Penjujukan mRNA berasaskan bukan Rujukan-NGS
Ciri-ciri
● Tangkapan poli mRNA sebelum penyediaan perpustakaan
● Bebas daripada sebarang genom rujukan: berdasarkan himpunan de novo transkrip, menjana senarai unigen yang diberi anotasi dengan berbilang pangkalan data (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Analisis bioinformatik komprehensif ekspresi gen dan struktur transkrip
Kelebihan Perkhidmatan
●Kepakaran Luas: dengan rekod prestasi memproses lebih 600,000 sampel di BMKGENE, merangkumi pelbagai jenis sampel seperti kultur sel, tisu dan cecair badan, pasukan kami membawa banyak pengalaman kepada setiap projek. Kami telah berjaya menutup lebih 100,000 projek mRNA-Seq dalam pelbagai domain penyelidikan.
●Kawalan Kualiti yang Teguh: kami melaksanakan titik kawalan teras merentas semua peringkat, daripada penyediaan sampel dan perpustakaan kepada penjujukan dan bioinformatik. Pemantauan yang teliti ini memastikan penyampaian hasil yang berkualiti tinggi secara konsisten.
● Anotasi Komprehensif: kami menggunakan berbilang pangkalan data untuk menganotasi Gen Berbeza (DEG) secara fungsi dan melaksanakan analisis pengayaan yang sepadan, memberikan cerapan tentang proses selular dan molekul yang mendasari tindak balas transkrip.
●Sokongan Selepas Jualan: komitmen kami melangkaui penyiapan projek dengan tempoh perkhidmatan selepas jualan selama 3 bulan. Pada masa ini, kami menawarkan susulan projek, bantuan penyelesaian masalah dan sesi Soal Jawab untuk menangani sebarang pertanyaan yang berkaitan dengan keputusan.
Keperluan Sampel dan Penghantaran
| Perpustakaan | Strategi urutan | Data disyorkan | Kawalan Kualiti |
| Poli A diperkaya | Illumina PE150 DNSSEQ-T7 | 6-10 Gb | S30≥85% |
Keperluan Sampel:
Nukleotida:
| Conc.(ng/μl) | Jumlah (μg) | Kesucian | Integriti |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Pencemaran protein atau DNA terhad atau tiada ditunjukkan pada gel. | Untuk tumbuhan: RIN≥4.0; Untuk haiwan: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; terhad atau tiada ketinggian garis dasar |
● Tumbuhan:
Akar, Batang atau Kelopak: 450 mg
Daun atau Biji: 300 mg
Buah: 1.2 g
● Haiwan:
Jantung atau Usus: 300 mg
Viscera atau Otak: 240 mg
Otot: 450 mg
Tulang, Rambut atau Kulit: 1g
● Artropod:
Serangga: 6g
Crustacea: 300 mg
● Darah penuh: 1 tiub
● Sel: 106 sel
Penghantaran Sampel yang Disyorkan
Bekas: 2 ml tiub empar (Kerajang timah tidak disyorkan)
Pelabelan sampel: Kumpulan+replikasi cth A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Penghantaran:
1. Ais kering: Sampel perlu dibungkus dalam beg dan dikebumikan dalam ais kering.
2. Tiub RNAstable: Sampel RNA boleh dikeringkan dalam tiub penstabilan RNA (cth RNAstable®) dan dihantar dalam suhu bilik.
Aliran Kerja Perkhidmatan
Reka bentuk eksperimen
Contoh penghantaran
Pengekstrakan RNA
Pembinaan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
Bioinformatik
Perhimpunan transkriptom dan pemilihan unigen
Anotasi unigene
Sampel korelasi dan penilaian replika biologi
Gen Berbeza (DEGs)
Anotasi Fungsional DEG
Pengayaan Fungsional DEG
Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan penjujukan mRNA NGS eukariotik BMKGene melalui koleksi penerbitan yang dipilih susun.
Shen, F. et al. (2020) 'Perhimpunan transkrip de novo dan ekspresi gen berat sebelah seks dalam gonad ikan keli Amur (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), ms 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Analisis transkriptom metabolisme sukrosa semasa pembengkakan mentol dan perkembangan dalam bawang (Allium cepa L.)', Frontiers dalam Sains Tumbuhan, 7 (September), hlm. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'Perhimpunan de novo, pencirian dan anotasi untuk transkrip Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'Analisis transkrip de novo memberikan pandangan tentang toleransi garam Podocarpus macrophyllus di bawah tekanan kemasinan', BMC Plant Biology, 21(1), ms 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/RAJAH/9.
