Exclusive Agency for Korea

Log masuk BMKCloud

Produk

Penjujukan mRNA penuh -PacBio

Walaupun penjujukan mRNA berasaskan NGS ialah alat serba boleh untuk mengukur ekspresi gen, pergantungannya pada bacaan pendek mengehadkan penggunaannya dalam analisis transkriptik yang kompleks. Sebaliknya, penjujukan PacBio (Iso-Seq) menggunakan teknologi baca lama, membolehkan penjujukan transkrip mRNA penuh. Pendekatan ini memudahkan penerokaan komprehensif penyambungan alternatif, gabungan gen, dan poli-adenilasi. Walau bagaimanapun, terdapat pilihan lain untuk kuantifikasi ekspresi gen kerana jumlah data yang tinggi diperlukan. Teknologi penjujukan PacBio bergantung pada penjujukan molekul tunggal, masa nyata (SMRT), memberikan kelebihan tersendiri dalam menangkap transkrip mRNA penuh. Pendekatan inovatif ini melibatkan penggunaan pandu gelombang mod sifar (ZMW) dan telaga mikrofabrikasi yang membolehkan pemerhatian masa nyata aktiviti polimerase DNA semasa penjujukan. Dalam ZMW ini, polimerase DNA PacBio mensintesis untaian DNA pelengkap, menghasilkan bacaan panjang yang merangkumi keseluruhan transkrip mRNA. Operasi PacBio dalam mod penjujukan Konsensus Pekeliling (CCS) meningkatkan ketepatan dengan mengulangi urutan molekul yang sama. Bacaan HiFi yang dijana mempunyai ketepatan yang setanding dengan NGS, seterusnya menyumbang kepada analisis yang komprehensif dan boleh dipercayai bagi ciri transkriptik yang kompleks.

Platform: PacBio Sequel II; PacBio Revio

Hubungi Kami

Butiran Perkhidmatan

Bioinformatik

Keputusan Demo

Penerbitan Pilihan

Ciri-ciri

● sintesis cDNA daripada mRNA poli-A diikuti dengan penyediaan perpustakaan

● Menjujukan dalam mod CCS, menjana bacaan HiFi

● Penjujukan transkrip panjang penuh

● Analisis tidak memerlukan genom rujukan; bagaimanapun, ia boleh digunakan

● Analisis bioinformatik membolehkan analisis transkrip isoform lncRNA, gabungan gen, poli-adenilasi dan struktur gen

Kelebihan Perkhidmatan

●Ketepatan Tinggi: HiFi membaca dengan ketepatan >99.9% (Q30), setanding dengan NGS

● Analisis Penyambungan Alternatif: penjujukan keseluruhan transkrip membolehkan pengecaman dan pencirian isoform

●Kepakaran Luas: dengan rekod prestasi menyelesaikan lebih 1100 projek transkriptom penuh PacBio dan memproses lebih 2300 sampel, pasukan kami membawa banyak pengalaman kepada setiap projek.

●Sokongan Selepas Jualan: komitmen kami melangkaui penyiapan projek dengan tempoh perkhidmatan selepas jualan selama 3 bulan. Pada masa ini, kami menawarkan susulan projek, bantuan penyelesaian masalah dan sesi Soal Jawab untuk menangani sebarang pertanyaan yang berkaitan dengan keputusan.

Keperluan Sampel dan Penghantaran

Perpustakaan

Strategi urutan

Data disyorkan

Kawalan Kualiti

Perpustakaan CCS mRNA yang diperkayakan oleh PolyA

Sekuel PacBio II

PacBio Revio

20/40 Gb

5/10 M CCS

S30≥85%

Keperluan Sampel:

Nukleotida:

● Tumbuhan:

Akar, Batang atau Kelopak: 450 mg

Daun atau Biji: 300 mg

Buah: 1.2 g

● Haiwan:

Jantung atau Usus: 300 mg

Viscera atau Otak: 240 mg

Otot: 450 mg

Tulang, Rambut atau Kulit: 1g

● Artropod:

Serangga: 6g

Crustacea: 300 mg

● Darah penuh: 1 tiub

● Sel: 10⁶sel

Conc.(ng/μl)

Jumlah (μg)

Kesucian

Integriti

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Pencemaran protein atau DNA terhad atau tiada ditunjukkan pada gel.

Untuk tumbuhan: RIN≥7.5;

Untuk haiwan: RIN≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

terhad atau tiada ketinggian garis dasar

Penghantaran Sampel yang Disyorkan

Bekas: 2 ml tiub empar (Kerajang timah tidak disyorkan)

Pelabelan sampel: Kumpulan+replikasi cth A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Penghantaran:

1. Ais kering: Sampel perlu dibungkus dalam beg dan dikebumikan dalam ais kering.

2. Tiub RNAstable: Sampel RNA boleh dikeringkan dalam tiub penstabilan RNA (cth RNAstable®) dan dihantar dalam suhu bilik.

Aliran Kerja Perkhidmatan

Reka bentuk eksperimen

Contoh penghantaran

Pengekstrakan RNA

Pembinaan perpustakaan

Sequencing

Analisis data

Perkhidmatan selepas jualan

Sebelumnya: Penjujukan mRNA eukariotik-NGS

Seterusnya: Penjujukan mRNA Penuh-Nanopore

Termasuk analisis berikut:

● Kawalan kualiti data mentah

● Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)

● Analisis transkrip gabungan

● Analisis Penyambungan Alternatif

● Menanda aras analisis Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).

● Analisis transkrip novel: ramalan jujukan pengekodan (CDS) dan anotasi berfungsi

● Analisis lncRNA: ramalan lncRNA dan sasaran

● Pengenalan Satelit Mikro (SSR)

analisis BUSCO

Analisis Penyambungan Alternatif

Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)

Anotasi fungsional transkrip novel

Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan penjujukan mRNA penuh Nanopore BMKGene dalam penerbitan yang ditampilkan ini.

Ma, Y. et al. (2023) 'Analisis perbandingan kaedah penjujukan RNA PacBio dan ONT untuk pengecaman racun Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), hlm. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Chao, Q. et al. (2019) 'Dinamika perkembangan transkriptom batang Populus', Jurnal Bioteknologi Tumbuhan, 17(1), ms. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.

Deng, H. et al. (2022) 'Perubahan Dinamik dalam Kandungan Asid Askorbik semasa Perkembangan Buah dan Pematangan Actinidia latifolia (Tanaman Buah-buahan Kaya Askorbat) dan Mekanisme Molekul Bersekutu', Jurnal Antarabangsa Sains Molekul, 23(10), hlm. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.

Hua, X. et al. (2022) 'Ramalan berkesan gen laluan biosintetik yang terlibat dalam polifilin bioaktif di Paris polyphylla', Biologi Komunikasi 2022 5:1, 5(1), ms 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.

Liu, M. et al. (2023) 'Gabungan PacBio Iso-Seq dan Illumina RNA-Seq Analisis Transkriptom Tuta absoluta (Meyrick) dan Gen Cytochrome P450', Serangga, 14(4), hlm. 363. doi: 10.3390 / SERANGGA14040363 / S1.

Wang, Lijun et al. (2019) 'Tinjauan kerumitan transkrip menggunakan analisis masa nyata molekul tunggal PacBio digabungkan dengan penjujukan RNA Illumina untuk pemahaman yang lebih baik tentang biosintesis asid ricinoleik dalam Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), ms. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.