Penjujukan Fragmen Diperkuat-Lokus Khusus (SLAF-Seq)
Aliran kerja
Skim Teknikal
Ciri Perkhidmatan
● Menjujukan pada NovaSeq dengan PE150.
● Penyediaan perpustakaan dengan pengekodan bar berganda, membolehkan pengumpulan lebih 1000 sampel.
● Teknik ini boleh digunakan dengan atau tanpa genom rujukan, dengan saluran paip bioinformatik yang berbeza untuk setiap kes:
Dengan genom rujukan: SNP dan penemuan InDel
Tanpa genom rujukan: pengelompokan sampel dan penemuan SNP
● Dalamdalam silicogabungan enzim sekatan berbilang peringkat pra-reka bentuk disaring untuk mencari yang menjana pengedaran seragam tag SLAF sepanjang genom.
● Semasa pra-percubaan, tiga gabungan enzim diuji dalam 3 sampel untuk menjana 9 perpustakaan SLAF, dan maklumat ini digunakan untuk memilih gabungan enzim sekatan yang optimum untuk projek.
Kelebihan Perkhidmatan
●Penemuan Penanda Genetik Tinggi: Penyepaduan sistem kod bar berganda berkemampuan tinggi membolehkan penjujukan serentak populasi besar, dan penguatan khusus lokus meningkatkan kecekapan, memastikan nombor teg memenuhi keperluan pelbagai soalan penyelidikan.
● Kebergantungan Rendah pada Genom: Ia boleh digunakan untuk spesies dengan atau tanpa genom rujukan.
●Reka Bentuk Skim Fleksibel: Enzim tunggal, dwi-enzim, pencernaan berbilang enzim, dan pelbagai jenis enzim semuanya boleh dipilih untuk memenuhi matlamat atau spesies penyelidikan yang berbeza. Thedalam silicopra-reka bentuk dijalankan untuk memastikan reka bentuk enzim yang optimum.
● Kecekapan Tinggi dalam Pencernaan Enzimatik: Pengaliran andalam silicopra-reka bentuk dan pra-eksperimen memastikan reka bentuk yang optimum dengan pengedaran sekata tag SLAF pada kromosom (1 tag SLAF/4Kb) dan mengurangkan urutan berulang (<5%).
●Kepakaran Luas: Pasukan kami membawa banyak pengalaman kepada setiap projek, dengan rekod prestasi menutup lebih 5000 projek SLAF-Seq pada ratusan spesies, termasuk tumbuhan, mamalia, burung, serangga dan organisma akuatik.
● Aliran Kerja Bioinformatik yang dibangunkan sendiri: BMKGENE membangunkan aliran kerja bioinformatik bersepadu untuk SLAF-Seq bagi memastikan kebolehpercayaan dan ketepatan output akhir.
Spesifikasi Perkhidmatan
| Jenis analisis | Skala populasi yang disyorkan | Strategi urutan | |
| Kedalaman penjujukan tag | Nombor tag | ||
| Peta Genetik | 2 ibu bapa dan >150 anak | Ibu bapa: 20x WGS Keturunan: 10x | Saiz genom: <400 Mb: WGS disyorkan <1Gb: 100K tag 1-2Gb:: 200K tag >2Gb: 300K tag Maks 500k tag |
| Kajian Persatuan Seluruh Genom (GWAS) | ≥200 sampel | 10x | |
| Evolusi Genetik | ≥30 sampel, dengan >10 sampel daripada setiap subkumpulan | 10x | |
Keperluan Perkhidmatan
Kepekatan ≥ 5 ng/µL
Jumlah keseluruhan ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Gel agarose: tiada atau degradasi atau pencemaran terhad
Penghantaran Sampel yang Disyorkan
Bekas: 2 ml tiub empar
(Bagi kebanyakan sampel, kami mengesyorkan agar tidak disimpan dalam etanol)
Pelabelan sampel: Sampel perlu dilabel dengan jelas dan sama dengan borang maklumat sampel yang diserahkan.
Penghantaran: Ais kering: Sampel perlu dibungkus dalam beg terlebih dahulu dan dikebumikan dalam ais kering.
Aliran Kerja Perkhidmatan
Contoh QC
Percubaan juruterbang
SLAF-eksperimen
Persediaan Perpustakaan
Sequencing
Analisis Data
Perkhidmatan Selepas Jualan
Termasuk analisis berikut:
- QC data jujukan
- Pembangunan tag SLAF
Pemetaan untuk merujuk genom
Tanpa genom rujukan: pengelompokan
- Analisis tag SLAF.: statistik, pengedaran merentas genom
- Penemuan penanda: SNP, InDel, SNV, panggilan CV dan anotasi
Taburan tag SLAF pada kromosom:
Taburan SNP pada kromosom:
Anotasi SNP
| tahun | Jurnal | IF | Tajuk | Aplikasi |
| 2022 | Komunikasi alam semula jadi | 17.694 | Asas genom bagi kromosom giga dan genom giga peoni pokok Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Pakar Fitologi Baru | 7.433 | Jejak kaki domestik menambat kawasan genom yang mempunyai kepentingan agronomi kacang soya | SLAF-GWAS |
| 2022 | Jurnal Penyelidikan Lanjutan | 12.822 | Introgresi tiruan seluruh genom Gossypium barbadense ke dalam G. hirsutum mendedahkan lokus unggul untuk peningkatan serentak kualiti gentian kapas dan hasil sifat | SLAF-Evolusi genetik |
| 2019 | Loji Molekul | 10.81 | Analisis Genomik Populasi dan Perhimpunan De Novo Mendedahkan Asal Usul Weedy Nasi sebagai Permainan Evolusi | SLAF-Evolusi genetik |
| 2019 | Genetik Alam Semula Jadi | 31.616 | Urutan genom dan kepelbagaian genetik ikan mas biasa, Cyprinus carpio | Peta SLAF-Linkage |
| 2014 | Genetik Alam Semula Jadi | 25.455 | Genom kacang tanah yang ditanam memberikan gambaran tentang kariotip kekacang, poliploid evolusi dan domestikasi tanaman. | Peta SLAF-Linkage |
| 2022 | Jurnal Bioteknologi Tumbuhan | 9.803 | Pengenalpastian ST1 mendedahkan pemilihan yang melibatkan hitchhiking morfologi benih dan kandungan minyak semasa pembiakan kacang soya | Pembangunan SLAF-Marker |
| 2022 | Jurnal Antarabangsa Sains Molekul | 6.208 | Pengenalpastian dan Pembangunan Penanda DNA untuk Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Penggantian Kromosom Disomik | Pembangunan SLAF-Marker |
| tahun | Jurnal | IF | Tajuk | Aplikasi |
| 2023 | Sempadan dalam sains tumbuhan | 6.735 | Pemetaan QTL dan analisis transkriptom kandungan gula semasa pematangan buah Pyrus pyrifolia | Peta Genetik |
| 2022 | Jurnal Bioteknologi Tumbuhan | 8.154 | Pengenalpastian ST1 mendedahkan pemilihan yang melibatkan menumpang morfologi benih dan kandungan minyak semasa pembiakan kacang soya
| Panggilan SNP |
| 2022 | Sempadan dalam sains tumbuhan | 6.623 | Pemetaan Persatuan Seluruh Genom bagi Fenotip Hulless Barely dalam Persekitaran Kemarau.
| GWAS |
