Exclusive Agency for Korea

Log masuk BMKCloud

Produk

Penjujukan RNA nukleus tunggal

Perkembangan teknik penangkapan sel tunggal dan pembinaan perpustakaan tersuai, ditambah dengan penjujukan pemprosesan tinggi, telah merevolusikan kajian ekspresi gen pada peringkat sel. Kejayaan ini membolehkan analisis yang lebih mendalam dan lebih komprehensif tentang populasi sel yang kompleks, mengatasi batasan yang berkaitan dengan purata ekspresi gen ke atas semua sel dan memelihara heterogeniti sebenar dalam populasi ini. Walaupun penjujukan RNA sel tunggal (scRNA-seq) mempunyai kelebihan yang tidak dapat dinafikan, ia menghadapi cabaran dalam tisu tertentu di mana penciptaan penggantungan sel tunggal terbukti sukar dan memerlukan sampel segar. Di BMKGene, kami menangani halangan ini dengan menawarkan penjujukan RNA nukleus tunggal (snRNA-seq) menggunakan teknologi 10X Genomics Chromium yang terkini. Pendekatan ini meluaskan spektrum sampel yang boleh diterima oleh analisis transkrip pada peringkat sel tunggal.

Pengasingan nukleus dicapai melalui cip 10X Genomics Chromium yang inovatif, yang menampilkan sistem mikrofluidik lapan saluran dengan lintasan berganda. Dalam sistem ini, manik gel yang menggabungkan kod bar, primer, enzim, dan nukleus tunggal dikapsulkan dalam titisan minyak bersaiz nanoliter, membentuk Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Berikutan pembentukan GEM, lisis sel dan pelepasan kod bar berlaku dalam setiap GEM. Selepas itu, molekul mRNA menjalani transkripsi terbalik ke dalam cDNA, menggabungkan kod bar 10X dan Pengecam Molekul Unik (UMI). CDNA ini kemudiannya tertakluk kepada pembinaan perpustakaan penjujukan standard, memudahkan penerokaan profil ekspresi gen yang mantap dan komprehensif pada peringkat sel tunggal.

Platform: 10× Genomics Chromium dan Platform Illumina NovaSeq

Hubungi Kami

Butiran Perkhidmatan

Bioinformatik

Keputusan Demo

Penerbitan Pilihan

Skim Teknikal

Pengasingan nukleus dicapai dengan 10× Genomics Chromium™, yang terdiri daripada sistem mikrofluidik lapan saluran dengan lintasan berganda. Dalam sistem ini, manik gel dengan kod bar dan primer, enzim dan nukleus tunggal dikapsulkan dalam titisan minyak bersaiz nanoliter, menghasilkan Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Setelah GEM terbentuk, lisis sel dan pelepasan kod bar dilakukan dalam setiap GEM. mRNA ditranskripsikan secara terbalik ke dalam molekul cDNA dengan kod bar 10× dan UMI, yang selanjutnya tertakluk kepada pembinaan perpustakaan penjujukan standard.

Ciri-ciri

● Penyediaan penggantungan nukleus tunggal daripada tisu beku

● Pembentukan Gel Bead-in-Emulsion (GEM) diikuti dengan sintesis cDNA

● Setiap manik dalam PERMATA dimuatkan dengan primer yang terdiri daripada 4 bahagian:

ekor poli(dT) untuk penyebuan mRNA dan sintesis cDNA,

Pengecam Molekul Unik (UMI) untuk membetulkan bias amplifikasi

10x kod bar

Jujukan pengikatan buku asas jujukan 1 bacaan separa

Kelebihan

Penjujukan RNA nukleus tunggal mengelakkan had penjujukan RNA sel tunggal, membolehkan:

● Penggunaan sampel beku dan bukan sahaja terhad kepada sampel segar

● Tekanan rendah sel beku jika dibandingkan dengan rawatan enzimatik sel segar, dicerminkan dalam data transkrip dalam bentuk gen yang kurang disebabkan oleh tekanan

● Tidak perlu penyingkiran sel darah merah terlebih dahulu

● Diameter sel tanpa had

● Pelbagai sampel yang layak untuk dianalisis, termasuk jenis tisu yang kompleks dan rapuh yang terdedah kepada penggumpalan atau pemusnahan sel semasa pemisahan tisu

Sampel yang tidak boleh dianalisis dengan penjujukan RNA sel tunggal dan layak untuk penjujukan RNA nukleus tunggal:

Sel / Tisu	Sebab
Tisu beku yang tidak segar	Tidak dapat mendapatkan organisasi baharu atau disimpan lama
Sel otot, Megakariosit, Lemak…	Diameter sel terlalu besar untuk memasuki instrumen
Hati…	Terlalu rapuh untuk pecah, tidak dapat membezakan sel tunggal
Sel neuron, Otak…	Lebih sensitif, mudah tertekan, akan mengubah hasil penjujukan
Pankreas, Tiroid…	Kaya dengan enzim endogen, menjejaskan pengeluaran penggantungan sel tunggal

Nukleus tunggal vs Sel tunggal

Nukleus tunggal	Sel tunggal
Diameter sel tanpa had	Diameter sel: 10-40 μm
Bahannya boleh menjadi tisu beku	Bahan mestilah tisu segar
Tekanan rendah sel beku	Rawatan enzim boleh menyebabkan tindak balas tekanan sel
Tiada sel darah merah perlu dibuang	Sel darah merah perlu dibuang
Nuklear mengekspresikan biomaklumat	Seluruh sel mengekspresikan biomaklumat

Spesifikasi

Keperluan Sampel

Perpustakaan

Strategi urutan

Data disyorkan

Kawalan Kualiti

Tisu haiwan ≥ 200 mg

Tisu tumbuhan ≥ 400 mg

10x Pustaka Genomik sn cDNA

Illumina PE150

100K bacaan PE setiap sel

(100-200 Gb)

700-1200 nukleus/μl dan integriti nukleus diperhatikan di bawah mikroskop

Untuk butiran lanjut tentang panduan penyediaan sampel dan aliran kerja perkhidmatan, sila hubungi aPakar BMKGENE

Aliran Kerja Perkhidmatan

Sebelumnya: Penjujukan Keseluruhan Genom Tumbuhan/Haiwan

Seterusnya: Analisis Persatuan seluruh genom

Termasuk analisis berikut:

● Kawalan Kualiti: bilangan sel, pengesanan gen, pengecaman sel yang tepat, molekul RNA dan kuantifikasi ekspresi

● Analisis Sampel Dalaman:

Pengelompokan sel dan anotasi kelompok

Analisis Ungkapan Berbeza: pengenalpastian DEG dalam kelompok

Anotasi fungsional dan pengayaan DEG kelompok

● Analisis Antara kumpulan:

Gabungan data

Analisis Ungkapan Berbeza: pengenalpastian DEG dalam kumpulan

Anotasi fungsional dan pengayaan DEG kumpulan

● Analisis Lanjutan:

Analisis kitaran sel

Analisis masa pseudo

Analisis komunikasi sel (CellPhoneDB)

Analisis Pengayaan Set Gen (GSEA)

Analisis sampel dalaman

Pengelompokan sel:

Analisis Ungkapan Berbeza: kelompok DEG

Analisis antara kumpulan

Analisis Ungkapan Berbeza: DEG Kumpulan

Analisis Lanjutan:

Analisis masa pseudo:

Analisis kitaran sel:

Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan penjujukan RNA nukleus tunggal BMKGene oleh 10X Chromium dalam penerbitan yang ditampilkan ini:

Wang, L. et al. (2021) 'Analisis transkriptom sel tunggal mendedahkan landskap imun paru-paru dalam keterukan asma tahan steroid',Prosiding Akademi Sains Kebangsaan Amerika Syarikat, 118(2), hlm. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

Zheng, H. et al. (2022) 'Rangkaian Pengawalseliaan Global untuk Ekspresi Gen Disregulasi dan Isyarat Metabolik Tidak Normal dalam Sel Imun dalam Persekitaran Mikro Penyakit Graves dan Tiroiditis Hashimoto',Sempadan dalam Imunologi, 13, hlm. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.

Tian, H. et al. (2023) 'Transkriptom sel tunggal mendedahkan heterogeniti dan tindak balas imun leukosit selepas vaksinasi dengan Edwardsiella tarda yang tidak aktif dalam menggelepar (Paralichthys olivaceus)',Akuakultur, 566, hlm. 739238. doi: 10.1016/J.AKUAKULTUR.2023.739238.

Yu, Y. et al. (2023) 'Terapi fotodinamik meningkatkan hasil perencat pusat pemeriksaan imun melalui pembentukan semula imuniti anti-tumor pada pesakit dengan kanser gastrik',Kanser Gastrik, 26(5), ms 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.