Assemblaġġ De novo tal-Ġenoma Batterjali
Aħna nipprovdu servizz komplut ta 'assemblaġġ tal-ġenoma batterjali, li niggarantixxu 0 lakuni. Dan huwa possibbli billi jiġu integrati teknoloġiji ta 'sekwenzjar ta' qari fit-tul, bħal Nanopore u PacBio għall-assemblaġġ u sekwenzar ta 'qari qasir ma' Illumina għall-validazzjoni tal-assemblaġġ u l-korrezzjoni tal-iżbalji tal-qari ONT. Is-servizz tagħna jipprovdi l-fluss tax-xogħol bijoinformatiku sħiħ mill-assemblaġġ, annotazzjoni funzjonali, u analiżi bijoinformatika avvanzata, li jissodisfaw miri speċifiċi ta 'riċerka. Dan is-servizz jippermetti l-iżvilupp ta’ ġenomi ta’ referenza preċiżi għal diversi studji ġenetiċi u ġenomiċi. Barra minn hekk, tifforma l-bażi għal applikazzjonijiet bħall-ottimizzazzjoni tar-razza, l-inġinerija ġenetika u l-iżvilupp tat-teknoloġija mikrobjali, li tiżgura dejta ġenomika affidabbli u mingħajr vojt kruċjali għall-avvanz tal-għarfien xjentifiku u l-innovazzjoni bijoteknoloġika.
Karatteristiċi tas-Servizz
● B'żewġ għażliet possibbli minn fejn jagħżlu skont il-grad mixtieq ta 'kompletezza tal-ġenoma.
● Abbozz tal-Għażla tal-Ġenoma: Sekwenzar tal-qari qasir b'Illumina NovaSeq PE150.
● Imla 0 gap genoma.
● Sekwenzar fit-tul fuq Nanopore PromethION 48 jew PacBio Revio għall-assemblaġġ tal-ġenoma.
● Sekwenzar tal-qari qasir fuq Illumina NovaSeq għall-validazzjoni tal-ġenoma u l-korrezzjoni tal-iżbalji (Nanopore) jew biex tiġġenera abbozz tal-ġenoma.
Vantaġġi tas-Servizz
●Ġenoma Zero-Gap Garantita: Dan huwa dovut għall-integrazzjoni tas-sekwenzjar ta 'Illumina b'sekwenzjar ta' qari fit-tul (Nanopore jew PacBio).
●Fluss tax-Xogħol tal-Bijoinformatika Tlesti:Dan jinkludi l-assemblaġġ tal-ġenoma u t-tbassir ta' elementi ġenomiċi multipli, annotazzjoni tal-ġeni funzjonali, u viżwalizzazzjonijiet tal-ġenoma bħal plot Circos.
●Kompetenza estensiva: B'aktar minn 20,000 ġenoma mikrobjali assemblati, BMKGENE jġib aktar minn għaxar snin ta 'esperjenza, tim ta' analiżi b'ħiliet kbar, kontenut komprensiv u appoġġ eċċellenti wara l-bejgħ.
●Appoġġ ta' wara l-bejgħ:L-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta 'servizz ta' wara l-bejgħ ta '3 xhur. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza għas-soluzzjoni tal-problemi, u sessjonijiet ta’ Q&A biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.
●Strateġiji ta' Sekwenzar Multipli Disponibbli:Għal għanijiet ta 'riċerka u rekwiżiti differenti ta' kompletezza tal-ġenoma.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
| Servizz | Strateġija ta' Sekwenzar |
| Abbozz tal-Ġenoma | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genome | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (mhux obbligatorju) |
Rekwiżiti tal-Kampjun:
| Konċentrazzjoni (ng/µL) | Ammont totali (µg) | Volum (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· Batterji: ≥3.5x1010 ċelluli
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni ta' librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta’ wara l-bejgħ
Jinkludi l-Analiżi Li ġejja:
● Sekwenzar tal-Kontroll tal-Kwalità tad-Dejta
● Assemblea tal-Ġenoma
● Analiżi tal-Komponent tal-Ġenoma: Tbassir ta 'CDS u elementi ġenomiċi multipli
● Annotazzjoni funzjonali b'diversi databases ġenerali (GO, KEGG, eċċ) u databases avvanzati (CARD, VFDB, eċċ)
● Viżwalizzazzjoni tal-ġenoma
Aħna nipprovdu l-ġenoma f'format fasta faċilment aċċessibbli u l-fajl tal-annotazzjoni tal-ġenoma (gff).
Annotazzjoni tal-ġeni – GO
Annotazzjoni tal-ġeni - karboidrati CAZY
Viżwalizzazzjoni tal-ġenoma – plot Circos
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi ta 'assemblaġġ tal-ġenoma batterjali ta' BMKGene permezz ta 'kollezzjoni kkurata ta' pubblikazzjonijiet.
Dai, W. et al. (2023) "Skoperta ta' Bacteroides uniformis F18-22 bħala Batterju Probijotiku Sikur u Ġdid għat-Trattament tal-Kolite Ulċerattiva mill-Kolon Bniedem b'saħħtu",Ġurnal Internazzjonali tax-Xjenzi Molekulari, 24(19), p. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) "Iżolati ta' Proteus mirabilis reżistenti għal ħafna mediċini li jġorru blaOXA-1 u blaNDM-1 mill-annimali selvaġġi fiċ-Ċina: żieda fir-riskju għas-saħħa pubblika",Żooloġija Integrattiva, 16(6), pp. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'Sekwenza kompluta tal-ġenoma tal-endofit Bacillus flexus KLBMP 4941 tiżvela l-mekkaniżmu tagħha ta' promozzjoni tat-tkabbir tal-pjanti u l-bażi ġenetika għat-tolleranza tal-melħ',Ġurnal tal-Bijoteknoloġija, 260, pp. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'Multiple-Replicon Resistance Plasmids of Klebsiella Mediate Extensive Dissemination of Antimikrobial Genes',Fruntieri fil-Mikrobijoloġija, 12, p. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
