Pemasangan genom T2T, genom bebas jurang
1stDua genom beras1
Tajuk: Perhimpunan dan Pengesahan Dua Genom Rujukan Bebas Gap untuk Rice Xian/Indica Mengungkapkan Wawasan ke Arkitek Centromere Tumbuhan
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Masa Dihantar: 01 Januari, 2021.
Institut: Universiti Pertanian Huazhong, China
Bahan
O. Sativa Xian/IndicaVarieti Beras 'Zhenshan 97 (ZS97)' dan 'Minghui 63 (MH63)
Strategi penjujukan
NGS BACA + HIFI BACA + CLR BACA + BIONANO + HI-C
Data:
ZS97: 8.34 GB (~ 23x) HiFi dibaca + 48.39 GB (~ 131x) CLR Reads + 25 GB (~ 69x) NGS + 2 sel Bionano IRYS
MH63: 37.88 GB (~ 103x) HiFi dibaca + 48.97 GB (~ 132x) CLR dibaca + 28 GB (~ 76X) NGS + 2 sel Bionano IRYS
Rajah 1 Dua genom bebas gap (MH63 dan ZS97)
2ndGenom pisang2
Tajuk: Telomere-to-telomere Gapless Chromosomes of Banana menggunakan urutan nanopore
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Masa Dihantar: 17 April, 2021.
Institut: Université Paris-Saclay, Perancis
Bahan
Haploid bergandaMusa acuminatasppMalaccensis(DH-PAHANG)
Strategi dan data penjujukan:
HISEQ2500 MODE PE250+ Minion/ Promethion (93GB, ~ 200x)+ Peta Optik (DLE-1+ BSPQ1)
Jadual 1 Perbandingan Musa Acuminata (DH-Pahang) Perhimpunan Genom
Rajah 2 Perbandingan Senibina Musa Genomes
3rdPhaeodactylum tricornutum genom3
Tajuk: Perhimpunan Genom Telomere-to-TelomereP
Haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Masa Dihantar: 04 Mei, 2021
Institut: Western University, Kanada
Bahan
Phaeodactylum tricornutum(Koleksi Budaya Alga dan Protozoa CCAP 1055/1)
Strategi dan data penjujukan:
1 Oxford Nanopore Minion Flow Cell + A 2 × 75 berpasangan akhir-akhir Output NextSeq 550 Run
Rajah 3 Aliran kerja untuk perhimpunan genom telomere-to-telomere
4thManusia CHM13 Genome4
Tajuk: Urutan lengkap genom manusia
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Masa Dihantar: 27 Mei 2021
Institut: Institut Kesihatan Nasional (NIH), Amerika Syarikat
Bahan: Talian sel CHM13
Strategi dan data penjujukan:
30 × Pacbio Concensus Sequencing (HIFI), 120 × Oxford Nanopore Ultra-Long Baca Sequencing, 100 × Illumina PCR-Free Sequencing (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics HI-C (HI-C), Peta Optik Bionano, dan Strand-seq
Jadual 2 Perbandingan GRCH38 dan T2T-CHM13 Perhimpunan Genom Manusia
Rujukan
1.Sergey Nurk et al. Urutan lengkap genom manusia. Biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al. Telomere-to-telomere kromosom gapless pisang menggunakan penjujukan nanopore. Biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al. Perhimpunan genom telomere-to-telomere Phaeodactylum tricornutum. Biorxiv 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al. Perhimpunan dan pengesahan dua genom rujukan bebas jurang untuk beras Xian/indica mendedahkan pandangan tentang seni bina centromere tumbuhan. Biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Masa Post: Jan-06-2022