Penjujukan genom bisulfit keseluruhan (WGBS)
Penjujukan Seluruh Genom Bisulfite (WGBS) berdiri sebagai metodologi standard emas untuk penerokaan mendalam metilasi DNA, khususnya kedudukan kelima dalam sitosin (5-mC), pengawal selia penting ekspresi gen dan aktiviti selular. Prinsip asas WGBS melibatkan rawatan bisulfit, mendorong penukaran sitosin yang tidak dimetilasi kepada urasil (C kepada U), sambil membiarkan sitosin metilasi tidak berubah. Teknik ini menawarkan resolusi asas tunggal, membolehkan penyelidik menyiasat secara menyeluruh metilom dan mendedahkan corak metilasi yang tidak normal yang dikaitkan dengan pelbagai keadaan, terutamanya kanser. Dengan menggunakan WGBS, saintis boleh memperoleh pandangan yang tidak dapat ditandingi tentang landskap metilasi seluruh genom, memberikan pemahaman yang bernuansa tentang mekanisme epigenetik yang mendasari pelbagai proses dan penyakit biologi.
Ciri Perkhidmatan
● Memerlukan genom rujukan.
● DNA Lambda ditambah untuk memantau kecekapan penukaran bisulfit.
● Penjujukan pada Illumina NovaSeq.
Kelebihan Perkhidmatan
●Piawaian Emas untuk Penyelidikan Metilasi DNA: Teknologi pemprosesan penukaran metilasi matang ini mempunyai ketepatan yang tinggi dan kebolehulangan yang baik.
●Liputan Luas dan Resolusi Asas Tunggal:pengesanan tapak metilasi pada tahap seluruh genom.
●Platform Lengkap:menyediakan perkhidmatan terbaik sehenti daripada pemprosesan sampel, pembinaan perpustakaan, penjujukan kepada analisis bioinformatik.
●Kepakaran Luas: dengan projek penjujukan WGBS berjaya disiapkan merentasi pelbagai spesies, BMKGENE membawa lebih sedekad pengalaman, pasukan analisis berkemahiran tinggi, kandungan komprehensif dan sokongan pasca jualan yang sangat baik.
●Kemungkinan untuk Sertai dengan Analisis Transkriptik: membenarkan analisis bersepadu WGBS dengan data omik lain seperti RNA-seq.
Spesifikasi Sampel
| Perpustakaan | Strategi Penjujukan | Output data yang disyorkan | Kawalan kualiti |
| Bisulfit dirawat | Illumina PE150 | 30x kedalaman | S30 ≥ 85% Penukaran bisulfit > 99% |
Keperluan Sampel
| Kepekatan (ng/µL) | Jumlah amaun (µg) | Keperluan tambahan | |
| DNA genomik | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Degradasi atau pencemaran terhad |
Aliran Kerja Perkhidmatan
Contoh penghantaran
Pengekstrakan DNA
Pembinaan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Penghantaran data
Termasuk analisis berikut:
● Kawalan kualiti penjujukan mentah;
● Pemetaan untuk merujuk genom;
● Pengesanan asas metilasi 5mC;
● Analisis taburan dan anotasi metilasi;
● Analisis Kawasan Bermetilasi Berbeza (DMR);
● Anotasi fungsi gen yang dikaitkan dengan DMR.
Pengesanan metilasi 5mC: jenis tapak metilasi
Peta metilasi. 5mC pengedaran genom metilasi seluruhnya
Anotasi kawasan yang sangat metilasi
Kawasan Metilasi Berbeza: gen yang berkaitan
Kawasan Metilasi Berbeza: anotasi gen yang berkaitan (Ontology Gen)
Terokai kemajuan penyelidikan yang difasilitasi oleh keseluruhan perkhidmatan penjujukan bisulfit genom BMKGene melalui koleksi penerbitan yang dipilih susun.
Fan, Y. et al. (2020) 'Analisis profil metilasi DNA semasa pembangunan otot rangka biri-biri menggunakan penjujukan bisulfit genom keseluruhan',BMC Genomics, 21(1), ms 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Perturbasi metilasi asid deoksiribonukleik novel dalam pekerja yang terdedah kepada vinil klorida',Toksikologi dan Kesihatan Perindustrian, 38(7), ms 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Hubungan antara metilasi genom, tahap RNA bukan pengekodan, mRNA dan metabolit dalam buah tomato yang masak',Jurnal Tumbuhan, 103(3), ms 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
