Penjujukan genom keseluruhan tumbuhan/haiwan
Ciri -ciri perkhidmatan
● Penyediaan perpustakaan boleh menjadi standard atau pcr bebas
● Tersedia dalam 4 platform penjujukan: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, atau Pacbio Revio.
● Analisis bioinformatik memberi tumpuan kepada pengesanan varian: SNP, Indel, SV dan CNV
Kelebihan perkhidmatan
●Kepakaran dan rekod penerbitan yang luas: Pengalaman terkumpul dalam penjujukan genom untuk lebih dari 1000 spesies telah menghasilkan lebih dari 1000 kes yang diterbitkan dengan faktor kesan kumulatif lebih dari 5000.
●Analisis bioinformatik yang komprehensif: Termasuk variasi panggilan dan anotasi fungsi.
● Sokongan selepas jualan:Komitmen kami melangkaui siap projek dengan tempoh perkhidmatan selepas jualan selama 3 bulan. Pada masa ini, kami menawarkan susulan projek, bantuan penyelesaian masalah, dan sesi Q & A untuk menangani sebarang pertanyaan yang berkaitan dengan hasilnya.
●Anotasi Komprehensif: Kami menggunakan pelbagai pangkalan data untuk memberi penjelasan secara fungsional gen dengan variasi yang dikenal pasti dan melakukan analisis pengayaan yang sama, memberikan gambaran mengenai pelbagai projek penyelidikan.
Spesifikasi perkhidmatan
| Varian yang akan dikenal pasti | Strategi penjujukan | Kedalaman yang disyorkan |
| SNP dan Indel | Illumina Novaseq PE150 atau MGI T7 | 10x |
| SV dan CNV (kurang tepat) | 30x | |
| SV dan CNV (lebih tepat) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV dan CNV | Pacbio Revio | 10x |
Keperluan sampel
| Tisu atau asid nukleik yang diekstrak | Illumina/MGI | Nanopore | Pacbio
| ||
| Viscera haiwan | 0.5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Otot haiwan | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Darah mamalia | 1.5 ml | ≥ 0.5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Darah ayam/ikan | ≥ 0.1 ml
| ≥ 0.5 ml
| |||
| Loji-daun segar | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Sel -sel berbudaya |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Serangga tisu lembut/individu | 0.5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| DNA yang diekstrak
| Konsentrasi: ≥ 1 ng/ μl Jumlah: ≥ 30 ng Terhad atau tiada kemerosotan atau pencemaran
| Konsentrasi Jumlah
OD260/280
OD260/230
Terhad atau tiada kemerosotan atau pencemaran
| ≥ 40 ng/ μl 4 μg/aliran sel/sampel
1.7-2.2
≥1.5 | Konsentrasi Jumlah
OD260/280
OD260/230
Terhad atau tiada kemerosotan atau pencemaran | ≥ 50 ng/ μl 10 μg/sel aliran/sampel
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Penyediaan Perpustakaan Bebas PCR: Kepekatan ≥ 40 ng/ μl Jumlah ≥ 500 ng | |||||
Aliran kerja perkhidmatan
Penghantaran sampel
Pengekstrakan DNA
Pembinaan Perpustakaan
Urutan
Analisis data
Penghantaran data
Termasuk analisis berikut:
- Kawalan kualiti data mentah
- Statistik penjajaran untuk merujuk genom
- Pengenalpastian variasi: SNP, Indel, SV dan CNV
- Anotasi variasi fungsional
Statistik penjajaran kepada rujukan genom - pengedaran kedalaman penjujukan
SNP Memanggil Antara Sampel Pelbagai
Identifikasi Indel-Statistik Panjang Indel di rantau CdS dan rantau genom di seluruh
Pengagihan variasi di seluruh genom - circos plot
Anotasi fungsional gen dengan varian yang dikenal pasti - ontologi gen
Chai, Q. et al. (2023) 'A glutathione S -transferase GHTT19 menentukan pigmentasi kelopak bunga melalui pengumpulan anthocyanin yang mengawal kapas', Jurnal Bioteknologi Loji, 21 (2), ms. 433. DOI: 10.1111/pbi.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Genome hevea brasiliensis liar peringkat kromosom menyediakan alat-alat baru untuk pembiakan genomik dan loci berharga untuk meningkatkan hasil getah', Jurnal Bioteknologi Loji, 21 (5), ms 1058-1072. doi: 10.1111/pbi.14018.
Li, A. et al. (2021) 'Genom Tiram Estuarine memberikan pandangan tentang kesan iklim dan keplastikan penyesuaian', Biologi Komunikasi 2021 4: 1, 4 (1), ms 1-12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'Analisis perubahan genom dan metilasi dalam ayam asli Cina dari masa ke masa memberikan wawasan tentang pemuliharaan spesies', Biologi Komunikasi, 5 (1), ms 1-12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
