mRNA-seq (NGS) – De novo

Penjujukan mRNA membolehkan pemprofilan semua transkrip mRNA dalam sel di bawah keadaan tertentu dan merupakan teknologi yang digunakan secara meluas dalam pelbagai bidang penyelidikan. Saluran paip BMKCloud De novo mRNA-seq direka untuk menganalisis perpustakaan penjujukan poli-A yang diperkaya apabila tiada genom rujukan tersedia. Saluran paip bermula dengan kawalan kualiti, diikuti dengande novopemasangan transkrip dan pemilihan set unigene. Analisis struktur unigene meramalkan urutan pengekodan (CDS) dan ulangan jujukan mudah (SSR). Selepas itu, analisis ekspresi pembezaan menemui gen yang dinyatakan secara berbeza (DEG) di antara keadaan yang diuji, diikuti dengan anotasi fungsi dan pengayaan DEG untuk mengekstrak pandangan biologi.