Genetik Evolusi
Kelebihan Perkhidmatan
Takagi et al.,Jurnal tumbuhan, 2013
●Analisis bioinformatik yang komprehensif:membolehkan anggaran kepelbagaian genetik, yang mencerminkan potensi evolusi spesies, dan mendedahkan hubungan filogenetik yang boleh dipercayai antara spesies dengan pengaruh evolusi konvergen dan evolusi selari yang diminimumkan
●Analisis tersuai pilihan: seperti anggaran masa dan kelajuan perbezaan berdasarkan variasi pada paras nukleotida dan asid amino.
●Kepakaran yang luas dan rekod penerbitan: BMKGene telah mengumpul pengalaman besar dalam projek populasi dan genetik evolusi selama lebih 15 tahun, meliputi beribu-ribu spesies, dsb. dan menyumbang kepada lebih 1000 projek peringkat tinggi yang diterbitkan dalam Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, dsb.
● Pasukan bioinformatik berkemahiran tinggi dan kitaran analisis pendek: dengan pengalaman hebat dalam analisis genomik lanjutan, pasukan BMKGene menyampaikan analisis komprehensif dengan masa pemulihan yang pantas.
● Sokongan Selepas Jualan:Komitmen kami melangkaui penyiapan projek dengan tempoh perkhidmatan selepas jualan selama 3 bulan. Pada masa ini, kami menawarkan susulan projek, bantuan penyelesaian masalah dan sesi Soal Jawab untuk menangani sebarang pertanyaan yang berkaitan dengan keputusan.
Spesifikasi Perkhidmatan dan keperluan
| Jenis penjujukan | Skala populasi yang disyorkan | Strategi urutan | Keperluan nukleotida |
| Penjujukan Genom Keseluruhan | ≥ 30 individu, dengan ≥ 10 individu daripada setiap subkumpulan
| 10x | Kepekatan: ≥ 1 ng/ µL Jumlah amaun≥ 30ng Terhad atau tiada degradasi atau pencemaran |
| Serpihan Diperkuat Lokus Khusus (SLAF) | Kedalaman teg: 10x Bilangan tag: <400 Mb: WGS disyorkan <1Gb: 100K tag 1Gb >2Gb: 300K tag Maks 500k tag | Kepekatan ≥ 5 ng/µL Jumlah keseluruhan ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Gel agarose: tiada atau degradasi atau pencemaran terhad
|
Aliran Kerja Perkhidmatan
Reka bentuk eksperimen
Contoh penghantaran
Pembinaan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
Perkhidmatan termasuk analisis struktur populasi (pokok filogenetik, PCA, carta stratifikasi populasi), kepelbagaian populasi, dan pemilihan populasi (ketidakseimbangan hubungan, pemilihan sapuan terpilih tapak berfaedah). Perkhidmatan ini juga boleh memasukkan analisis tersuai (contohnya masa perbezaan, aliran gen).
*Keputusan demo yang ditunjukkan di sini semuanya daripada genom yang diterbitkan dengan BMKGENE
1.Analisis evolusi mengandungi pembinaan pokok filogenetik, struktur populasi dan PCA berdasarkan variasi genetik.
Pokok filogenetik mewakili hubungan taksonomi dan evolusi antara spesies dengan nenek moyang yang sama.
PCA bertujuan untuk menggambarkan keakraban antara sub-populasi.
Struktur populasi menunjukkan kehadiran subpopulasi yang berbeza secara genetik dari segi frekuensi alel.
Chen, et. al.,PNAS, 2020
2. Sapuan terpilih
Sapuan terpilih merujuk kepada proses di mana tapak yang berfaedah dipilih dan kekerapan tapak neutral yang dipautkan ditingkatkan dan tapak yang tidak dipaut dikurangkan, mengakibatkan pengurangan serantau.
Pengesanan seluruh genom pada kawasan sapuan terpilih diproses dengan mengira indeks genetik populasi（π，Fst, Tajima's D) semua SNP dalam tetingkap gelongsor (100 Kb) pada langkah tertentu (10 Kb).
Kepelbagaian nukleotida(π）
Tajima's D
Indeks penetapan (Fst)
Wu, et. al.,Loji Molekul, 2018
3. Aliran Gen
Wu, et. al.,Loji Molekul, 2018
4.Sejarah demografi
Zhang, et. al.,Ekologi & Evolusi Alam, 2021
5. masa divergence
Zhang, et. al.,Ekologi & Evolusi Alam, 2021
Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan genetik evolusioner BMKGene melalui koleksi penerbitan terpilih:
Hassanyar, AK et al. (2023) 'Penemuan Penanda Molekul SNP dan Gen Calon Berkaitan dengan Rintangan Virus Sacbrood dalam Larva Apis cerana cerana oleh Pensekuan Semula Genom Seluruh',Jurnal antarabangsa sains molekul, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'Penemuan salamander gergasi Cina yang liar dan tulen secara genetik mencipta peluang pemuliharaan baharu',Penyelidikan Zoologi, 2022, Jld. 43, Isu 3, Halaman: 469-480, 43(3), ms 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Corak Filogeografi dan Evolusi Populasi Sejarah Orang Asli Elymus sibiricus L. di Dataran Tinggi Qinghai-Tibet',Sempadan dalam Sains Tumbuhan, 13, hlm. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) 'Wawasan genomik ke dalam evolusi longan daripada himpunan genom peringkat kromosom dan genomik populasi aksesi longan',Penyelidikan Hortikultur, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
