Perhimpunan Genom Berasaskan Hi-C
Hi-C ialah kaedah yang direka untuk menangkap konfigurasi kromosom dengan menggabungkan interaksi berasaskan kedekatan menyelidik dan penjujukan throughput tinggi. Keamatan interaksi ini dipercayai berkorelasi negatif dengan jarak fizikal pada kromosom. Oleh itu, data Hi-C digunakan untuk membimbing pengelompokan, penyusunan dan orientasi jujukan terkumpul dalam draf genom dan menambatnya pada bilangan kromosom tertentu. Teknologi ini memperkasakan pemasangan genom peringkat kromosom tanpa adanya peta genetik berasaskan populasi. Setiap genom memerlukan Hi-C.
Ciri Perkhidmatan
● Penjujukan pada Illumina NovaSeq dengan PE150.
● Perkhidmatan memerlukan sampel tisu, bukannya asid nukleik yang diekstrak, untuk memaut silang dengan formaldehid dan memelihara interaksi DNA-protein.
● Percubaan Hi-C melibatkan sekatan dan pembaikan akhir hujung melekit dengan biotin, diikuti dengan pekeliling hujung tumpul yang terhasil sambil mengekalkan interaksi. DNA kemudian ditarik ke bawah dengan manik streptavidin dan disucikan untuk penyediaan perpustakaan seterusnya.
Kelebihan Perkhidmatan
Gambaran keseluruhan Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Sains, 2009)
●Menghapuskan Keperluan untuk Data Populasi Genetik:Hi-C menggantikan maklumat penting yang diperlukan untuk berlabuh contig.
●Ketumpatan penanda tinggi:membawa kepada nisbah penambat bersambung yang tinggi melebihi 90%.
●Rekod Kepakaran dan penerbitan yang luas:BMKGene mempunyai pengalaman luas dengan lebih daripada 2000 kes Hi-C Genome Assembly daripada 1000 spesies berbeza dan pelbagai paten. Lebih 200 kes yang diterbitkan mempunyai faktor impak terkumpul melebihi 2000.
●Pasukan bioinformatik berkemahiran tinggi:dengan paten dalaman dan hak cipta perisian untuk eksperimen Hi-C dan analisis data, perisian data visualisasi yang dibangunkan sendiri membolehkan blok manual mengalih, membalikkan, membatalkan dan membuat semula.
●Sokongan Selepas Jualan:Komitmen kami melangkaui penyiapan projek dengan tempoh perkhidmatan selepas jualan selama 3 bulan. Pada masa ini, kami menawarkan susulan projek, bantuan penyelesaian masalah dan sesi Soal Jawab untuk menangani sebarang pertanyaan yang berkaitan dengan keputusan.
●Anotasi Komprehensif: kami menggunakan berbilang pangkalan data untuk menganotasi gen secara fungsi dengan variasi yang dikenal pasti dan melaksanakan analisis pengayaan yang sepadan, memberikan pandangan tentang berbilang projek penyelidikan.
Spesifikasi Perkhidmatan
| Persediaan perpustakaan | Strategi urutan | Output data yang disyorkan | Kawalan kualiti |
| Perpustakaan Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | S30 ≥ 85% |
Keperluan Sampel
| Tisu | Jumlah yang diperlukan |
| Visera haiwan | ≥ 2 g |
| Otot Haiwan | |
| Darah Mamalia | ≥ 2 mL |
| Darah Ayam/Ikan | |
| Tumbuhan- Daun Segar | ≥ 3 g |
| Sel Berbudaya | ≥ 1x107 |
| Serangga | ≥ 2 g |
Aliran Kerja Perkhidmatan
Reka bentuk eksperimen
Contoh penghantaran
Pembinaan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
1) QC data mentah
2) QC perpustakaan Hi-C: anggaran interaksi Hi-C yang sah
3) Hi-C perhimpunan: pengelompokan contigs dalam kumpulan, diikuti dengan pesanan contig dalam setiap kumpulan dan menetapkan orientasi contig
4) Penilaian Hi-C
QC Perpustakaan Hi-C – anggaran pasangan interaksi sah Hi-C
Hi-C Assembly – statistik
Penilaian selepas pemasangan – peta haba keamatan isyarat antara tong
Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan pemasangan Hi-C BMKGene melalui koleksi penerbitan terpilih.
Tian, T. et al. (2023) 'Pemasangan genom dan pembedahan genetik plasma nutfah jagung tahan kemarau yang menonjol', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), ms 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Perhimpunan Skala Kromosom bagi Genom Apis cerana Lebah Madu Asia', Frontiers in Genetics, 11, hlm. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Mendedahkan evolusi biosintesis alkaloid tropane dengan menganalisis dua genom dalam keluarga Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), ms 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Genom Pokok Beringin dan Tebuan Pendebunga Memberi Cerapan tentang Koevolusi Tebuan Ara', Sel, 183(4), ms 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
