Nanopore Transkriptom penuh

Penjujukan transkrip nanopore ialah kaedah yang berkuasa untuk penjujukan cDNA panjang penuh, mengenal pasti dan mengira isoform transkrip dengan tepat. Talian Transkriptom Penuh Nanopore BMKCloud direka untuk menganalisis data RNA-Seq yang dijana pada platform Nanopore terhadap genom rujukan beranotasi berkualiti tinggi, menyediakan analisis kualitatif dan kuantitatif pada peringkat gen dan transkrip. Selepas kawalan kualiti, jujukan bukan chimeric (FLNC) panjang penuh diperoleh dan jujukan konsensus dipetakan ke genom rujukan untuk mengalih keluar transkrip berlebihan. Daripada set transkrip ini, ekspresi dikira dan gen dan transkrip yang dinyatakan secara berbeza dikenal pasti dan dianotasi secara fungsi. Saluran paip juga termasuk analisis poliadenilasi (APA) alternatif, analisis penyambungan alternatif, analisis ulangan jujukan mudah (SSR), ramalan lncRNA dan sasaran yang sepadan, ramalan urutan pengekodan (CDS), analisis keluarga gen, analisis faktor transkripsi, ramalan gen novel dan anotasi fungsi transkrip.