Penjejakan mRNA penuh-nanopore
Ciri -ciri
● Menangkap mRNA poli-A diikuti oleh sintesis cDNA dan persiapan perpustakaan
● penjujukan transkrip penuh panjang
● Analisis bioinformatik berdasarkan penjajaran kepada genom rujukan
● Analisis bioinformatik termasuk bukan sahaja ungkapan pada tahap gen dan isoform tetapi juga analisis lncRNA, fusions gen, poli-adenylation dan struktur gen
Kelebihan perkhidmatan
●Kuantiti ekspresi di peringkat isoform: Membolehkan analisis ekspresi terperinci dan tepat, pembukaan perubahan yang mungkin bertopeng ketika menganalisis keseluruhan ekspresi gen
●Mengurangkan tuntutan data:Berbanding dengan penjujukan generasi akan datang (NGS), penjujukan nanopore mempamerkan keperluan data yang lebih rendah, yang membolehkan tahap kesesuaian kuantiti ekspresi gen yang setara dengan data yang lebih kecil.
●Ketepatan kuantiti ekspresi yang lebih tinggi: kedua -dua tahap gen dan isoform
●Pengenalpastian maklumat transkripsi tambahan: polyadenylation alternatif, gen gabungan dan lcnRNA dan gen sasaran mereka
●Kepakaran yang luas: Pasukan kami membawa banyak pengalaman kepada setiap projek, setelah menyelesaikan lebih daripada 850 projek transkrip penuh nanopore dan memproses lebih dari 8,000 sampel.
●Sokongan selepas jualan: Komitmen kami melangkaui siap projek dengan tempoh perkhidmatan selepas jualan selama 3 bulan. Pada masa ini, kami menawarkan susulan projek, bantuan penyelesaian masalah, dan sesi Q & A untuk menangani sebarang pertanyaan yang berkaitan dengan hasilnya.
Keperluan dan penghantaran sampel
| Perpustakaan | Strategi penjujukan | Data yang disyorkan | Kawalan kualiti |
| Poli diperkaya | Illumina PE150 | 6/12 GB | Skor Kualiti Purata: Q10 |
Keperluan sampel:
Nukleotida:
| Conc. (Ng/μl) | Jumlah (μg) | Kesucian | Integriti |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Terhad atau tiada protein atau pencemaran DNA yang ditunjukkan pada gel. | Untuk tumbuh -tumbuhan: RIN≥7.0; Untuk haiwan: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ketinggian asas terhad atau tiada |
● Tumbuhan:
Akar, batang atau kelopak: 450 mg
Daun atau benih: 300 mg
Buah: 1.2 g
● Haiwan:
Jantung atau usus: 300 mg
Viskera atau otak: 240 mg
Otot: 450 mg
Tulang, rambut atau kulit: 1g
● Arthropods:
Serangga: 6g
Crustacea: 300 mg
● Seluruh darah: 1 tiub
● Sel: 106 sel
Penghantaran sampel yang disyorkan
Bekas: 2 ml tiub centrifuge (timah timah tidak disyorkan)
Pelabelan sampel: kumpulan+meniru EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Penghantaran:
1. Dry-ice: Sampel perlu dibungkus dalam beg dan dikebumikan dalam ais kering.
2. Tiub rnastable: Sampel RNA boleh dikeringkan dalam tiub penstabilan RNA (contohnya RNASTable®) dan dihantar dalam suhu bilik.
Aliran kerja perkhidmatan
Nukleotida:
Penghantaran sampel
Pembinaan Perpustakaan
Urutan
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
Aliran kerja perkhidmatan
Tisu:
Reka bentuk eksperimen
Penghantaran sampel
Pengekstrakan RNA
Pembinaan Perpustakaan
Urutan
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
● Pemprosesan data mentah
● Pengenalpastian transkrip
● Splicing alternatif
● Kuantifikasi ekspresi dalam tahap gen dan tahap isoform
● Analisis ekspresi perbezaan
● Anotasi dan pengayaan fungsi (DEG dan Dets)
Analisis splicing alternatif
Analisis Polyadenylation Alternatif (APA)
Ramalan lncRNA
Anotasi gen novel
Clustering of Dets
Rangkaian Protein-Protein dalam DEGS
Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan penjujukan mRNA nanopore BMKGene melalui koleksi penerbitan yang dikendalikan.
Gong, B. et al. (2023) 'Pengaktifan epigenetik dan transkripsi kinase fam20c sebagai onkogen dalam glioma', Journal of Genetics and Genomics, 50 (6), ms 422-433. doi: 10.1016/j.jgg.2023.01.008.
Dia, Z. et al. (2023. 108636. DOI: 10.1016/j.fsi.2023.108636.
MA, Y. et al. (2023) 'Analisis Perbandingan Kaedah Pacbio dan ONT RNA untuk Pengenalpastian Nomopilema Nomurai Venom', Genomics, 115 (6), ms. 110709. DOI: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Analisis nano-seq mendedahkan kecenderungan fungsional yang berbeza antara exosomes dan microvesicles yang diperolehi dari HUMSC', penyelidikan sel stem dan terapi, 14 (1), ms 1-13. doi: 10.1186/s13287-023-03491-5/jadual/6.
