Analiżi ta 'segreganti mtaqqba
Vantaġġi tas-Servizz
Takagi et al., The Plant Journal, 2013
● Lokalizzazzjoni preċiża: taħlit ta 'bozoz ma' 30 + 30 sa 200 + 200 individwu biex jimminimizza l-istorbju fl-isfond; Tbassir ta 'reġjun kandidat ibbażat fuq mutats mhux sinonimi.
● Analiżi komprensiva: Annotazzjoni tal-funzjoni tal-ġene kandidati fil-fond, inklużi NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, eċċ.
● Ħin ta 'tibdil aktar mgħaġġel: Lokalizzazzjoni rapida tal-ġeni fi żmien 45 jum tax-xogħol.
● Esperjenza estensiva: BMK ikkontribwixxa f'eluf ta 'karatteristiċi ta' lokalizzazzjoni, li jkopri speċi differenti bħal uċuħ tar-raba ', prodotti akkwatiċi, foresti, fjuri, frott, eċċ.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
Popolazzjoni:
Segregazzjoni tal-proġenija tal-ġenituri bi fenotipi opposti.
Eż PRENJU F2, BACKCROSSING (BC), LINJA TA 'INBRED RIKOMBINANT (RIL)
Taħlit tal-pixxina
Għal karatteristiċi kwalitattivi: 30 sa 50 individwu (minimu 20) / bl-ingrossa
Għal tratis kwantitattivi: l-aqwa 5% sa 10% individwi bi fenotipi estremi fil-popolazzjoni kollha (minimu 30 + 30).
Fond ta 'sekwenzar rakkomandat
Mill-inqas 20x / ġenitur u 1x / frieħ individwali (eż. Għal pixxina tat-taħlit ta '30 + 30 individwu, il-fond tas-sekwenzar se jkun 30x għal kull massa)
Analiżi tal-bijoinformatika
● Resekwenzjar tal-ġenoma sħiħ
● Ipproċessar tad-dejta
● Sejħa SNP / Indel
● Screening tar-reġjun kandidat
● Annotazzjoni tal-funzjoni tal-ġene kandidata
Rekwiżiti tal-kampjun u kunsinna
Rekwiżiti tal-Kampjun:
Nukleotidi:
| Kampjun gdna | Kampjun tat-tessut |
| Konċentrazzjoni: ≥30 ng / μL | Pjanti: 1-2 g |
| Ammont: ≥2 μg (Volumn ≥15 μL) | Annimali: 0.5-1 g |
| Purità: OD260 / 280 = 1.6-2.5 | Demm sħiħ: 1.5 ml |
Fluss tax-xogħol tas-servizz
Disinn ta 'Esperiment
Kunsinna tal-kampjun
Estrazzjoni tal-RNA
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-Dejta
Servizzi ta 'wara l-bejgħ
1. Analiżi tal-assoċjazzjoni bażi fuq distanza Ewklideana (ED) biex tidentifika reġjun kandidat. Fil-figura li ġejja
Assi X: numru tal-kromożomi; Kull punt jirrappreżenta valur ED ta 'SNP. Il-linja sewda tikkorrispondi għall-valur ED mwaħħal. Valur ED ogħla jindika assoċjazzjoni aktar sinifikanti bejn is-sit u l-fenotip. Linja ta 'Dash Red tirrappreżenta limitu ta' assoċjazzjoni sinifikanti.
2. Analiżi tal-Assoċjazzjoni bbażata l-ebda indiċi SNP
Assi X: numru tal-kromożomi; Kull punt jirrappreżenta valur tal-indiċi SNP. Il-linja sewda tfisser il-valur tal-indiċi SNP imwaħħal. Iktar ma jkun kbir il-valur, iktar tkun sinifikanti l-assoċjazzjoni.
Każ BMK
Il-karatteristika kwantitattiva b'effett ewlieni FNL7.1 tikkodifika proteina abbundanti tal-embrijoġenesi tard assoċjata mat-tul tal-għonq tal-frott fil-ħjar
Ippubblikat: Ġurnal tal-bijoteknoloġija tal-pjanti, 2020
Strateġija tas-Sekwenzar:
Ġenituri (JIN5-508, YN): Ġenoma sħiħa mill-ġdid għal 34 × u 20 ×.
Pixxini tad-DNA (50 b'għonq twil u 50 b'għonq qasir): Resequencing għal 61 × u 52 ×
Riżultati ewlenin
F'dan l-istudju, il-popolazzjoni li tissepara (F2 u F2: 3) ġiet iġġenerata billi taqsam il-linja tal-ħjar b'għonq twil JIN5-508 u b'għonq qasir YN. Żewġ pixxini tad-DNA ġew mibnija minn 50 individwu estrem b'għonq twil u 50 individwu b'għonq qasir estrem. QTL b'effett maġġuri ġie identifikat fuq CHR07 permezz ta 'analiżi BSA u immappjar tradizzjonali QTL. Ir-reġjun kandidat ġie mnaqqas aktar mill-immappjar fin, kwantifikazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni u esperimenti transġeniċi, li żvelaw ġene ewlieni fil-kontroll tat-tul tal-għonq, CSFNL7.1. Barra minn hekk, il-polimorfiżmu fir-reġjun tal-promotur CSFNL7.1 instab li kien assoċjat ma 'espressjoni korrispondenti. Analiżi filogenetika ulterjuri ssuġġeriet li l-lokus FNL7.1 x'aktarx li jkun oriġina mill-Indja.
 Mapping QTL fl-analiżi BSA biex tidentifika reġjun kandidat assoċjat mat-tul tal-għonq tal-ħjar |  Profili LOD ta 'QTL ta' l-għonq tal-ħjar identifikati fuq CHR07 |
Xu, X., et al. "Il-karatteristika kwantitattiva b'effett ewlieni FNL7.1 tikkodifika proteina abbundanti ta 'embrijoġenesi tard assoċjata mat-tul tal-għonq tal-frott fil-ħjar." Ġurnal tal-bijoteknoloġija tal-pjanti 18.7 (2020).
