Penjujukan genom tumbuhan/haiwan de novo
De novoSequencing merujuk kepada pembinaan genom keseluruhan spesies menggunakan teknologi penjujukan tanpa adanya genom rujukan. Pengenalan dan penggunaan secara meluas penjujukan generasi ketiga, yang memaparkan bacaan yang lebih lama, telah meningkatkan pemasangan genom dengan ketara dengan meningkatkan pertindihan antara bacaan. Peningkatan ini amat penting apabila berurusan dengan genom yang mencabar, seperti yang mempamerkan heterozigos yang tinggi, nisbah yang tinggi dari kawasan berulang, polyploid, dan kawasan dengan unsur-unsur berulang, kandungan GC yang tidak normal, atau kerumitan yang tinggi yang biasanya dipasang dengan cara yang singkat sahaja.
Penyelesaian sehenti kami menyediakan perkhidmatan penjujukan bersepadu dan analisis bioinformatik yang memberikan genom berkualiti tinggi yang berkualiti tinggi. Tinjauan genom awal dengan Illumina memberikan anggaran saiz dan kerumitan genom, dan maklumat ini digunakan untuk membimbing langkah seterusnya penjujukan panjang dengan Pacbio HiFi, diikuti olehde novoPerhimpunan Contigs. Penggunaan pemasangan HIC seterusnya membolehkan penambat contigs ke genom, mendapatkan perhimpunan peringkat kromosom. Akhirnya, genom itu dijelaskan oleh ramalan gen dan dengan penjujukan gen yang dinyatakan, menggunakan transkrip dengan bacaan pendek dan panjang.
Ciri -ciri perkhidmatan
● Penyepaduan pelbagai penjujukan dan perkhidmatan bioinformatik dalam penyelesaian sehenti:
Tinjauan Genom dengan Illumina untuk menganggarkan saiz genom dan membimbing langkah -langkah berikutnya;
Penjujukan baca panjang untukde novoperhimpunan contigs;
HI-C Sequencing untuk Anchoring Chromosome;
penjujukan mRNA untuk penjelasan gen;
Pengesahan perhimpunan.
● Perkhidmatan yang sesuai untuk membina genom novel atau penambahbaikan genom rujukan sedia ada untuk spesies yang menarik.
Kelebihan perkhidmatan
Pembangunan platform penjujukan dan bioinformatik dide novoPerhimpunan Genom
(Amarasinghe sl et al.,Biologi Genom, 2020)
●Kepakaran dan rekod penerbitan yang luas: Bmkgene telah mengumpulkan pengalaman besar-besaran dalam perhimpunan genom berkualiti tinggi spesies yang pelbagai, termasuk genom diploid dan genom yang sangat kompleks dari spesies polyploid dan allopolyploid. Sejak 2018, kami telah menyumbang kepada300 penerbitan berimpak tinggi, dan 20+ daripadanya diterbitkan dalam Nature Genetics.
● Penyelesaian sehenti: Pendekatan bersepadu kami menggabungkan pelbagai teknologi penjujukan dan analisis bioinformatik ke dalam aliran kerja yang kohesif, menyampaikan genom berkualiti tinggi.
●Disesuaikan dengan keperluan anda: Aliran kerja perkhidmatan kami disesuaikan, membolehkan penyesuaian untuk genom dengan ciri -ciri yang pelbagai dan keperluan penyelidikan khusus. Ini termasuk menampung genom gergasi, genom polyploid, genom yang sangat heterozigot, dan banyak lagi.
●Bioinformatik dan pasukan makmal yang sangat mahir: Dengan pengalaman hebat dalam kedua -dua eksperimen dan bioinformatik depan perhimpunan genom kompleks dan satu siri paten dan hak cipta perisian.
●Sokongan selepas jualan:Komitmen kami melangkaui siap projek dengan tempoh perkhidmatan selepas jualan selama 3 bulan. Pada masa ini, kami menawarkan susulan projek, bantuan penyelesaian masalah, dan sesi Q & A untuk menangani sebarang pertanyaan yang berkaitan dengan hasilnya.
Spesifikasi perkhidmatan
| Tinjauan Genom | Perhimpunan Genom | Tahap kromosom | Anotasi Genom |
| 50x Illumina Novaseq PE150
| 30x Pacbio CCS HiFi Reads | 100x hi-c | RNA-Seq Illumina PE150 10 GB + (Pilihan) Panjang penuh RNA-seq pacbio 40 GB atau Nanopore 12 GB |
Keperluan perkhidmatan
Untuk tinjauan genom, perhimpunan genom dan perhimpunan hi-c:
| Tisu atau asid nukleik yang diekstrak | Tinjauan Genom | Perhimpunan Genom dengan Pacbio | Perhimpunan hi-c |
| Viscera haiwan | 0.5-1 g
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| Otot haiwan | ≥ 5 g | ||
| Darah mamalia | 1.5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Darah ayam/ikan | ≥ 0.5 ml | ||
| Loji-daun segar | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Sel -sel berbudaya |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Serangga | 0.5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| DNA yang diekstrak | Konsentrasi: ≥1 ng/ μl Jumlah ≥ 30 ng Terhad atau tiada kemerosotan atau pencemaran | Konsentrasi: ≥ 50 ng/ μl Jumlah: 10 μg/aliran sel/sampel OD260/280 = 1.7-2.2 OD260/230 = 1.8-2.5 Terhad atau tiada kemerosotan atau pencemaran |
-
|
Untuk anotasi genom dengan transkripsi:
| Tisu atau asid nukleik yang diekstrak | Illumina Transcriptome | Transkrip Pacbio | Nanopore Transcriptome |
| Tumbuhan-akar/batang/kelopak | 450 mg | 600 mg | |
| Loji - Daun/Benih | 300 mg | 300 mg | |
| Loji - Buah | 1.2 g | 1.2 g | |
| Jantung haiwan/usus | 300 mg | 300 mg | |
| Haiwan viscera/otak | 240 mg | 240 mg | |
| Otot haiwan | 450 mg | 450 mg | |
| Tulang haiwan/rambut/kulit | 1 g | 1 g | |
| Arthropod - serangga | 6 | 6 | |
| Arthropod -crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Seluruh darah | 1 tiub | 1 tiub | |
| RNA yang diekstrak | Konsentrasi: ≥ 20 ng/ μl Jumlah ≥ 0.3 μg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Rin≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Konsentrasi: ≥ 100 ng/ μl Jumlah ≥ 0.75 μg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Rin≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Konsentrasi: ≥ 100 ng/ μl Jumlah ≥ 0.75 μg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Rin≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
Penghantaran sampel yang disyorkan
Bekas: 2 ml tiub centrifuge (timah timah tidak disyorkan)
(Bagi kebanyakan sampel, kami mengesyorkan untuk tidak memelihara dalam etanol.)
Contoh pelabelan: Sampel mesti dilabelkan dengan jelas dan sama dengan borang maklumat sampel yang dikemukakan.
Penghantaran: Dry-Is: Sampel perlu dibungkus dalam beg pertama dan dikebumikan dalam ais kering.
Aliran kerja
Aliran kerja perkhidmatan
Reka bentuk eksperimen
Penghantaran sampel
Pengekstrakan DNA
Pembinaan Perpustakaan
Urutan
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
Lengkapkan analisis bioinformatik, dipisahkan dalam 4 langkah:
1) Tinjauan Genom, berdasarkan analisis K-mer dengan NGS berbunyi:
Anggaran saiz genom
Anggaran heterozygosity
Anggarkan kawasan berulang
2) Perhimpunan Genom dengan Pacbio Hifi:
De novoperhimpunan
Penilaian Perhimpunan: termasuk analisis Busco untuk kesempurnaan genom dan pemetaan belakang NGS dan Pacbio HiFi Reads
3) Perhimpunan Hi-C:
Perpustakaan Hi-C: Anggaran interaksi HI-C yang sah
Perhimpunan Hi-C: Clustering of Contigs dalam kumpulan, diikuti dengan pesanan Contig dalam setiap kumpulan dan memberikan orientasi contig
Penilaian hi-c
4) Anotasi Genom:
Ramalan RNA bukan pengekodan
Pengenalpastian urutan berulang (transposon dan berulang tandem)
Ramalan gen
§De novo: algoritma ab initio
§ Berdasarkan homologi
§ Berdasarkan transkrip, dengan bacaan panjang dan pendek: Bacaan adalahde novodipasang atau dipetakan ke draf genom
§ Anotasi gen yang diramalkan dengan pelbagai pangkalan data
1) Tinjauan Genome- K-mera analisis
2) Perhimpunan Genom
2) Perhimpunan Genom - Pacbio HiFi Membaca Pemetaan ke Draf Perhimpunan
2) Perhimpunan HI-C-Anggaran pasangan interaksi HI-C
3) Penilaian HI-C Post-Assembly
4) Anotasi Genom - Integrasi Gen Ramalan
4) Anotasi Genom - Anotasi Gen yang diramalkan
Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan perhimpunan genom de novo BMKGENE melalui koleksi penerbitan yang dikendalikan:
Li, C. et al. (2021) 'Urutan genom mendedahkan laluan penyebaran global dan mencadangkan penyesuaian genetik konvergen dalam evolusi laut', Komunikasi Alam, 12 (1). doi: 10.1038/s41467-021-21379-x.
Li, Y. et al. (2023) 'Perubahan kromosom berskala besar membawa kepada perubahan ekspresi peringkat genom, penyesuaian alam sekitar, dan spesiasi dalam gayal (bos frontalis)', biologi molekul dan evolusi, 40 (1). doi: 10.1093/molbev/msad006.
Tian, T. et al. (2023) 'Perhimpunan genom dan pembedahan genetik germplasma jagung tahan kemarau yang menonjol', Genetik Alam 2023 55: 3, 55 (3), ms 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Mengungkapkan evolusi biosintesis alkaloid tropane dengan menganalisis dua genom dalam keluarga Solanaceae', Komunikasi Alam 2023 14: 1, 14 (1), ms 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Bercajian kes yang mencabar:
Perhimpunan telomere-to-telomere:Fu, A. et al. (2023) 'Perhimpunan genom telomere-to-telomere melon pahit (Momordica Charantia L. var. REVREVIATA SER.) Mengungkapkan perkembangan buah, komposisi dan ciri-ciri genetik', penyelidikan hortikultur, 10 (1). doi: 10.1093/hr/uhac228.
Perhimpunan haplotype:Hu, W. et al. (2021) 'Genom yang ditakrifkan alel mendedahkan pembezaan biallelic semasa evolusi ubi kayu', tumbuhan molekul, 14 (6), ms 851-854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Perhimpunan Genom Giant:Yuan, J. et al. (2022) 'Asas genomik giga-kromosom dan giga-genome pokok peony paeonia ostii', Nature Communications 2022 13: 1, 13 (1), ms 1-16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Perhimpunan Genom Polyploid:Zhang, Q. et al. (2022) 'Wawasan genom ke dalam pengurangan kromosom baru -baru ini autopolyploid tebu saccharum spontaneum', Nature Genetics 2022 54: 6, 54 (6), ms 885-896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
