l-aktar meħtieġa, li jipprovdu figuri lesti għall-pubblikazzjoni mfassla sew u jippermettu interpretazzjoni faċli tar-riżultati
●Tim tal-bijoinformatika b'ħiliet għolja u ċiklu ta 'analiżi qasira: b'esperjenza kbira fl-analiżi tal-ġenomika komparattiva, it-tim ta 'BMKGene jissodisfa diversi talbiet ta' analiżi personalizzata fi żmien qasir
●Appoġġ ta 'wara l-bejgħ:L-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta 'servizz ta' 3 xhur wara l-bejgħ. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza ta 'soluzzjoni ta' problemi, u sessjonijiet ta 'Q&A biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
| Ħin stmat ta 'dawran | Numru ta 'speċi | Analiżi |
| 30 jum tax-xogħol | 6 - 12 | Gene Family Clustering Espansjoni u kontrazzjoni tal-familja tal-ġeni Kostruzzjoni ta 'siġar filogenetiċi Stima tal-ħin tad-diverġenza (kalibrazzjoni fossili meħtieġa) Ħin ta 'inserzjoni LTR (għall-pjanti) Duplikazzjoni tal-ġenoma sħiħa (għall-pjanti) Pressjoni selettiva Analiżi tas-Sinteny |
Analiżi tal-bijoinformatika
● Familja Gene
● Filogenetika
● Ħin ta 'diverġenza
● Pressjoni selettiva
● Analiżi ta 'Sinteny
Rekwiżiti tal-kampjun u kunsinna
Rekwiżiti tal-Kampjun:
Tessut jew DNA għas-sekwenzar u l-assemblaġġ tal-ġenoma
Għat-tessut
| Speċi | Tessut | Stħarriġ | Pacbio CCS |
| Annimal | Tessut viscerali | 0.5 ~ 1 g | ≥ 3.5 g |
| Tessut tal-muskolu | |||
| ≥ 5.0 g | |||
| ≥ 5.0 ml | |||
| Demm mammiferu | |||
| ≥ 0.5 ml | |||
| Demm tat-Tjur / Ħut | |||
| Pjanta | Werqa friska | 1 ~ 2 g | ≥ 5.0 g |
| Petal / zokk | 1 ~ 2 g | ≥ 10.0 g | |
| Għerq / żerriegħa | 1 ~ 2 g | ≥ 20.0 g | |
| Ċelloli | Ċellola kkultivata | - | ≥ 1 x 108 |
Data
Fajls tas-sekwenza tal-ġenoma (.fastA) u fajls ta 'annotazzjoni (.gff3) ta' speċi relatati mill-qrib
Fluss tax-xogħol tas-servizz
Disinn ta 'Esperiment
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-Dejta
Servizzi ta 'wara l-bejgħ
*Ir-riżultati demo murija hawn huma kollha mill-ġenomi ppubblikati bit-teknoloġiji tal-bijomarkatur
1.LTR Daħħal l-istima tal-ħin: Il-figura wriet distribuzzjoni bimodali unika fil-ħinijiet ta 'inserzjoni LTR-RTS fil-ġenoma tas-segala, meta mqabbla ma' speċi oħra. L-iktar quċċata reċenti dehret madwar 0.5 miljun sena ilu.
Li Guang et al.,Ġenetika tan-Natura, 2021
2.Phylogeny u Analiżi tal-Familja tal-Ġeni fuq Chayote (Sechium edule): Billi tanalizza Chayote u t-13-il speċi relatata l-oħra fil-familja tal-ġeni, Chayote instab li kien l-iktar relatat mill-qrib mal-qargħa tas-serp (Trichosanthes anguina). Chayote derivat mill-qargħa tas-serp f'madwar 27-45 MYA u duplikazzjoni tal-ġenoma sħiħa (WGD) ġiet osservata f'Chayote f'25 ± 4 MYA, li huwa t-tielet avveniment WGD f'Cucuibitaceae.
Fu a et al.,Riċerka dwar l-Ortikultura, 2021
3. Analiżi tas-Sinteny: Xi ġeni relatati mal-fitohormoni fl-iżvilupp tal-frott instabu f'Chayote, serp tal-qargħa u squash. Il-korrelazzjoni bejn chayote u squash hija kemmxejn ogħla minn dik bejn chayote u serp.
Fu a et al.,Riċerka dwar l-Ortikultura, 2021
4. Analiżi tal-Familja tal-Ġene: L-arrikkiment tal-KEGG fuq l-espansjoni tal-familja tal-ġeni u l-kontrazzjoni fil-ġenomi ta 'G.thurberi u G.Davidsonii wrew li l-bijosintesi ta' sterojdi u l-ġeni relatati mal-bijosintesi ta 'brassinosteroid ġew estiżi.
Yang Z et al.,Bijoloġija BMC, 2021
5. Analiżi tad-duplikazzjoni tal-ġenoma tal-whole: Analiżi tad-distribuzzjoni 4DTV u KS murija avveniment sħiħ ta 'duplikazzjoni tal-ġenoma. Il-qċaċet ta 'intraspecies urew avvenimenti ta' duplikazzjoni. Il-qċaċet ta 'l-interspeċi urew avvenimenti ta' speċifikazzjoni. L-analiżi indikat li tqabbel mat-tliet speċi l-oħra relatati mill-qrib, O. Europaea għaddiet minn duplikazzjoni tal-ġene fuq skala kbira aktar reċentement.
Rao G et al.,Riċerka dwar l-Ortikultura, 2021
Każ BMK
Rose Without Prickle: Interessi ġenomiċi marbuta mal-adattament tal-umdità
Ippubblikat: Reviżjoni Nazzjonali tax-Xjenza, 2021
Strateġija tas-Sekwenzar:
'Basye'sThornless'(R.Wichurainan) Ġenoma:
Appross. 93 x Pacbio + appross. 90 x nanopore + 267 x Illumina
Riżultati ewlenin
1. Il-ġenoma ta 'kwalità għolja R.wichuraiana ġiet mibnija bl-użu ta' tekniki ta 'sekwenzar ta' qari fit-tul, li jagħtu assemblaġġ ta '530.07 MB (id-daqs tal-ġenoma stmat kien bejn wieħed u ieħor 525.9 MB permezz ta' ċitometrija tal-fluss u 525.5 permezz ta 'stħarriġ tal-ġenoma ； L-eterozjoġosità kienet ta' madwar 1.03%). Il-punteġġ stmat ta ’Busco kien 93.9%. Meta mqabbel ma '"blush qadim" (Haploob), il-kwalità u l-kompletezza ta' dan il-ġenoma ġew ikkonfermati permezz ta 'eżattezza bażi ta' bażi waħda u indiċi ta 'assemblaġġ LTR (LAI = 20.03). Il-ġenoma R.wichuraiana fiha 32,674 ġeni li jikkodifikaw il-proteini.
2. Analiżi konġunta ta 'Multi-Omics, li tikkonsisti minn ġenomika komparattiva, transcriptomics, analiżi QTL tal-popolazzjoni ġenetika, żvelat l-ispeċifikazzjoni kruċjali bejn R. Wichuraiana u Rosa chinensis. Ukoll, il-varjazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni relatati fil-QTL x'aktarx tkun assoċjata ma 'disinn ta' zokk ta 'l-irqaq.
Ġenomika komparattiva anaysis bejn basye; i Thornless u Rosa chinensis inklużi analiżi ta 'sinteny, cluster tal-familja tal-ġeni, espansjoni u analiżi ta' kontrazzjoni, żvelaw numru kbir ta 'varjazzjonijiet, li huma relatati ma' karatteristiċi kruċjali fil-ward. L-espansjoni unika fil-familja tal-ġeni NAC u FAR1 / FRS kienet probabbli ħafna li tkun assoċjata mar-reżistenza għal post iswed.
Analiżi tal-ġenomika komparattiva bejn il-ġenomi BT u Haploob.
Zhong, M., et al. "Rose Without Prickle: Genomic Insights marbuta ma 'l-adattament ta' l-umdità"Reviżjoni Nazzjonali tax-Xjenza, 2021 ;, NWAB092.
