Log masuk BMKCloud
1

mRNA-seq (NGS) dengan genom rujukan

百迈客云网站-11

mRNA-seq (NGS) dengan genom rujukan

RNA-seq ialah alat standard merentasi sains hayat dan tanaman, merapatkan jurang antara genom dan proteom. Kekuatannya terletak pada penemuan transkrip baharu dan mengukur ekspresinya dalam satu ujian. Ia digunakan secara meluas untuk kajian transkriptik perbandingan, memberi penerangan tentang gen yang berkaitan dengan pelbagai sifat atau fenotip, seperti membandingkan mutan dengan jenis liar atau mendedahkan ekspresi gen dalam keadaan tertentu. APP mRNA(Rujukan) BMKCloud menyepadukan kuantifikasi ekspresi, analisis ekspresi pembezaan (DEG) dan analisis struktur jujukan ke dalam saluran paip bioinformatik mRNA-seq(NGS) dan menggabungkan kekuatan perisian serupa, memastikan kemudahan dan kemesraan pengguna. Pengguna boleh memuat naik data RNA-seq mereka ke awan, di mana App menawarkan penyelesaian analisis bioinformatik sehenti yang komprehensif. Selain itu, ia mengutamakan pengalaman pelanggan, menawarkan operasi diperibadikan yang disesuaikan dengan keperluan khusus pengguna. Pengguna boleh menetapkan parameter dan menyerahkan misi saluran paip dengan sendiri, menyemak laporan interaktif, melihat data/rajah dan melengkapkan perlombongan data, seperti: pemilihan gen sasaran, pengelompokan berfungsi, penggambaran, dsb.

Hasil demo
Perlombongan data
Keperluan import
Analisis utama
Rujukan
Hasil demo

Perlombongan data

Keperluan import

Platform:Illumina, MGI
Strategi:RNA-Seq
Susun atur: Data berpasangan, bersih.
Jenis perpustakaan:fr-unstrand, fr-firststrand atau fr-secondstrand
Panjang bacaan:150 bp
Jenis fail:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz atau *.fq.gz. Sistem akansecara automatik memasangkan fail .fastq mengikut nama fail mereka,cth *_1.fastq dipasangkan dengan *._2.fastq.
Bilangan sampel:Tiada sekatan pada bilangannyasampel, tetapi masa analisis akan meningkat sebagai bilangansampel tumbuh.
Jumlah Data yang Disyorkan:6G setiap sampel

Analisis utama
Analisis utama dan alat bioinformatik mRNA-seq (Rujukan)saluran paip adalah seperti berikut:
1. Kawalan Kualiti Data mentah:
•Penyingkiran jujukan berkualiti rendah, jujukan penyesuai,dll;
•Alat: saluran paip dibangunkan dalaman;
2. Penjajaran data kepada genom rujukan:
•Menjajarkan bacaan dengan algoritma sedar sambatan terhadapgenom rujukan.
•Alat:HISAT2, samtools
3. Analisis kualiti perpustakaan:
•Sisipkan analisis panjang, analisis ketepuan jujukan, dsb;
•Alat:samtools;
4. Analisis struktur jujukan:
•Analisis penyambungan alternatif, pengoptimuman struktur gen,ramalan gen novel, dsb;
•Alat:StringTie, gffcompare, GATK,BERLIAN, InterProScan, danHMMER.
5. Analisis ungkapan pembezaan:
•Penyaringan DEG, analisis hubungan bersama, berfungsipengayaan;
Pelbagai hasil visualisasi;
RdenganSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq
Rujukan
1. Kim, Daehwan et al. “Penjajaran genom berasaskan graf dangenotip dengan HISAT2 dan HISAT-genotip."alam semula jadiBioteknologi37 (2019): 907 - 915.
2. McKenna, Aaron et al. “Kit Alat Analisis Genom: aRangka kerja MapReduce untuk menganalisis DNA generasi akan datangdata urutan.”Penyelidikan genom20 9 (2010): 1297-303 .
3. Li, Heng et al. “Format Penjajaran Jujukan/Peta danSAMtools.”Bioinformatik25 (2009): 2078 - 2079.
4. Perțea, Mihaela et al. “StringTie membolehkan penambahbaikanpembinaan semula transkrip dari bacaan RNA-seq."alam semula jadiBioteknologi33 (2015): 290-295.
5. Cinta, Michael I. et al. “Anggaran sederhana perubahan lipatan danpenyebaran untuk data RNA-seq dengan DESeq2."GenomBiologi15 (2014): n. pag.
6. Eddy, Sean R.. "Carian HMM Profil Dipercepatkan."PLoS Biologi Pengiraan7 (2011): n. pag.

dapatkan sebut harga

Tulis mesej anda di sini dan hantar kepada kami

Hantar mesej anda kepada kami: