Analisis mRNA eukariotik (pilihan rujukan dan de novo tersedia)
Pipa ini menggunakan data NGS RNA-Seq sebagai input dan menghasilkan hasil dari pelbagai analisis hiliran termasuk tetapi tidak terhad kepada: penjujukan penilaian kualiti data,de novoAnotasi tapak transkripsi, analisis splicing berubah -ubah, analisis ekspresi kebezaan, analisis anotasi dan pengayaan.
Analisis RNA bukan pengekodan panjang
RNA bukan pengekodan yang panjang (lncRNA) adalah transkrip bukan pengekodan dengan panjang lebih panjang daripada 200 nt dan diketahui memainkan peranan dalam organisasi dan peraturan kromatin. Teknologi penjujukan tinggi dan bioinformatik telah memberi kuasa kepada pemahaman kami urutan lncRNA dan maklumat kedudukan untuk mengenal pasti lncRNA dengan fungsi pengawalseliaan yang penting. Paip ini menyediakan analisis lncRNA sebagai tambahan kepada analisis yang disebutkan dalam saluran paip analisis mRNA eukariotik.
16S/18S/penjujukan ampliconnya
Pipeline Analisis Kepelbagaian Mikrobial Amplicon telah dibangunkan berdasarkan tahun pengalaman dalam analisis projek kepelbagaian mikrob. Paip ini mengandungi analisis asas yang standard, yang meliputi kandungan analisis arus perdana penyelidikan mikrob semasa dan analisis peribadi. Laporan analisis kaya dan komprehensif, dengan pilihan untuk melakukan analisis peribadi yang pelbagai. Di samping itu, sampel dan kumpulan boleh diubahsuai dengan cepat untuk penyesuaian dan kawalan tambahan.
Analisis metagenomik senapang patah
Paip analisis metagenomik senapang menggunakan data NGS dari bahan genomik campuran yang diekstrak dari sampel alam sekitar. Termasuk analisis memberikan maklumat terperinci mengenai kepelbagaian spesies dan kelimpahan, struktur penduduk, hubungan filogenetik, gen berfungsi, dan rangkaian korelasi dengan faktor persekitaran.
Analisis variasi NGS-WGS
Analisis varian NGS-WGS adalah saluran pengesanan varian bersepadu yang melakukan kawalan kualiti data, penjajaran urutan, anotasi, dan analisis mutasi gen. Paip ini mengikuti amalan terbaik GATK untuk pengesanan SNP dan Indel dan menggunakan Manta untuk panggilan variasi struktur.
Kajian Persatuan Wide Genome (GWAS)
Paip GWAS adalah analisis hiliran yang mengambil fail VCF sebelum ini dan data fenotip yang sepadan untuk kohort individu sebagai input. Menggunakan metodologi statistik tertentu, GWAS bertujuan untuk mendedahkan variasi nukleotida genom yang berkaitan dengan perbezaan fenotip. Ia memainkan peranan penting dalam meneroka gen berfungsi yang berkaitan dengan penyakit manusia yang kompleks dan ciri -ciri rumit dalam tumbuhan dan haiwan.
Analisis Pengasingan Pukal (BSA)
Analisis BSA melibatkan penyatuan individu dengan ciri -ciri fenotip yang melampau dari penduduk yang memisahkan. Dengan membandingkan loci perbezaan antara sampel yang dikumpulkan, pendekatan ini dengan cepat mengenal pasti penanda molekul yang berkaitan dengan gen sasaran. Digunakan secara meluas dalam pemetaan genetik tumbuh-tumbuhan dan haiwan, ia adalah alat yang berharga untuk pembiakan penanda.
Analisis genetik evolusi
Analisis genetik evolusi aliran kerja memanfaatkan pengalaman luas BMKGene dalam projek evolusi genetik dan termasuk pembinaan pokok filogenetik, analisis ketidakseimbangan hubungan, penilaian kepelbagaian genetik, pengenalan sapu selektif, analisis kinship, analisis komponen utama, dan pencirian struktur populasi.
