-
Interaksi Chromatin berasaskan Hi-C
Hi-C ialah kaedah yang direka untuk menangkap konfigurasi genomik dengan menggabungkan interaksi berasaskan kedekatan menyelidik dan penjujukan pemprosesan tinggi. Kaedah ini adalah berdasarkan penghubung silang kromatin dengan formaldehid, diikuti dengan pencernaan dan pengikatan semula dengan cara yang hanya serpihan yang dikaitkan secara kovalen akan membentuk produk pengikatan. Dengan menyusun produk pengikatan ini, adalah mungkin untuk mengkaji organisasi 3D genom. Hi-C membolehkan mengkaji taburan bahagian genom yang dibungkus ringan (kompartmen A, euchromatin) dan lebih berkemungkinan aktif secara transkripsi, dan kawasan yang lebih padat (kompartmen B, Heterochromatin). Hi-C juga boleh digunakan untuk menentukan Topologically Associated Domains (TADs), kawasan genom yang mempunyai struktur terlipat dan berkemungkinan mempunyai corak ekspresi yang serupa, dan untuk mengenal pasti gelung kromatin, kawasan DNA yang berlabuh bersama oleh protein dan yang sering diperkaya dengan elemen kawal selia. Perkhidmatan penjujukan Hi-C BMKGene memberi kuasa kepada penyelidik untuk meneroka dimensi spatial genomik, membuka jalan baharu untuk memahami peraturan genom dan implikasinya dalam kesihatan dan penyakit.
-
Penjujukan Imunopresipitasi Kromatin (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) ialah teknik yang memanfaatkan antibodi untuk memperkayakan protein pengikat DNA secara selektif dan sasaran genomiknya yang sepadan. Penyepaduannya dengan NGS membolehkan pemprofilan genom seluruh sasaran DNA yang dikaitkan dengan pengubahsuaian histon, faktor transkripsi, dan protein pengikat DNA lain. Pendekatan dinamik ini membolehkan perbandingan tapak pengikatan merentas pelbagai jenis sel, tisu atau keadaan. Aplikasi ChIP-Seq merangkumi daripada mengkaji peraturan transkrip dan laluan perkembangan kepada menjelaskan mekanisme penyakit, menjadikannya alat yang sangat diperlukan untuk memahami landskap peraturan genomik dan memajukan pandangan terapeutik.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Penjujukan genom bisulfit keseluruhan (WGBS)
Penjujukan Seluruh Genom Bisulfite (WGBS) berdiri sebagai metodologi standard emas untuk penerokaan mendalam metilasi DNA, khususnya kedudukan kelima dalam sitosin (5-mC), pengawal selia penting ekspresi gen dan aktiviti selular. Prinsip asas WGBS melibatkan rawatan bisulfit, mendorong penukaran sitosin yang tidak dimetilasi kepada urasil (C kepada U), sambil membiarkan sitosin metilasi tidak berubah. Teknik ini menawarkan resolusi asas tunggal, membolehkan penyelidik menyiasat secara menyeluruh metilom dan mendedahkan corak metilasi yang tidak normal yang dikaitkan dengan pelbagai keadaan, terutamanya kanser. Dengan menggunakan WGBS, saintis boleh memperoleh pandangan yang tidak dapat ditandingi tentang landskap metilasi seluruh genom, memberikan pemahaman yang bernuansa tentang mekanisme epigenetik yang mendasari pelbagai proses dan penyakit biologi.
-
Ujian untuk Kromatin Boleh Akses Transposase dengan Penjujukan Throughput Tinggi (ATAC-seq)
ATAC-seq ialah teknik penjujukan throughput tinggi yang digunakan untuk analisis kebolehcapaian kromatin seluruh genom. Penggunaannya memberikan pemahaman yang lebih mendalam tentang mekanisme kompleks kawalan epigenetik global ke atas ekspresi gen. Kaedah ini menggunakan transposase Tn5 hiperaktif untuk memecah dan menandai kawasan kromatin terbuka secara serentak dengan memasukkan penyesuai penjujukan. Penguatan PCR seterusnya menghasilkan penciptaan perpustakaan penjujukan, yang membolehkan pengecaman menyeluruh kawasan kromatin terbuka di bawah keadaan ruang-masa tertentu. ATAC-seq menyediakan pandangan holistik landskap kromatin yang boleh diakses, tidak seperti kaedah yang hanya menumpukan pada tapak pengikatan faktor transkripsi atau kawasan yang diubah suai histon tertentu. Dengan menyusun kawasan kromatin terbuka ini, ATAC-seq mendedahkan kawasan yang lebih cenderung kepada jujukan pengawalseliaan aktif dan tapak pengikat faktor transkripsi yang berpotensi, menawarkan pandangan berharga ke dalam modulasi dinamik ekspresi gen merentas genom.
-
Penjujukan Bisulfit Perwakilan Terkurang (RRBS)
Penjujukan Bisulfit Perwakilan Terkurang (RRBS) telah muncul sebagai alternatif yang kos efektif dan cekap kepada Penjujukan Bisulfit Genom Seluruh (WGBS) dalam penyelidikan metilasi DNA. Walaupun WGBS memberikan pandangan komprehensif dengan memeriksa keseluruhan genom pada resolusi asas tunggal, kosnya yang tinggi boleh menjadi faktor pengehad. RRBS secara strategik mengurangkan cabaran ini dengan menganalisis secara selektif sebahagian wakil genom. Metodologi ini bergantung pada pengayaan kawasan kaya pulau CpG oleh belahan MspI diikuti dengan pemilihan saiz serpihan 200-500/600 bps. Akibatnya, hanya kawasan yang berdekatan dengan pulau CpG yang dijujukan, manakala kawasan yang mempunyai pulau CpG yang jauh dikecualikan daripada analisis. Proses ini, digabungkan dengan penjujukan bisulfit, membolehkan pengesanan resolusi tinggi metilasi DNA, dan pendekatan penjujukan, PE150, memfokuskan secara khusus pada hujung sisipan dan bukannya tengah, meningkatkan kecekapan pemprofilan metilasi. RRBS ialah alat yang tidak ternilai yang membolehkan penyelidikan metilasi DNA kos efektif dan memajukan pengetahuan tentang mekanisme epigenetik.
