Sekwenzar tal-Amplicon (16S/18S/ITS)

Is-sekwenzjar ta 'Amplicon (16S/18S/ITS) b'Illumina huwa metodu ta' analiżi tad-diversità mikrobjali billi jiġu identifikati profili mikrobjali skont is-sekwenzi tagħhom u mbagħad jipprova jiddeċifra r-rikkezza u d-diversità tal-komunità f'kull kampjun u bejn il-kampjuni. Il-pipeline BMKCloud Amplicon (NGS) jippermetti l-analiżi ta '16S, 18S, ITS u ġeni funzjonali multipli. Jibda bit-tirqim tal-qari, l-assemblaġġ tal-qari paired-end u l-valutazzjoni tal-kwalità, segwiti minn raggruppament ta 'qari simili biex jiġġeneraw Unitajiet Tassonomiċi Operattivi (OTUs) użati f'sitt sezzjonijiet ta' analiżi differenti. L-annotazzjoni tassonomika tipprovdi informazzjoni dwar l-abbundanza relattiva u l-kompożizzjoni ta 'kull kampjun, filwaqt li l-analiżi tad-diversità alfa u beta jiffokaw fuq id-diversità tal-mikrobi fi ħdan u bejn il-kampjuni, rispettivament. L-analiżi differenzjali bejn il-gruppi ssib OTUs li jvarjaw bl-użu ta’ testijiet kemm parametriċi kif ukoll mhux parametriċi, filwaqt li l-analiżi ta’ korrelazzjoni tirrelata dawn id-differenzi ma’ fatturi ambjentali. Fl-aħħarnett, l-abbundanza tal-ġeni funzjonali hija mbassra bbażata fuq l-abbundanza tal-ġeni li jimmarkaw, li tipprovdi ħarsa lejn il-funzjoni u l-ekoloġija f'kull kampjun.