10x Ġenomika Visju Traskrizzjoni Spazjali
Skema Teknika
Karatteristiċi
● Riżoluzzjoni: 100 µm
● Dijametru tal-post: 55 µm
● Numru ta 'spots: 4992
● Żona tal-qbid: 6.5 x 6.5 mm
● Kull post tal-barcoded huwa mgħobbi bi primer magħmul minn 4 taqsimiet:
- denb poly (dt) għal priming mRNA u sintesi ta 'cDNA
- Identifikatur molekulari uniku (UMI) biex jikkoreġi l-preġudizzju għall-amplifikazzjoni
- Barcode spazjali
- Sekwenza li torbot ta 'primer tas-sekwenzar ta' qari parzjali 1
● H&E tebgħa tat-taqsimiet
Vantaġġi
●Servizz one-stop: Jintegra l-passi kollha bbażati fuq l-esperjenza u l-ħiliet, inklużi s-sezzjoni tal-krio, tebgħa, ottimizzazzjoni tat-tessuti, barcoding spazjali, preparazzjoni tal-librerija, sekwenzar u bijoinformatika.
● Tim tekniku b'ħiliet għolja: b'esperjenza f'aktar minn 250 tip ta 'tessuti u 100+ speċi inklużi bniedem, ġurdien, mammiferu, ħut u pjanti.
●Aġġornament f'ħin reali fuq il-proġett kollu: b'kontroll sħiħ tal-progress sperimentali.
●Bijoinformatika standard komprensiva:Il-pakkett jinkludi 29 analiżi u 100+ figuri ta 'kwalità għolja.
●Analiżi u viżwalizzazzjoni tad-dejta personalizzati: Disponibbli għal talbiet ta 'riċerka differenti.
●Analiżi konġunta mhux obbligatorja b'sekwenzar ta 'mRNA b'ċellula waħda
Speċifikazzjonijiet
| Rekwiżiti tal-kampjun | Librerija | Strateġija ta 'sekwenzar | Dejta rakkomandata | Kontroll tal-kwalità |
| Kampjuni ta 'krio-inkorporati b'Ottubru (Dijametru ottimali: madwar 6x6x6 mm³) 2 blokki għal kull kampjun | 10x Librerija tal-Visju CDNA | Illumina PE150 | 50k PE jaqra għal kull post (60GB) | Rin> 7 |
Għal aktar dettalji dwar gwida għall-preparazzjoni tal-kampjun u fluss tax-xogħol tas-servizz, jekk jogħġbok tħossok liberu li tkellem lilBMKGENE Espert
Fluss tax-xogħol tas-servizz
Fil-fażi ta 'preparazzjoni tal-kampjun, titwettaq prova inizjali ta' estrazzjoni ta 'RNA biex tiżgura RNA ta' kwalità għolja. Fl-istadju tal-ottimizzazzjoni tat-tessut is-sezzjonijiet huma mtebbgħin u viżwalizzati u l-kundizzjonijiet tal-permeabilizzazzjoni għar-rilaxx tal-mRNA mit-tessut huma ottimizzati. Il-protokoll ottimizzat imbagħad jiġi applikat waqt il-kostruzzjoni tal-librerija, segwit minn sekwenzar u analiżi tad-dejta.
Il-fluss tax-xogħol tas-servizz komplut jinvolvi aġġornamenti f'ħin reali u konfermi tal-klijenti biex jinżamm linja ta 'feedback reattiv, li jiżgura eżekuzzjoni bla xkiel tal-proġett.
Tinkludi l-analiżi li ġejja:
Kontroll tal-Kwalità tad-Dejta:
o Il-produzzjoni tad-dejta u d-distribuzzjoni tal-punteġġ tal-kwalità
O Sejbien tal-Ġeni għal kull post
o Kopertura tat-tessut
Analiżi tal-kampjun ta 'ġewwa:
O Rikkezza tal-Ġene
o Raggruppament fuq il-post, inkluż analiżi mnaqqsa tad-dimensjoni
o Analiżi tal-espressjoni differenzjali bejn clusters: identifikazzjoni tal-ġeni tal-markatur
o Annotazzjoni funzjonali u arrikkiment tal-ġeni markaturi
Analiżi bejn il-gruppi
o Kombinazzjoni mill-ġdid ta 'tikek miż-żewġ kampjuni (eż. Morda u kontroll) u mill-ġdid
o Identifikazzjoni tal-ġeni tal-markatur għal kull cluster
o Annotazzjoni funzjonali u arrikkiment tal-ġeni markaturi
o Espressjoni differenzjali tal-istess raggruppament bejn gruppi
Analiżi tal-kampjun ta 'ġewwa
Spot clustering
Identifikazzjoni tal-ġeni tal-markatur u distribuzzjoni spazjali
Analiżi bejn il-gruppi
Kombinazzjoni tad-dejta miż-żewġ gruppi u mill-ġdid
Ġeni tal-markatur ta 'raggruppamenti ġodda
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizz ta 'transcriptomics spazjali ta' BMKGene b'10X visju f'dawn il-pubblikazzjonijiet dehru:
Chen, D. et al. (2023) "MTHL1, omologu potenzjali ta 'Drosophila ta' GPCRs ta 'adeżjoni ta' mammiferi, huwa involut f'reazzjonijiet antitumor għal ċelloli onkoġeniċi injettati fid-dubbien",Proċedimenti ta 'l-Akkademja Nazzjonali tax-Xjenzi ta' l-Istati Uniti ta 'l-Amerika, 120 (30), p. E2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) "L-azzar jippermetti delinjazzjoni b'riżoluzzjoni għolja ta 'data traskriptomika spazjotemporali",Briefings fil-bijoinformatika, 24 (2), pp. 1-10. doi: 10.1093 / bib / bbad068.
Liu, C. et al. (2022) "Atlas spazjotemporali ta 'organoġenesi fl-iżvilupp ta' fjuri ta 'orkidej",Riċerka dwar l-aċidi nuklejiċi, 50 (17), pp. 9724–9737. doi: 10.1093 / nar / gkac773.
Wang, J. et al. (2023) "L-integrazzjoni ta 'transcriptomics spazjali u sekwenzar ta' RNA ta 'nukleu wieħed jiżvelaw l-istrateġiji terapewtiċi potenzjali għal leiomyoma ta' l-utru",Ġurnal Internazzjonali tax-Xjenzi Bijoloġiċi, 19 (8), pp. 2515-2530. doi: 10.7150 / ijbs.83510.
