Exclusive Agency for Korea

BMKCloud log masuk

Produk

Interaksi kromatin berasaskan hi-c

HI-C adalah kaedah yang direka untuk menangkap konfigurasi genomik dengan menggabungkan interaksi berasaskan jarak dekat dan penjujukan tinggi. Kaedah ini didasarkan pada silang silang kromatin dengan formaldehid, diikuti oleh pencernaan dan ligasi semula dengan cara yang hanya serpihan yang berkaitan dengan kovalen akan membentuk produk ligation. Dengan menyusun produk ligation ini, adalah mungkin untuk mengkaji organisasi 3D genom. HI-C membolehkan mengkaji pengedaran bahagian-bahagian genom yang ringan (petak, euchromatin) dan lebih cenderung aktif secara transkripsi, dan kawasan yang lebih ketat (petak B, heterochromatin). HI-C juga boleh digunakan untuk menentukan domain yang berkaitan dengan topologi (TAD), kawasan genom yang mempunyai struktur yang dilipat dan mungkin mempunyai corak ekspresi yang sama, dan untuk mengenal pasti gelung kromatin, kawasan DNA yang berlabuh bersama oleh protein dan itu sering diperkaya dalam elemen pengawalseliaan. Perkhidmatan penjujukan HI-C BMKGENE memberi kuasa kepada penyelidik untuk meneroka dimensi spatial genomik, membuka jalan baru untuk memahami peraturan genom dan implikasinya dalam kesihatan dan penyakit.

Hubungi kami

Butiran Perkhidmatan

Bioinformatik

Keputusan demo

Penerbitan yang ditonjolkan

Ciri -ciri perkhidmatan

● Sequencing pada Illumina Novaseq dengan PE150.

● Perkhidmatan memerlukan sampel tisu, bukannya asid nukleik yang diekstrak, untuk menyeberang dengan formaldehid dan memelihara interaksi DNA-protein.

● Eksperimen HI-C melibatkan pembatasan dan pembaikan akhir hujung melekit dengan biotin, diikuti dengan peredaran hujung tumpul yang terhasil semasa memelihara interaksi. DNA kemudian ditarik dengan manik streptavidin dan disucikan untuk penyediaan perpustakaan berikutnya.

Kelebihan perkhidmatan

●Reka bentuk enzim sekatan optimum: Untuk memastikan kecekapan HI-C yang tinggi pada spesies yang berbeza dengan sehingga 93% pasangan interaksi sah.

●Rekod kepakaran dan penerbitan yang luas:Bmkgene mempunyai pengalaman luas dengan> 2000 projek penjujukan HI-C dari 800 spesies yang berbeza dan pelbagai paten. Lebih 100 kes yang diterbitkan dengan faktor impak terkumpul lebih dari 900.

●Pasukan bioinformatik yang berkemahiran tinggi:Dengan paten dalaman dan hak cipta perisian untuk eksperimen HI-C dan analisis data dan perisian data visualisasi yang dibangunkan sendiri.

●Sokongan selepas jualan:Komitmen kami melangkaui siap projek dengan tempoh perkhidmatan selepas jualan selama 3 bulan. Pada masa ini, kami menawarkan susulan projek, bantuan penyelesaian masalah, dan sesi Q & A untuk menangani sebarang pertanyaan yang berkaitan dengan hasilnya.

●Anotasi Komprehensif: Kami menggunakan pelbagai pangkalan data untuk memberi penjelasan secara fungsional gen dengan variasi yang dikenal pasti dan melakukan analisis pengayaan yang sama, memberikan gambaran mengenai pelbagai projek penyelidikan.

Spesifikasi perkhidmatan

Perpustakaan

Strategi penjujukan

Output data yang disyorkan

Resolusi isyarat hi-c

Perpustakaan Hi-C

Illumina PE150

Gelung Chromatin: 150x

Tad: 50x

Gelung Chromatin: 10KB

Tad: 40KB

Keperluan perkhidmatan

Jenis sampel	Jumlah yang diperlukan
Tisu haiwan	≥2g
Seluruh darah	≥2ml
Kulat	≥1g
Tumbuhan tumbuhan muda	1g/aliquot, 2-4 aliquotes disyorkan
Sel -sel berbudaya	≥1x10⁷

Sebelumnya: TGUIDE Kit RNA Magnetik Pintar

Seterusnya: DNBSEQ Perpustakaan Pra-Made

Termasuk analisis berikut:

● Data mentah QC;

● Pemetaan dan Perpustakaan HI-C QC: Pasangan interaksi yang sah dan eksponen kerosakan interaksi (IDE);

● Profil interaksi seluruh genom: analisis cis/trans dan peta interaksi HI-C;

● Analisis pengedaran petak A/B;

● Pengenalpastian TAD dan gelung kromatin;

● Analisis pembezaan pada unsur -unsur struktur kromatin 3D di antara sampel dan anotasi fungsional yang sama bagi gen yang berkaitan.

Pengagihan bahagian cis dan trans

Heatmap interaksi kromosom antara sampel

Pengagihan genom A/B Genome

Pengagihan Genom Genom Gelung Kromatin

Visualisasi Tads

Terokai kemajuan penyelidikan yang difasilitasi oleh perkhidmatan penjujukan HI-C BMKGENE melalui koleksi penerbitan yang dikendalikan.

Meng, T. et al. (2021) 'Analisis berbilang omik bersepadu komparatif mengenal pasti CA2 sebagai sasaran novel untuk chordoma',Neuro-onkologi, 23 (10), ms 1709-1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.

Xu, L. et al. (2021) 'Penyusunan dan penyusunan semula genom 3D memberikan pandangan tentang patogenesis NAFLD oleh HI-C, Nanopore, dan penjujukan RNA',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), ms 3150-3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.