Penjujukan RNA Prokariotik
Ciri-ciri
● Pemprosesan sampel RNA melibatkan pengurangan rRNA diikuti dengan penyediaan perpustakaan RNA berarah.
● Analisis bioinformatik berdasarkan penjajaran kepada genom rujukan
● Analisis termasuk ekspresi gen dan DEG tetapi juga struktur transkrip dan analisis sRNA
Kelebihan Perkhidmatan
●Kawalan Kualiti yang Teguh: kami melaksanakan titik kawalan teras merentas semua peringkat, daripada penyediaan sampel dan perpustakaan kepada penjujukan dan bioinformatik. Pemantauan yang teliti ini memastikan penyampaian hasil yang berkualiti tinggi secara konsisten.
●Data Penjujukan khusus helai: disebabkan oleh penyediaan perpustakaan RNA yang berarah, membolehkan pengenalpastian transkrip anti-deria.
●Analisis Lengkap Disesuaikan dengan Transkriptom Prokariotik: saluran paip bioinformatik termasuk bukan sahaja analisis ekspresi gen tetapi juga analisis struktur transkrip, termasuk pengenalpastian operon, UTR dan promoter. Ia juga termasuk analisis sRNA, iaitu anotasi dan ramalan struktur dan sasaran sekunder.
●Sokongan Selepas Jualan: komitmen kami melangkaui penyiapan projek dengan tempoh perkhidmatan selepas jualan selama 3 bulan. Pada masa ini, kami menawarkan susulan projek, bantuan penyelesaian masalah dan sesi Soal Jawab untuk menangani sebarang pertanyaan yang berkaitan dengan keputusan.
Keperluan Sampel dan Penghantaran
| Perpustakaan | Strategi urutan | Data disyorkan | Kawalan Kualiti |
| perpustakaan arah kehabisan rRNA | Illumina PE150 | 1-2 Gb | S30≥85% |
Keperluan Sampel:
| Conc.(ng/μl) | Jumlah (μg) | Kesucian | Integriti |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Pencemaran protein atau DNA terhad atau tiada ditunjukkan pada gel. | RIN≥6.5 |
Penghantaran Sampel yang Disyorkan
Bekas: 2 ml tiub empar (Kerajang timah tidak disyorkan)
Pelabelan sampel: Kumpulan+replikasi cth A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Penghantaran:
1. Ais kering: Sampel perlu dibungkus dalam beg dan dikebumikan dalam ais kering.
2. Tiub RNAstable: Sampel RNA boleh dikeringkan dalam tiub penstabilan RNA (cth RNAstable®) dan dihantar dalam suhu bilik.
Aliran Kerja Perkhidmatan
Contoh penghantaran
Pembinaan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
Aliran Kerja Analisis Bioinformatik
Termasuk Analisis Berikut:
● Kawalan kualiti data mentah
● Penjajaran kepada genom rujukan
● Penilaian Kualiti Perpustakaan: Rawak pemecahan RNA, saiz sisipan dan ketepuan penjujukan
● Anotasi fungsi gen pengekodan yang diramalkan
● Analisis Ungkapan: korelasi dan Analisis Komponen Utama (PCA)
● Ekspresi Gen Berbeza (DEG)
● Anotasi fungsional dan pengayaan DEG
● Analisis sRNA: ramalan, anotasi, sasaran dan ramalan struktur sekunder
● Analisis Struktur Transkrip: operon, kedudukan permulaan dan penamat, Wilayah tidak diterjemahkan (UTS), penganjur dan analisis SNP/InDel
Ketepuan urutan
Anotasi fungsi gen pengekodan
Korelasi antara sampel
Analisis Differential Expressed Gens (DEGs).
Analisis pengayaan fungsional
anotasi sRNA
Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan penjujukan mRNA penuh Nanopore BMKGene dalam penerbitan yang ditampilkan ini.
Guan, CP et al. (2018) 'Perubahan Transkriptom Global Staphylococcus epidermidis Pembentuk Biofilem Bertindak Balas Terhadap Jumlah Alkaloid Sophorea alopecuroides',Jurnal Mikrobiologi Poland, 67(2), hlm. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
