BMKMANU S3000_Spatial Traskrizzjoni
Skema teknika ta 'traskrizzjoni spazjali BMKMANU S3000
Karatteristiċi
- Riżoluzzjoni: 3.5 µm
- Dijametru tal-post: 2.5 µm
- Numru ta 'spots: madwar 4 miljun
- 3 Formati ta 'Żona ta' Qbid possibbli: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm jew 15 mm * 20 mm
- Kull xoffa tal-barcoded hija mgħobbija bi primer magħmul minn 4 taqsimiet:
• denb poly (dt) għall-priming mRNA u sinteżi ta 'cDNA,
• Identifikatur molekulari uniku (UMI) biex jikkoreġi l-preġudizzju għall-amplifikazzjoni
• Barcode spazjali
• Sekwenza li torbot ta 'primer tas-sekwenzar ta' qari parzjali 1
- H&E u tebgħa fluworexxenti ta 'sezzjonijiet
- Possibbiltà li tuża teknoloġija tas-segmentazzjoni taċ-ċellula: integrazzjoni ta 'tebgħa ta' H&E, tebgħa fluworexxenti, u sekwenzar ta 'RNA biex tiddetermina l-konfini ta' kull ċellula u tassenja b'mod korrett l-espressjoni tal-ġene lil kull ċellula. Ipproċessar ta 'analiżi tal-profil spazjali' l isfel ibbażata fuq il-bin taċ-ċellula.
- Possibbli li tinkiseb analiżi ta 'riżoluzzjoni f'diversi livelli: analiżi flessibbli b'diversi livelli li tvarja minn 100um sa 3.5 UM biex issolvi karatteristiċi differenti ta' tessuti b'riżoluzzjoni ottimali.
Vantaġġi ta 'Bmkmanu S3000
-Irduppjar ta 'spots ta' qbid għal 4 miljun: b'riżoluzzjoni mtejba ta '3.5 UM, li twassal għal skoperta ogħla ta' ġene u UMI għal kull ċellula. Dan jirriżulta fi raggruppament imtejjeb ta 'ċelloli bbażati fuq profili traskrizzjonali, b'dettall ifjen li jaqbel mal-istruttura tat-tessuti.
- Riżoluzzjoni sub-ċellulari:Kull żona ta 'qbid kien fiha> 2 miljun tikek spazjali tal-barcoded b'dijametru ta' 2.5 µm u spazjar ta '5 µm bejn ċentri tal-post, li tippermetti analiżi ta' traskrizzjoni spazjali b'riżoluzzjoni sub-ċellulari (5 µm).
-Analiżi tar-riżoluzzjoni fuq ħafna livelli:Analiżi flessibbli fuq ħafna livelli li tvarja minn 100 μm sa 5 μm biex issolvi karatteristiċi differenti ta 'tessuti b'riżoluzzjoni ottimali.
- -Possibbiltà li tuża teknoloġija ta 'segmentazzjoni taċ-ċelloli "tlieta f'wieħed":Meta tgħaqqad it-tebgħa tal-fluworexxenza, it-tebgħa tal-H & E, u s-sekwenzar tal-RNA fuq slajds waħda, l-algoritmu ta 'analiżi "tlieta fil-wieħed" tagħna jagħti s-setgħa l-identifikazzjoni tal-konfini taċ-ċellula għal transcriptomics ibbażati fuq iċ-ċelloli sussegwenti.
- -Kompatibbli ma 'pjattaformi ta' sekwenzar multipli: kemm NGS kif ukoll sekwenzar ta 'qari fit-tul disponibbli.
- -Disinn flessibbli ta '1-8 żona ta' qbid attiv: id-daqs taż-żona tal-qbid huwa flessibbli, billi jkun possibbli li jintużaw 3 formati (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm u 15 mm * 20 mm)
- -Servizz one-stop: Jintegra l-passi kollha bbażati fuq l-esperjenza u l-ħiliet, inklużi s-sezzjoni tal-krio, tebgħa, ottimizzazzjoni tat-tessuti, barcoding spazjali, preparazzjoni tal-librerija, sekwenzar, u bijoinformatika.
- -Bijoinformatika komprensiva u viżwalizzazzjoni faċli għall-utent:Il-pakkett jinkludi 29 analiżi u 100+ figuri ta 'kwalità għolja, flimkien ma' l-użu ta 'softwer żviluppat inhouse biex tħares u tippersonalizza l-qsim taċ-ċelluli u l-clustering fuq il-post.
- -Analiżi u viżwalizzazzjoni tad-dejta personalizzati: disponibbli għal talbiet ta 'riċerka differenti
- -Tim Tekniku b'ħiliet Għolja: b'esperjenza f'aktar minn 250 tip ta 'tessuti u 100+ speċi inklużi bniedem, ġurdien, mammiferu, ħut u pjanti.
- -Aġġornamenti f'ħin reali fuq proġett kollu: b'kontroll sħiħ tal-progress sperimentali.
- -Analiżi konġunta mhux obbligatorja b'sekwenzar ta 'mRNA b'ċellula waħda
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
| Rekwiżiti tal-kampjun | Librerija | Strateġija ta 'sekwenzar | Dejta rakkomandata | Kontroll tal-kwalità |
| Kampjuni ta 'krio-inkorporati b'Ottubru (Dijametru ottimali: appross. 6 × 6 × 6 mm³) 2 blokki għal kull kampjun 1 għall-esperiment, 1 għal backup | Librerija S3000 cDNA | Illumina PE150 | 160k PE jaqra għal kull 100υm (250 GB) | Rin> 7 |
Għal aktar dettalji dwar gwida għall-preparazzjoni tal-kampjun u fluss tax-xogħol tas-servizz, jekk jogħġbok tħossok liberu li tkellem lilBMKGENE Espert
Fluss tax-xogħol tas-servizz
Fil-fażi ta 'preparazzjoni tal-kampjun, titwettaq prova inizjali ta' estrazzjoni ta 'RNA biex tiżgura RNA ta' kwalità għolja. Fl-istadju tal-ottimizzazzjoni tat-tessut is-sezzjonijiet huma mtebbgħin u viżwalizzati u l-kundizzjonijiet tal-permeabilizzazzjoni għar-rilaxx tal-mRNA mit-tessut huma ottimizzati. Il-protokoll ottimizzat imbagħad jiġi applikat waqt il-kostruzzjoni tal-librerija, segwit minn sekwenzar u analiżi tad-dejta.
Il-fluss tax-xogħol tas-servizz komplut jinvolvi aġġornamenti f'ħin reali u konfermi tal-klijenti biex jinżamm linja ta 'feedback reattiv, li jiżgura eżekuzzjoni bla xkiel tal-proġett.
Id-dejta ġġenerata minn BMKMANU S3000 hija analizzata bl-użu tas-softwer “BSTMATRIX”, li huwa ddisinjat indipendentement minn BMKGene, li jiġġenera livell taċ-ċellula u matriċi ta ’espressjoni tal-ġeni b’riżoluzzjoni f’diversi livelli. Minn hemm, rapport standard huwa ġġenerat li jinkludi kontroll tal-kwalità tad-dejta, analiżi tal-kampjun ta 'ġewwa u analiżi bejn il-gruppi.
- Kontroll tal-kwalità tad-dejta:
- Il-produzzjoni tad-dejta u d-distribuzzjoni tal-punteġġ tal-kwalità
- Sejbien tal-ġeni għal kull post
- Kopertura tat-tessut
- Analiżi tal-Kampjun Intern:
- Richness tal-ġene
- raggruppament fuq il-post, inkluż analiżi mnaqqsa tad-dimensjoni
- Analiżi tal-espressjoni differenzjali bejn clusters: identifikazzjoni tal-ġeni markaturi
- Annotazzjoni funzjonali u arrikkiment tal-ġeni markaturi
- Analiżi bejn il-gruppi
- Erġa 'kkumbinazzjoni ta' tikek miż-żewġ kampjuni (eż. Morda u kontroll) u mill-ġdid
- Identifikazzjoni tal-ġeni tal-markatur għal kull cluster
- Annotazzjoni funzjonali u arrikkiment tal-ġeni markaturi
- Espressjoni differenzjali tal-istess raggruppament bejn gruppi
Barra minn hekk, il-BMKGene żviluppa "BSTViewer" huwa għodda faċli għall-utent li tippermetti lill-utent jara l-espressjoni tal-ġene u l-clustering fuq il-post f'riżoluzzjonijiet differenti.
BMKGene joffri servizzi ta 'profil spazjali b'riżoluzzjoni preċiża ta' ċellula waħda (ibbażata fuq bin-ċellola jew bin kwadru b'ħafna livelli minn 100um għal 3.5um).
Dejta tal-profil spazjali minn sezzjonijiet tat-tessuti fuq S3000 Slide marret tajjeb kif hawn taħt.
Studju tal-Każ 1: moħħ tal-ġurdien
Analiżi ta 'sezzjoni tal-moħħ tal-ġurdien ma' S3000 irriżultat fl-identifikazzjoni ta '~ 94 000 ċellula, b'sekwenzar medjan ta' ~ 2000 ġeni għal kull ċellula. Ir-riżoluzzjoni mtejba ta '3.5 UM irriżultat fi raggruppament dettaljat ħafna taċ-ċelloli bbażati fuq xejriet traskrizzjonali, bil-clusters taċ-ċelloli jimitaw l-istrutturi differenzjati fil-moħħ. Dan huwa faċilment osservat billi tiġi viżwalizzata d-distribuzzjoni ta 'ċelloli raggruppati bħala oligodendrocytes u ċelloli microglia, li huma kważi esklussivament jinsabu fil-materja griża u bajda, rispettivament.
Studju tal-Każ 2: Embrijun tal-Ġurdien
Analiżi ta 'sezzjoni ta' embrijun tal-ġurdien ma 'S3000 irriżultat fl-identifikazzjoni ta' ~ 2200 000 ċellola, b'sekwenzar medjan ta '~ 1600 ġene għal kull ċellula. Ir-riżoluzzjoni mtejba ta '3.5 UM irriżultat fi raggruppament dettaljat ħafna taċ-ċelloli bbażati fuq xejriet traskrizzjonali, bi 12-il raggruppament fiż-żona ta' l-għajn u 28 raggruppamenti fiż-żona tal-moħħ.
Analiżi tal-Kampjun Intern Cell Clustering:
Identifikazzjoni tal-ġeni tal-markatur u distribuzzjoni spazjali:
- Riżoluzzjoni Sub-Ċellulari ogħla: Meta mqabbel ma 'S1000 Slide, kull żona ta' qbid ta 'S3000 kien fiha> 4 miljun tikek tal-barcoded spazjali b'dijametru ta' 2.5 µm u distanza ta '3.5 µm bejn ċentri tal-post, li tippermetti analiżi tat-traskrizzjoni spazjali b'riżoluzzjoni subkellulari ogħla (bin kwadru: 3.5 µm).
- Effiċjenza tal-qbid ogħla: Meta mqabbel ma 'S1000 Slide, Median_umi jiżdied minn 30% għal 70%, Median_gene jiżdied minn 30% għal 60%
Skema ta 'ċippa S1000:
Skema ta 'ċippa S3000:
