Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Idħol

Prodotti

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Il-ġeni rRNA 16S u 18S, flimkien mar-reġjun Internal Transcrited Spacer (ITS), iservu bħala markaturi tal-marki tas-swaba' molekulari pivotali minħabba l-kombinazzjoni tagħhom ta 'reġjuni kkonservati ħafna u iper-varjabbli, li jagħmluhom għodod imprezzabbli għall-karatterizzazzjoni ta' organiżmi prokarjotiċi u ewkarjotiċi. L-amplifikazzjoni u s-sekwenzjar ta 'dawn ir-reġjuni joffru approċċ mingħajr iżolament għall-investigazzjoni tal-kompożizzjoni u d-diversità tal-mikrobi f'diversi ekosistemi. Filwaqt li s-sekwenzjar ta 'Illumina tipikament jimmira reġjuni ipervarjabbli qosra bħal V3-V4 ta' 16S u ITS1, intwera li l-annotazzjoni tassonomika superjuri tista 'tinkiseb billi tissekwenza t-tul sħiħ ta' 16S, 18S, u ITS. Dan l-approċċ komprensiv jirriżulta f'perċentwali ogħla ta 'sekwenzi klassifikati b'mod preċiż, li jikseb livell ta' riżoluzzjoni li jestendi għall-identifikazzjoni tal-ispeċi. Il-pjattaforma tas-sekwenzjar Single-Molecule Real-Time (SMRT) ta 'PacBio tispikka billi tipprovdi qari fit-tul preċiżi ħafna (HiFi) li jkopru l-amplicons full-length, rivaling mal-preċiżjoni tas-sekwenzjar Illumina. Din il-kapaċità tippermetti lir-riċerkaturi jiksbu vantaġġ mhux imqabbel - ħarsa panoramika tal-pajsaġġ ġenetiku. Il-kopertura estiża tgħolli b'mod sinifikanti r-riżoluzzjoni fl-annotazzjoni tal-ispeċi, partikolarment fi ħdan komunitajiet batterjali jew fungali, li tippermetti fehim aktar profond tal-kumplessità tal-popolazzjonijiet tal-mikrobi.

Ikkuntattjana

Dettalji tas-Servizz

Bijoinformatika

Riżultati Demo

Pubblikazzjonijiet dehru

Karatteristiċi tas-Servizz

● Pjattaforma tas-sekwenzjar: PacBio Revio

● Mod sekwenzar: CCS (jaqra HiFi)

● Amplifikazzjoni tar-reġjun fil-mira segwita b'konnessjoni tandem tal-amplicons qabel il-preparazzjoni tal-librerija tal-qanpiena HiFi SMRT

Vantaġġi tas-Servizz

●Riżoluzzjoni tassonomika ogħla: Than short-amplicon sekwenzar,li jippermettu rati ogħla ta' klassifikazzjoni OTU fil-livell tal-ispeċi.

●Sejħa bażi preċiża ħafna: Sekwenzar tal-mod PacBio CCS (jaqra HiFi).

●Mingħajr iżolament: Identifikazzjoni rapida tal-kompożizzjoni tal-mikrobi f'kampjuni ambjentali.

●Applikabbli ħafna: Diversi studji tal-komunità mikrobjali.

●Analiżi bijoinformatika komprensiva: L-aħħar pakkett QIIME2 (għarfien kwantitattiv dwar l-ekoloġija mikrobjali) b'analiżi differenti f'termini ta 'database, annotazzjoni, OTU/ASV.

●Kompetenza estensiva: B'eluf ta 'proġetti ta' sekwenzar ta 'amplicon imwettqa kull sena, BMKGENE ġġib aktar minn għaxar snin ta' esperjenza, tim ta 'analiżi b'ħiliet kbar, kontenut komprensiv, u appoġġ eċċellenti ta' wara l-bejgħ.

Speċifikazzjonijiet tas-Servizz

Librerija	Strateġija ta' Sekwenzar	Data rakkomandata
Amplikon	PacBio Revio	10/30/50 K tags (CCS)

Rekwiżiti tal-Kampjun

Konċentrazzjoni (ng/µL)	Ammont totali (µg)	Volum (µL)
≥5	≥0.3	≥20

Kunsinna tal-Kampjun Rakkomandata

Iffriża l-kampjuni fin-nitroġenu likwidu għal 3-4 sigħat u aħżen f'nitroġenu likwidu jew -80 grad għal riżerva fit-tul. It-tbaħħir tal-kampjuni bis-silġ niexef huwa meħtieġ.

Fluss tax-Xogħol tas-Servizz

Kunsinna tal-kampjun

Kostruzzjoni ta' librerija

Sekwenzar

Analiżi tad-dejta

Servizzi ta’ wara l-bejgħ

Preċedenti: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Li jmiss: Assaġġ għall-Kromatin Aċċessibbli għat-Transposase b'Sekwenzar ta' Throughput Għoli (ATAC-seq)

Jinkludi l-analiżi li ġejja:

●Raw kontroll tal-kwalità tad-data

●OTU clustering/De-noise(ASV)

●OTU annotazzjoni

●Alpha diversità analiżi: indiċi multipli, inklużi Shannon, Simpson u ACE.

●Beta analiżi tad-diversità

●Analiżi inter-grupp

●Analiżi ta 'korrelazzjoni: bejn fatturi ambjentali u kompożizzjoni OUT u diversità

●16S tbassir tal-ġeni funzjonali

Istogramma tad-distribuzzjoni tassonomika

Siġra filoġenetika tad-distribuzzjoni Komunitarja

Analiżi tad-diversità alfa: ACE

indiċi

Analiżi tad-diversità Beta: PCoA

Analiżi intergrupp: ANOVA

Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi ta’ sekwenzar tal-amplicon ta’ BMKGene ma’ PacBio permezz ta’ kollezzjoni kkurata ta’ pubblikazzjonijiet.

Gao, X. u Wang, H. (2023) 'Analiżi Komparattiva ta' Profili u Funzjonijiet Batterjali Rumen matul Adattament għal Fenoloġija Differenti (Regreen vs Grassy) f'Nagħaġ Merino Alpini b'Żewġ Stadji ta' Tkabbir fuq Mergħa Alpina', Fermentazzjoni, 9( 1), p. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. et al. (2023) 'Qbid tal-materja skura mikrobjali f'ħamrija tad-deżert bl-użu ta' metaġenomika bbażata fuq il-culturomics u analiżi ta' riżoluzzjoni għolja', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) 'Effetti tal-melħ tal-aċidu xaħmi fuq il-karatteristiċi tal-fermentazzjoni, id-diversità batterika u l-istabbiltà aerobika ta' silage imħallat ippreparat b'alfalfa, tiben tar-ross u nuħħala tal-qamħ', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), pp. 1475– 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) 'L-Interazzjoni bejn il-Bijomarkaturi ta' Stress Ossidattiv u l-Mikrobijota tal-Imsaren fl-Effetti Antiossidanti ta' Estratti minn Sonchus brachyotus DC. fi Stress Ossidattiv Intestinali Indott minn Oxazolone f'Adult Zebrafish', Antiossidanti 2023, Vol. 12, Paġna 192, 12(1), p. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.