Analisis Persatuan seluruh genom
Aliran kerja
Kelebihan Perkhidmatan
●Kepakaran yang luas dan rekod penerbitan: dengan pengalaman terkumpul dalam GWAS, BMKGene telah menyelesaikan ratusan projek spesies dalam penyelidikan populasi GWAS, membantu penyelidik untuk menerbitkan lebih daripada 100 artikel, dan faktor impak terkumpul mencapai 500.
● Analisis bioinformatik yang komprehensif: aliran kerja termasuk analisis perkaitan sifat SNP, menyampaikan satu set gen calon dan anotasi fungsi yang sepadan.
●Pasukan bioinformatik berkemahiran tinggi dan kitaran analisis pendek: dengan pengalaman hebat dalam analisis genomik lanjutan, pasukan BMKGene menyampaikan analisis komprehensif dengan masa pemulihan yang pantas.
●Sokongan Selepas Jualan:Komitmen kami melangkaui penyiapan projek dengan tempoh perkhidmatan selepas jualan selama 3 bulan. Pada masa ini, kami menawarkan susulan projek, bantuan penyelesaian masalah dan sesi Soal Jawab untuk menangani sebarang pertanyaan yang berkaitan dengan keputusan.
Spesifikasi dan keperluan perkhidmatan
| Jenis penjujukan | Skala populasi yang disyorkan | Strategi urutan | Keperluan nukleotida |
| Penjujukan Genom Keseluruhan | 200 sampel | 10x | Kepekatan: ≥ 1 ng/ µL Jumlah amaun≥ 30ng Terhad atau tiada degradasi atau pencemaran |
| Serpihan Diperkuat Lokus Khusus (SLAF) | Kedalaman teg: 10x Bilangan tag: < 400 Mb: WGS disyorkan < 1Gb: 100K tag 1Gb > 2Gb: 300K tag Maks 500k tag | Kepekatan ≥ 5 ng/µL Jumlah keseluruhan ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Gel agarose: tiada atau degradasi atau pencemaran terhad
|
Pemilihan Bahan
Pelbagai jenis, subspesies, landraces/bank gen/keluarga campuran/sumber liar
Pelbagai jenis, subspesies, landraces
Keluarga separuh saudara/keluarga saudara penuh/sumber liar
Aliran Kerja Perkhidmatan
Reka bentuk eksperimen
Contoh penghantaran
Pengekstrakan RNA
Pembinaan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
Termasuk analisis berikut:
- Analisis perkaitan seluruh genom: Model LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Anotasi fungsi gen calon
Analisis persatuan sifat SNP - plot Manhattan
Analisis perkaitan sifat SNP - plot QQ
Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan de GWAS BMKGene melalui koleksi penerbitan terpilih:
Lv, L. et al. (2023) 'Wawasan tentang asas genetik toleransi ammonia dalam kerang cukur Sinonovacula constricta oleh kajian persatuan seluruh genom',Akuakultur, 569, hlm. 739351. doi: 10.1016/J.AKUAKULTUR.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Analisis berbilang omik bagi 398 aksesi millet foxtail mendedahkan kawasan genomik yang dikaitkan dengan penjinakkan, sifat metabolit dan kesan anti-radang',Loji Molekul, 15(8), ms 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Pemetaan Persatuan Seluruh Genom bagi Fenotip Hulless Barely dalam Persekitaran Kemarau',Sempadan dalam Sains Tumbuhan, 13, hlm. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, yang mengekodkan sulfotransferase, memberikan rintangan kepada strain virus mozek kacang soya G2 dan G3',Tumbuhan, Sel & Persekitaran, 44(8), ms 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
