Penjujukan Bisulfit Perwakilan Terkurang (RRBS)
Penjujukan Bisulfit Perwakilan Terkurang (RRBS) telah muncul sebagai alternatif yang kos efektif dan cekap kepada Penjujukan Bisulfit Genom Seluruh (WGBS) dalam penyelidikan metilasi DNA. Walaupun WGBS memberikan pandangan komprehensif dengan memeriksa keseluruhan genom pada resolusi asas tunggal, kosnya yang tinggi boleh menjadi faktor pengehad. RRBS secara strategik mengurangkan cabaran ini dengan menganalisis secara selektif sebahagian wakil genom. Metodologi ini bergantung pada pengayaan kawasan kaya pulau CpG oleh belahan MspI diikuti dengan pemilihan saiz serpihan 200-500/600 bps. Akibatnya, hanya kawasan yang berdekatan dengan pulau CpG yang dijujukan, manakala kawasan yang mempunyai pulau CpG yang jauh dikecualikan daripada analisis. Proses ini, digabungkan dengan penjujukan bisulfit, membolehkan pengesanan resolusi tinggi metilasi DNA, dan pendekatan penjujukan, PE150, memfokuskan secara khusus pada hujung sisipan dan bukannya tengah, meningkatkan kecekapan pemprofilan metilasi. RRBS ialah alat yang tidak ternilai yang membolehkan penyelidikan metilasi DNA kos efektif dan memajukan pengetahuan tentang mekanisme epigenetik.
Ciri Perkhidmatan
● Memerlukan genom rujukan.
● DNA Lambda digunakan untuk memantau kecekapan penukaran bisulfit.
● Kecekapan pencernaan MspI juga dipantau.
● Pencernaan enzim berganda untuk sampel tumbuhan.
● Penjujukan pada Illumina NovaSeq.
Kelebihan Perkhidmatan
●Kos efektif dan Alternatif yang Cekap kepada WGBS: membolehkan analisis dijalankan pada kos yang lebih rendah dan dengan keperluan sampel yang lebih rendah.
●Platform Lengkap:menyediakan perkhidmatan terbaik sehenti daripada pemprosesan sampel, pembinaan perpustakaan, dan penjujukan kepada analisis bioinformatik.
●Kepakaran Luas: dengan projek penjujukan RRBS berjaya disiapkan merentasi pelbagai spesies, BMKGENE membawa lebih sedekad pengalaman, pasukan analisis berkemahiran tinggi, kandungan komprehensif dan sokongan pasca jualan yang sangat baik.
Spesifikasi Perkhidmatan
| Perpustakaan | Strategi Penjujukan | Output data yang disyorkan | Kawalan kualiti |
| Perpustakaan yang dicerna MspI dan Bisulfit | Illumina PE150 | 8 Gb | S30 ≥ 85% Penukaran bisulfit > 99% Kecekapan pemotongan MspI > 95% |
Keperluan Sampel
| Kepekatan (ng/µL) | Jumlah amaun (µg) |
| |
| DNA genomik | ≥ 30 | ≥ 1 | Degradasi atau pencemaran terhad |
Aliran Kerja Perkhidmatan
Contoh penghantaran
Pembinaan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
Termasuk analisis berikut:
● Kawalan kualiti penjujukan mentah;
● Pemetaan untuk merujuk genom;
● Pengesanan asas metilasi 5mC dan pengenalpastian motif;
● Analisis taburan metilasi dan perbandingan sampel;
● Analisis Kawasan Bermetilasi Berbeza (DMR);
● Anotasi fungsi gen yang dikaitkan dengan DMR.
Kawalan kualiti: kecekapan pencernaan (dalam pemetaan genom)
Kawalan kualiti: penukaran bisulfit (dalam pengekstrakan maklumat metilasi)
Peta metilasi: pengedaran seluruh genom metilasi 5mC
Perbandingan sampel: Analisis Komponen Utama
Analisis Kawasan Metilasi Berbeza (DMRs): peta haba
Terokai kemajuan penyelidikan yang difasilitasi oleh keseluruhan perkhidmatan penjujukan bisulfit genom BMKGene melalui koleksi penerbitan yang dipilih susun.
Li, Z. et al. (2022) 'Pemrograman semula kesetiaan tinggi ke dalam sel seperti Leydig dengan pengaktifan CRISPR dan faktor paracrine',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Analisis metilasi DNA seluruh genom bagi komposisi badan dalam kembar monozigotik Cina',Jurnal Penyiasatan Klinikal Eropah, 53(11), hlm. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'Metilasi DNA dan nisbah pinggang ke pinggul: kajian persatuan seluruh epigenome dalam kembar monozigotik Cina',Jurnal Penyiasatan Endokrinologi, 45(12), ms 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
