-
Penjujukan Metagenomik -NGS
Metagenom ialah koleksi jumlah bahan genetik komuniti campuran organisma, seperti metagenom alam sekitar dan manusia. Ia mengandungi genom mikroorganisma yang boleh ditanam dan tidak boleh ditanam. Penjujukan metagenomik senapang patah dengan NGS membolehkan kajian landskap genomik rumit ini tertanam dalam sampel persekitaran dengan menyediakan lebih daripada pemprofilan taksonomi, memberikan juga cerapan terperinci tentang kepelbagaian spesies, dinamik kelimpahan dan struktur populasi yang kompleks. Di luar kajian taksonomi, metagenomik senapang patah juga menawarkan perspektif genomik berfungsi, membolehkan penerokaan gen yang dikodkan dan peranannya dalam proses ekologi. Akhirnya, penubuhan rangkaian korelasi antara unsur genetik dan faktor persekitaran menyumbang kepada pemahaman holistik tentang interaksi rumit antara komuniti mikrob dan latar belakang ekologi mereka. Kesimpulannya, penjujukan metagenomik berdiri sebagai instrumen penting untuk membongkar selok-belok genomik komuniti mikrob yang pelbagai, menerangi hubungan pelbagai rupa antara genetik dan ekologi dalam ekosistem kompleks ini.
Platform: Illumina NovaSeq dan DNBSEQ-T7
-
Penjujukan Metagenomik-TGS
Metagenom ialah koleksi bahan genetik komuniti campuran organisma, seperti metagenom alam sekitar dan manusia. Ia mengandungi genom mikroorganisma yang boleh ditanam dan tidak boleh ditanam. Penjujukan metagenomik membolehkan kajian landskap genomik rumit ini tertanam dalam sampel ekologi dengan menyediakan lebih daripada pemprofilan taksonomi. Ia juga menawarkan perspektif genomik berfungsi dengan meneroka gen yang dikodkan dan peranannya dalam proses alam sekitar. Walaupun pendekatan senapang patah tradisional dengan penjujukan Illumina telah digunakan secara meluas dalam kajian metagenomik, kemunculan penjujukan Nanopore dan PacBio yang dibaca lama telah mengubah bidang. Teknologi Nanopore dan PacBio meningkatkan analisis bioinformatik hiliran, terutamanya pemasangan metagenom, memastikan pemasangan lebih berterusan. Laporan menunjukkan bahawa metagenomik berasaskan Nanopore dan berasaskan PacBio telah berjaya menghasilkan genom bakteria lengkap dan tertutup daripada mikrobiom kompleks (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Mengintegrasikan bacaan Nanopore dengan bacaan Illumina menyediakan pendekatan strategik untuk pembetulan ralat, mengurangkan ketepatan rendah semula jadi Nanopore. Gabungan sinergistik ini memanfaatkan kekuatan setiap platform penjujukan, menawarkan penyelesaian yang mantap untuk mengatasi potensi had dan memajukan ketepatan dan kebolehpercayaan analisis metagenomik.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumia dan PacBio Revio
-
Penjujukan genom bisulfit keseluruhan (WGBS)
Penjujukan Seluruh Genom Bisulfite (WGBS) berdiri sebagai metodologi standard emas untuk penerokaan mendalam metilasi DNA, khususnya kedudukan kelima dalam sitosin (5-mC), pengawal selia penting ekspresi gen dan aktiviti selular. Prinsip asas WGBS melibatkan rawatan bisulfit, mendorong penukaran sitosin yang tidak dimetilasi kepada urasil (C kepada U), sambil membiarkan sitosin metilasi tidak berubah. Teknik ini menawarkan resolusi asas tunggal, membolehkan penyelidik menyiasat secara menyeluruh metilom dan mendedahkan corak metilasi yang tidak normal yang dikaitkan dengan pelbagai keadaan, terutamanya kanser. Dengan menggunakan WGBS, saintis boleh memperoleh pandangan yang tidak dapat ditandingi tentang landskap metilasi seluruh genom, memberikan pemahaman yang bernuansa tentang mekanisme epigenetik yang mendasari pelbagai proses dan penyakit biologi.
-
Ujian untuk Kromatin Boleh Akses Transposase dengan Penjujukan Throughput Tinggi (ATAC-seq)
ATAC-seq ialah teknik penjujukan throughput tinggi yang digunakan untuk analisis kebolehcapaian kromatin seluruh genom. Penggunaannya memberikan pemahaman yang lebih mendalam tentang mekanisme kompleks kawalan epigenetik global ke atas ekspresi gen. Kaedah ini menggunakan transposase Tn5 hiperaktif untuk memecah dan menandai kawasan kromatin terbuka secara serentak dengan memasukkan penyesuai penjujukan. Penguatan PCR seterusnya menghasilkan penciptaan perpustakaan penjujukan, yang membolehkan pengecaman menyeluruh kawasan kromatin terbuka di bawah keadaan ruang-masa tertentu. ATAC-seq menyediakan pandangan holistik landskap kromatin yang boleh diakses, tidak seperti kaedah yang hanya menumpukan pada tapak pengikatan faktor transkripsi atau kawasan yang diubah suai histon tertentu. Dengan menyusun kawasan kromatin terbuka ini, ATAC-seq mendedahkan kawasan yang lebih cenderung kepada jujukan pengawalseliaan aktif dan tapak pengikat faktor transkripsi yang berpotensi, menawarkan pandangan berharga ke dalam modulasi dinamik ekspresi gen merentas genom.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Gen rRNA 16S dan 18S, bersama-sama dengan kawasan Internal Transcribed Spacer (ITS), berfungsi sebagai penanda cap jari molekul penting kerana gabungan kawasan yang sangat konservatif dan hiper-pembolehubah, menjadikannya alat yang tidak ternilai untuk mencirikan organisma prokariotik dan eukariotik. Penguatan dan penjujukan kawasan ini menawarkan pendekatan bebas pengasingan untuk menyiasat komposisi dan kepelbagaian mikrob merentas pelbagai ekosistem. Walaupun penjujukan Illumina lazimnya menyasarkan kawasan hiperpembolehubah pendek seperti V3-V4 daripada 16S dan ITS1, ia telah ditunjukkan bahawa anotasi taksonomi unggul boleh dicapai dengan menjujukan panjang penuh 16S, 18S dan ITS. Pendekatan komprehensif ini menghasilkan peratusan yang lebih tinggi bagi jujukan yang diklasifikasikan dengan tepat, mencapai tahap resolusi yang meluas kepada pengenalpastian spesies. Platform penjujukan Single-Molecule Real-Time (SMRT) PacBio menyerlah dengan menyediakan bacaan panjang (HiFi) yang sangat tepat yang meliputi amplikon panjang penuh, menyaingi ketepatan penjujukan Illumina. Keupayaan ini membolehkan penyelidik mencapai kelebihan yang tiada tandingan - pemandangan panorama landskap genetik. Liputan lanjutan dengan ketara meningkatkan resolusi dalam anotasi spesies, terutamanya dalam komuniti bakteria atau kulat, membolehkan pemahaman yang lebih mendalam tentang selok-belok populasi mikrob.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Penjujukan amplicon dengan teknologi Illumina, yang menyasarkan secara khusus penanda genetik 16S, 18S dan ITS, ialah kaedah yang berkuasa untuk membongkar kelimpahan filogeni, taksonomi dan spesies dalam komuniti mikrob. Pendekatan ini melibatkan penjujukan kawasan hipervariable bagi penanda genetik pengemasan. Pada asalnya diperkenalkan sebagai cap jari molekul olehWoeses et alpada tahun 1977, teknik ini telah merevolusikan pemprofilan mikrobiom dengan membolehkan analisis bebas pengasingan. Melalui penjujukan 16S (bakteria), 18S (kulat), dan Internal Transcribed Spacer (ITS, fungi), penyelidik boleh mengenal pasti bukan sahaja spesies yang banyak tetapi juga yang jarang dan tidak dikenal pasti. Diguna pakai secara meluas sebagai alat penting, penjujukan amplikon telah menjadi penting dalam membezakan komposisi mikrob yang berbeza merentas pelbagai persekitaran, termasuk mulut manusia, usus, najis dan seterusnya.
-
Penjujukan Semula Seluruh Genom Bakteria dan Kulat
Projek penjujukan semula genom keseluruhan bakteria dan kulat adalah penting untuk memajukan genomik mikrob dengan membolehkan penyiapan dan perbandingan genom mikrob. Ini memudahkan kejuruteraan penapaian, pengoptimuman proses perindustrian, dan penerokaan laluan metabolisme sekunder. Tambahan pula, penjujukan semula kulat dan bakteria adalah penting untuk memahami penyesuaian alam sekitar, mengoptimumkan strain, dan mendedahkan dinamik evolusi genetik, dengan implikasi yang luas dalam bidang perubatan, pertanian dan sains alam sekitar.
-
Penjujukan Amplikon 16S/18S/ITS Panjang Penuh PacBio
Platform Amplicon (16S/18S/ITS) dibangunkan dengan pengalaman bertahun-tahun dalam analisis projek kepelbagaian mikrob, yang mengandungi analisis asas piawai dan analisis peribadi: analisis asas meliputi kandungan analisis arus perdana penyelidikan mikrob semasa, kandungan analisis kaya dan komprehensif, dan hasil analisis dibentangkan dalam bentuk laporan projek; Kandungan analisis diperibadikan adalah pelbagai. Sampel boleh dipilih dan parameter boleh ditetapkan secara fleksibel mengikut laporan analisis asas dan tujuan penyelidikan, untuk merealisasikan keperluan yang diperibadikan. Sistem pengendalian Windows, ringkas dan pantas.
-
Transkriptom PacBio-Full-length (Bukan Rujukan)
Mengambil data penjujukan Isoform Pacific Biosciences (PacBio) sebagai input, Apl ini dapat mengenal pasti urutan transkrip panjang penuh (tanpa pemasangan). Dengan memetakan jujukan panjang penuh terhadap genom rujukan, transkrip boleh dioptimumkan oleh gen yang diketahui, transkrip, kawasan pengekodan, dll. Dalam kes ini, pengenalpastian struktur mRNA yang lebih tepat, seperti penyambungan alternatif, dll, boleh dicapai. Analisis bersama dengan data penjujukan transkrip NGS membolehkan anotasi yang lebih komprehensif dan kuantifikasi yang lebih tepat dalam ungkapan pada peringkat transkrip, yang sebahagian besarnya memberi manfaat kepada ekspresi pembezaan hiliran dan analisis fungsi.
-
Penjujukan Bisulfit Perwakilan Terkurang (RRBS)
Penjujukan Bisulfit Perwakilan Terkurang (RRBS) telah muncul sebagai alternatif yang kos efektif dan cekap kepada Penjujukan Bisulfit Genom Seluruh (WGBS) dalam penyelidikan metilasi DNA. Walaupun WGBS memberikan pandangan komprehensif dengan memeriksa keseluruhan genom pada resolusi asas tunggal, kosnya yang tinggi boleh menjadi faktor pengehad. RRBS secara strategik mengurangkan cabaran ini dengan menganalisis secara selektif sebahagian wakil genom. Metodologi ini bergantung pada pengayaan kawasan kaya pulau CpG oleh belahan MspI diikuti dengan pemilihan saiz serpihan 200-500/600 bps. Akibatnya, hanya kawasan yang berdekatan dengan pulau CpG yang dijujukan, manakala kawasan yang mempunyai pulau CpG yang jauh dikecualikan daripada analisis. Proses ini, digabungkan dengan penjujukan bisulfit, membolehkan pengesanan resolusi tinggi metilasi DNA, dan pendekatan penjujukan, PE150, memfokuskan secara khusus pada hujung sisipan dan bukannya tengah, meningkatkan kecekapan pemprofilan metilasi. RRBS ialah alat yang tidak ternilai yang membolehkan penyelidikan metilasi DNA kos efektif dan memajukan pengetahuan tentang mekanisme epigenetik.
-
Penjujukan RNA Prokariotik
Penjujukan RNA memperkasakan profil komprehensif semua transkrip RNA dalam sel di bawah keadaan tertentu. Teknologi canggih ini berfungsi sebagai alat yang mujarab, mendedahkan profil ekspresi gen yang rumit, struktur gen, dan mekanisme molekul yang dikaitkan dengan pelbagai proses biologi. Diguna pakai secara meluas dalam penyelidikan asas, diagnostik klinikal dan pembangunan ubat, penjujukan RNA menawarkan pandangan tentang selok-belok dinamik selular dan peraturan genetik. Pemprosesan sampel RNA prokariotik kami disesuaikan untuk transkriptom prokariotik, yang melibatkan pengurangan rRNA dan penyediaan perpustakaan berarah.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Penjujukan Metatranskrip
Memanfaatkan teknologi penjujukan Illumina, perkhidmatan penjujukan metatranskriptom BMKGENE mendedahkan ekspresi gen dinamik pelbagai mikrob, merangkumi eukariota hingga prokariot dan virus, dalam persekitaran semula jadi seperti tanah, air, laut, najis dan usus. Perkhidmatan komprehensif kami memberi kuasa kepada penyelidik untuk menyelidiki profil ekspresi gen lengkap komuniti mikrob yang kompleks. Di luar analisis taksonomi, perkhidmatan penjujukan metatranskriptom kami memudahkan penerokaan ke dalam pengayaan fungsi, memberi penerangan tentang gen yang dinyatakan secara berbeza dan peranannya. Temui pelbagai cerapan biologi semasa anda menavigasi landskap kompleks ekspresi gen, kepelbagaian taksonomi dan dinamik fungsi dalam pelbagai niche persekitaran ini.
-
Perhimpunan Genom Kulat De novo
BMKGENE menawarkan penyelesaian serba boleh untuk genom kulat, memenuhi keperluan penyelidikan yang pelbagai dan kesempurnaan genom yang dikehendaki. Menggunakan penjujukan Illumina yang dibaca pendek sahaja membolehkan penjanaan draf genom. Penjujukan bacaan pendek dan bacaan panjang menggunakan Nanopore atau Pacbio digabungkan untuk genom kulat yang lebih halus dengan contig yang lebih panjang. Selain itu, penyepaduan penjujukan Hi-C meningkatkan lagi keupayaan, membolehkan pencapaian genom tahap kromosom yang lengkap.
