Peta haba
Alat Peta Haba menerima fail data matriks sebagai input dan membenarkan pengguna menapis, menormalkan dan mengumpulkan data. Kes penggunaan utama untuk peta haba ialah analisis kelompok tahap ekspresi gen antara sampel yang berbeza.
Anotasi Gen
Alat Anotasi Gene melaksanakan anotasi gen berdasarkan penjajaran jujukan fail FASTA input terhadap pelbagai pangkalan data.
Alat Carian Penjajaran Setempat Asas (BLAST)
Alat BLAST ialah versi bersepadu BMKCloud NCBI BLAST dan boleh digunakan untuk melaksanakan fungsi yang sama menggunakan data yang dimuat naik ke akaun BMKCloud.
Ramalan CDS_UTR
Alat Ramalan CDS_UTR direka untuk meramalkan kawasan pengekodan (CDS) dan kawasan bukan pengekodan (UTR) dalam jujukan transkrip yang diberikan berdasarkan keputusan BLAST terhadap pangkalan data protein yang diketahui dan hasil ramalan ORF.
Plot Manhattan
Alat Manhattan Plot membolehkan paparan eksperimen sampel tinggi dan biasanya digunakan dalam kajian persatuan seluruh genom (GWAS).
Rajah Circos
Alat Diagram CIRCOS menyediakan visualisasi yang cekap tentang cara ciri genom diedarkan merentas genom. Ciri biasa termasuk lokus kuantitatif, SNP, InDels, struktur dan varian nombor salinan.
Pengayaan Ontologi Gen (GO).
Alat Pengayaan GO menyediakan analisis pengayaan berfungsi. Perisian utama dalam alat ini ialah pakej TopGO-Bioconductor, yang merangkumi analisis ekspresi pembezaan, analisis pengayaan GO dan visualisasi hasil.
Analisis Rangkaian Ekspresi Bersama Gen Berwajaran (WGCNA)
WGCNA ialah kaedah perlombongan data yang digunakan secara meluas untuk menemui modul ekspresi bersama gen. Ia boleh digunakan untuk pelbagai set data ekspresi termasuk data ekspresi gen microarray dan NGS.
InterProScan
Alat InterProScan menyediakan analisis jujukan protein InterPro dan klasifikasi.
Pengayaan GO KEGG
Alat Pengayaan GO KEGG direka bentuk untuk menjana histogram pengayaan GO, histogram pengayaan KEGG dan laluan pengayaan KEGG berdasarkan set gen yang disediakan dan anotasi yang sepadan.