BMKMANU S1000 Spazjali Transcriptome
BMKMANU S1000 Skema Teknika tat-Traskriptome Spazjali
Karatteristiċi
● Riżoluzzjoni: 5 µM
● Dijametru tal-Pot: 2.5 µM
● Numru ta 'spots: madwar 2 Miljuni
● 3 formati ta 'żona ta' qbid possibbli: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm jew 15 mm * 20 mm
● Kull xoffa bil-barcode hija mgħobbija bi primers magħmulin minn 4 sezzjonijiet:
denb poly(dT) għall-priming tal-mRNA u s-sinteżi tal-cDNA
Identifikatur Molekulari Uniku (UMI) biex jikkoreġi l-preġudizzju tal-amplifikazzjoni
Barcode spazjali
Sekwenza li torbot ta' primer ta' sekwenzar parzjali qari 1
● H&E u tbajja fluworexxenti tas-sezzjonijiet
● Possibbiltà li tużateknoloġija tas-segmentazzjoni taċ-ċelluli: integrazzjoni ta 'tbajja' H&E, tbajja fluworexxenti, u sekwenzar ta' RNA biex tiddetermina l-konfini ta 'kull ċellula u tassenja b'mod korrett l-espressjoni tal-ġeni għal kull ċellula.
Vantaġġi ta 'BMKMANU S1000
●Riżoluzzjoni sub-ċellulari: Kull żona ta' qbid kienet fiha >2 miljun Spazjali Barcoded Spots b'dijametru ta' 2.5 µm u spazjar ta' 5 µm bejn iċ-ċentri tal-post, li ppermettiet analiżi spazjali tat-traskriptome b'riżoluzzjoni sub-ċellulari (5 µm).
●Analiżi tar-Riżoluzzjoni f'diversi livelli:Analiżi flessibbli f'diversi livelli li tvarja minn 100 μm sa 5 μm biex issolvi diversi karatteristiċi tat-tessuti bl-aħjar riżoluzzjoni.
●Possibilità li tuża Teknoloġija ta 'Segmentazzjoni taċ-Ċelluli "Tliet f'wieħed slide":Li tgħaqqad it-tbajja tal-fluworexxenza, it-tbajja 'H&E, u s-sekwenzjar tal-RNA fuq slide waħda, l-algoritmu ta' analiżi "tliet f'wieħed" tagħna jagħti s-setgħa l-identifikazzjoni tal-konfini taċ-ċelluli għal traskriptomika sussegwenti bbażata fuq iċ-ċelluli.
●Kompatibbli ma 'Pjattaformi ta' Sekwenzar Multipli: Kemm NGS kif ukoll sekwenzar fit-tul disponibbli.
●Disinn Flessibbli ta '1-8 Żona ta' Qbid Attiv: Id-daqs taż-żona tal-qbid huwa flessibbli, billi jkun possibbli li jintużaw 3 formati (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm u 15 mm * 20 mm)
●Servizz ta' waqfa waħda: Tintegra l-esperjenza kollha u l-passi bbażati fuq il-ħiliet, inklużi krijo-sezzjoni, tbajja, ottimizzazzjoni tat-tessuti, barcoding spazjali, preparazzjoni tal-librerija, sekwenzar, u bijoinformatika.
●Bijoinformatika Komprensiva u Viżwalizzazzjoni tar-Riżultati faċli għall-Utent:pakkett jinkludi 29 analiżi u 100 + ċifri ta 'kwalità għolja, flimkien ma' l-użu ta 'softwer żviluppat internament biex Ħares u jippersonalizzaw il-qsim taċ-ċelluli u l-clustering tal-post.
●Analiżi u Viżwalizzazzjoni tad-Data Personalizzata: disponibbli għal talbiet ta' riċerka differenti
●Tim Tekniku b'ħiliet għolja: b'esperjenza f'aktar minn 250 tip ta' tessut u 100+ speċi inklużi umani, ġrieden, mammiferi, ħut u pjanti.
●Aġġornamenti f'ħin reali dwar il-Proġett kollu: b'kontroll sħiħ tal-progress sperimentali.
●Analiżi Konġunta Fakultattiva b'Sekwenzar ta' mRNA b'ċellula waħda
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
|
Kampjun Rekwiżiti
| Librerija |
Strateġija ta' sekwenzar
| Data rakkomandata | Kontroll tal-Kwalità |
| Kampjuni krijo inkorporati fl-OCT, 3 blokki għal kull kampjun | Librerija cDNA S1000 | Illumina PE150 (pjattaformi oħra disponibbli) | 100K PE qari għal kull 100 uM ( 60-150 Gb ) | RIN>7 |
Għal aktar dettalji dwar il-gwida tal-preparazzjoni tal-kampjuni u l-fluss tax-xogħol tas-servizz, jekk jogħġbok tħossok liberu li tkellem lil aespert BMKGENE
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Fil-fażi tal-preparazzjoni tal-kampjun, titwettaq prova inizjali ta 'estrazzjoni ta' RNA bl-ingrossa biex tiżgura li jista 'jinkiseb RNA ta' kwalità għolja. Fl-istadju tal-ottimizzazzjoni tat-tessut is-sezzjonijiet huma mtebbgħin u viżwalizzati u l-kundizzjonijiet tal-permeabilizzazzjoni għar-rilaxx tal-mRNA mit-tessut huma ottimizzati. Il-protokoll ottimizzat imbagħad jiġi applikat waqt il-kostruzzjoni tal-librerija, segwit minn sekwenzar u analiżi tad-dejta.
Il-fluss tax-xogħol sħiħ tas-servizz jinvolvi aġġornamenti f'ħin reali u konfermi tal-klijenti biex jinżamm ċirku ta' feedback reattiv, u jiżgura eżekuzzjoni bla xkiel tal-proġett.
Id-dejta ġġenerata minn BMKMANU S1000 hija analizzata bl-użu tas-softwer "BSTMatrix", li huwa ddisinjat b'mod indipendenti minn BMKGENE, li jiġġenera Matriċi tal-Espressjoni tal-Ġene. Minn hemm, jiġi ġġenerat rapport standard li jinkludi kontroll tal-kwalità tad-dejta, analiżi tal-kampjun intern u analiżi inter-grupp.
● Kontroll tal-Kwalità tad-Dejta:
Produzzjoni tad-dejta u distribuzzjoni tal-punteġġ tal-kwalità
Sejbien tal-ġeni għal kull post
Kopertura tat-tessut
● Analiżi tal-kampjun ta 'ġewwa:
Rikezza tal-ġeni
Spot clustering, inkluża analiżi ta' dimensjoni mnaqqsa
Analiżi ta 'espressjoni differenzjali bejn clusters: identifikazzjoni ta' ġeni markaturi
Annotazzjoni funzjonali u arrikkiment tal-ġeni markaturi
● Analiżi bejn il-gruppi:
Kombinazzjoni mill-ġdid ta' spots miż-żewġ kampjuni (eż. morda u kontroll) u grupp mill-ġdid
Identifikazzjoni ta' ġeni markaturi għal kull cluster
Annotazzjoni funzjonali u arrikkiment tal-ġeni markaturi
Espressjoni Differenzjali tal-istess cluster bejn il-gruppi
Barra minn hekk, BMKGENE żviluppat "BSTViewer" hija għodda faċli għall-utent li tippermetti lill-utent biex jivviżwalizza l-espressjoni tal-ġeni u l-aggruppament tal-post f'riżoluzzjonijiet differenti.
BMKGene żviluppat softwer għal viżwalizzazzjoni faċli għall-utent
BSTViewer spot clustering f'riżoluzzjoni f'diversi livelli
BSTCellViewer: qsim taċ-ċelluli awtomatiku u manwali
Analiżi tal-kampjun ta 'ġewwa
Raggruppament tal-post:
Identifikazzjoni tal-ġeni markaturi u distribuzzjoni spazjali:
Analiżi bejn il-gruppi
Kombinazzjoni tad-dejta miż-żewġ gruppi u mill-ġdid:
Ġeni markaturi ta' raggruppamenti ġodda:
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi tat-traskriptomika spazjali ta 'BMKGene bit-teknoloġija BMKManu S1000 f'din il-pubblikazzjoni dehru:
Kanzunetta, X. et al. (2023) "It-traskriptomika spazjali tiżvela ċelluli tal-klorenkima indotti mid-dawl involuti fil-promozzjoni tar-riġenerazzjoni tar-rimjiet fil-callus tat-tadam",Proċedimenti tal-Akkademja Nazzjonali tax-Xjenzi tal-Istati Uniti tal-Amerika...., 120(38), p. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Inti, Y. et al. (2023) 'Tqabbil sistematiku ta' metodi ta' traskrizzjoni spazjali bbażati fuq is-sekwenzjar',bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
