Penyelesaian mRNA Penuh PacBio 2+3
Ciri-ciri
● Reka bentuk kajian:
Sampel dikumpulkan disusun dengan PacBio untuk mengenal pasti isoform transkrip
Sampel berasingan (replika dan keadaan untuk diuji) disusun dengan urutanNGS untuk mengukur ungkapan transkrip
● Penjujukan PacBio dalam mod CCS, menjana bacaan HiFi
● Penjujukan transkrip panjang penuh
● Analisis tidak memerlukan genom rujukan; bagaimanapun, ia boleh digunakan
● Analisis bioinformatik merangkumi bukan sahaja ekspresi pada tahap gen dan isoform tetapi juga analisis lncRNA, gabungan gen, poli-adenilasi dan struktur gen
Kelebihan
● Ketepatan Tinggi: HiFi membaca dengan ketepatan >99.9% (Q30), setanding dengan NGS
● Analisis Penyambungan Alternatif: penjujukan semua transkrip membolehkan pengecaman dan pencirian isoform.
● Gabungan Kekuatan PacBio dan NGS: membolehkan kuantifikasi ekspresi pada tahap isoform, mendedahkan perubahan yang mungkin bertopeng apabila menganalisis keseluruhan ekspresi gen
● Kepakaran Luas: dengan rekod prestasi menyelesaikan lebih 1100 projek transkriptom penuh PacBio dan memproses lebih 2300 sampel, pasukan kami membawa banyak pengalaman kepada setiap projek.
● Sokongan Selepas Jualan: komitmen kami melangkaui penyiapan projek dengan tempoh perkhidmatan selepas jualan selama 3 bulan. Pada masa ini, kami menawarkan susulan projek, bantuan penyelesaian masalah dan sesi Soal Jawab untuk menangani sebarang pertanyaan yang berkaitan dengan keputusan.
Keperluan Sampel dan Penghantaran
| Perpustakaan | Strategi urutan | Data disyorkan | Kawalan Kualiti |
| Perpustakaan CCS mRNA yang diperkayakan oleh PolyA | Sekuel PacBio II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | S30≥85% |
| Poli A diperkaya | Illumina PE150 | 6-10 Gb | S30≥85% |
Nukleotida
|
| Conc.(ng/μl) | Jumlah (μg) | Kesucian | Integriti |
| Perpustakaan Illumina | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Pencemaran protein atau DNA terhad atau tiada ditunjukkan pada gel. | Untuk tumbuhan: RIN≥4.0; Untuk haiwan: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; terhad atau tiada ketinggian garis dasar |
| perpustakaan PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Pencemaran protein atau DNA terhad atau tiada ditunjukkan pada gel. | Tumbuhan: RIN≥7.5 Haiwan: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; terhad atau tiada ketinggian garis dasar |
Penghantaran Sampel yang Disyorkan
Bekas: 2 ml tiub empar (Kerajang timah tidak disyorkan)
Pelabelan sampel: Kumpulan+replikasi cth A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Penghantaran:
1. Ais kering:Sampel perlu dibungkus dalam beg dan dikebumikan dalam ais kering.
2. Tiub RNAstable: Sampel RNA boleh dikeringkan dalam tiub penstabilan RNA (cth RNAstable®) dan dihantar dalam suhu bilik.
Termasuk analisis berikut:
Kawalan kualiti data mentah
Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)
Analisis transkrip gabungan
Analisis Penyambungan Alternatif
Penandaarasan analisis Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).
Analisis transkrip novel: ramalan urutan pengekodan (CDS) dan anotasi berfungsi
Analisis lncRNA: ramalan lncRNA dan sasaran
Pengenalan MicroSatelite (SSR)
Analisis Transkrip yang Diungkapkan Secara Berbeza (DET).
Analisis Differentially Expressed Gens (DEGs).
Anotasi fungsional DEG dan DET
analisis BUSCO
Analisis Penyambungan Alternatif
Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)
Gen Berbeza (DEG) dan Transkrip (anlaysis DETs9
Rangkaian interaksi Protein-Protein DET dan DEG
Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh penjujukan mRNA penuh PacBio 2+3 BMKGene melalui koleksi penerbitan yang dipilih susun.
Chao, Q. et al. (2019) 'Dinamika perkembangan transkriptom batang Populus', Jurnal Bioteknologi Tumbuhan, 17(1), ms. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Perubahan Dinamik dalam Kandungan Asid Askorbik semasa Perkembangan Buah dan Pematangan Actinidia latifolia (Tanaman Buah-buahan Kaya Askorbat) dan Mekanisme Molekul Bersekutu', Jurnal Antarabangsa Sains Molekul, 23(10), hlm. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Ramalan berkesan gen laluan biosintetik yang terlibat dalam polifilin bioaktif di Paris polyphylla', Biologi Komunikasi 2022 5:1, 5(1), ms 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Gabungan PacBio Iso-Seq dan Illumina RNA-Seq Analisis Transkriptom Tuta absoluta (Meyrick) dan Gen Cytochrome P450', Serangga, 14(4), hlm. 363. doi: 10.3390 / SERANGGA14040363 / S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Tinjauan kerumitan transkrip menggunakan analisis masa nyata molekul tunggal PacBio digabungkan dengan penjujukan RNA Illumina untuk pemahaman yang lebih baik tentang biosintesis asid ricinoleik dalam Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), ms. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/GAMBAR/7.
