Perhimpunan Genom Fungal De Novo
Bmkgene menawarkan penyelesaian serba boleh untuk genom kulat, memenuhi keperluan penyelidikan yang pelbagai dan kesempurnaan genom yang dikehendaki. Menggunakan penjujukan Illumina yang dibaca pendek sahaja membolehkan penjanaan genom draf. Bacaan pendek dan penjujukan panjang menggunakan nanopore atau pacbio digabungkan untuk genom kulat yang lebih halus dengan contigs yang lebih panjang. Selain itu, mengintegrasikan penjujukan HI-C meningkatkan lagi keupayaan, membolehkan pencapaian genom peringkat kromosom lengkap.
Ciri -ciri perkhidmatan
Dengan tiga pilihan yang mungkin untuk dipilih bergantung pada tahap kesempurnaan genom yang dikehendaki:
● Draf Pilihan Genome: Sequencing Short-Read dengan Illumina Novaseq PE150.
● Pilihan genom halus kulat:
Kajian Genom: Illumina Novaseq PE150.
Perhimpunan Genom: Pacbio Revio (HiFi Reads) atau Nanopore Promethion 48.
● Genom kulat peringkat kromosom:
Kajian Genom: Illumina Novaseq PE150.
Perhimpunan Genom: Pacbio Revio (HiFi Reads) atau Nanopore Promethion 48.
Contig berlabuh dengan perhimpunan hi-c.
Kelebihan perkhidmatan
●Strategi penjujukan berganda yang ada: Untuk tujuan penyelidikan yang berbeza dan keperluan kesempurnaan genom
●Aliran kerja bioinformatik lengkap:Ini termasuk pemasangan genom dan ramalan pelbagai elemen genom, anotasi gen berfungsi, dan penangkapan contig.
●Kepakaran yang luas: Dengan lebih daripada 12,000 genom mikrob yang dipasang, kami membawa lebih dari satu dekad pengalaman, pasukan analisis yang sangat mahir, kandungan komprehensif, dan sokongan pasca jualan yang sangat baik.
●Sokongan selepas jualan:Komitmen kami melangkaui siap projek dengan tempoh perkhidmatan selepas jualan selama 3 bulan. Pada masa ini, kami menawarkan susulan projek, bantuan penyelesaian masalah, dan sesi Q & A untuk menangani sebarang pertanyaan yang berkaitan dengan hasilnya.
Spesifikasi perkhidmatan
| Perkhidmatan | Strategi penjujukan | Kawalan kualiti |
| Draf genom | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Genom halus | Tinjauan Genom: Illumina PE150 50 x Perhimpunan: Pacbio Hifi 30x atau Nanopore 100x | Contig N50 ≥1mb (Pacbio uniselular） Contig N50 ≥2MB (ONT Uniselular） contig n50 ≥500kb (yang lain |
| Genom peringkat kromosom | Tinjauan Genom: Illumina PE150 50 x Perhimpunan: Pacbio Hifi 30x atau Nanopore 100x Hi-C Assembly 100x | Nisbah penambat contig> 90%
|
Keperluan perkhidmatan
| Kepekatan (ng/μl) | Jumlah Jumlah (μg) | Kelantangan (μl) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Kulat uniselular: ≥3.5x1010 sel
Kulat makro: ≥10 g
Aliran kerja perkhidmatan
Penghantaran sampel
Pembinaan Perpustakaan
Urutan
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
Termasuk analisis berikut:
Tinjauan Genom:
- Mengendalikan kawalan kualiti data
- Anggaran Genom: Saiz, Heterozygosity, Elemen Berulang
Perhimpunan genom halus:
- Mengendalikan kawalan kualiti data
- De novoPerhimpunan
- Analisis Komponen Genom: Ramalan CD dan pelbagai elemen genomik
- Anotasi fungsional dengan pelbagai pangkalan data umum (GO, KEGG, dll) dan pangkalan data lanjutan (kad, VFDB, dan lain -lain)
Perhimpunan hi-c:
- Penilaian Perpustakaan HI-C.
- Contigs berlabuh clustering, pesanan dan orientasi
- Penilaian perhimpunan HI-C: Berdasarkan peta rujukan dan peta haba
Tinjauan Genom: Pengagihan K-Mer
Perhimpunan Genom: Anotasi Homolog Gene (Pangkalan Data NR)
Perhimpunan Genom: Anotasi Gen Fungsian (GO)
Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan perhimpunan genom kulat BMKGENE melalui koleksi penerbitan yang dikendalikan.
Hao, J. et al. (2023) 'Profil omik bersepadu cendawan perubatan inonotus obliquus di bawah keadaan tenggelam',BMC Genomics, 24 (1), ms 1-12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-z/angka/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Penjujukan genom mendedahkan mekanisme evolusi dan patogen dari patogen tajam patogen rhizoctonia',Jurnal Tanaman, 11 (2), ms 405-416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Sumber Genom untuk Empat Spesies Clarireedia yang menyebabkan Spot Dollar pada pelbagai turfgrasses',Penyakit tumbuhan, 107 (3), ms 929-934. doi: 10.1094/pdis-08-22-1921-a
Zhang, SS et al. (2023) 'Bukti genetik dan molekul sistem mengawan tetrapolar dalam cendawan grifola frondosa',Jurnal Kulat, 9 (10), ms. 959. DOI: 10.3390/jof9100959/s1.
