Genomik perbandingan
Kelebihan perkhidmatan
●Kepakaran dan rekod penerbitan yang luas: Dengan terkumpul, bmkgene telah menyelesaikan lebih daripada 90 projek genomik perbandingan, dengan faktor kesan kumulatif mencapai 900.
●Analisis bioinformatik yang komprehensif: Pakej Analisis mengandungi lapan analisis yang paling biasa diperlukan, memberikan angka siap sedia yang direka dengan baik dan membolehkan tafsiran yang mudah dihasilkan
●Pasukan bioinformatik yang sangat mahir dan kitaran analisis pendek: Dengan pengalaman hebat dalam analisis genomik perbandingan, pasukan bmkgene memenuhi permintaan analisis peribadi yang pelbagai dalam masa yang singkat
●Sokongan selepas jualan:Komitmen kami melangkaui siap projek dengan tempoh perkhidmatan selepas jualan selama 3 bulan. Pada masa ini, kami menawarkan susulan projek, bantuan penyelesaian masalah, dan sesi Q & A untuk menangani sebarang pertanyaan yang berkaitan dengan hasilnya.
Spesifikasi perkhidmatan
| Anggaran masa giliran | Bilangan spesies | Analisis |
| 30 hari bekerja | 6 - 12 | Gene Family Clustering Pengembangan dan penguncupan keluarga gen Pembinaan pokok phylogenetic Anggaran Masa Divergensi (Penentukuran Fosil Diperlukan) Masa penyisipan LTR (untuk tumbuh -tumbuhan) Duplikasi genom keseluruhan (untuk tumbuh -tumbuhan) Tekanan terpilih Analisis Synteny |
Analisis bioinformatik
● Keluarga gen
● Phylogenetics
● Masa divergensi
● Tekanan selektif
● Analisis Synteny
Keperluan dan penghantaran sampel
Keperluan sampel:
Tisu atau DNA untuk penjujukan genom dan pemasangan
Untuk tisu
| Spesies | Tisu | Tinjauan | Pacbio CCS |
| Haiwan | Tisu Visceral | 0.5 ~ 1 g | ≥ 3.5 g |
| Tisu otot | |||
| ≥ 5.0 g | |||
| ≥ 5.0 ml | |||
| Darah mamalia | |||
| ≥ 0.5 ml | |||
| Darah ayam/ikan | |||
| Tumbuhan | Daun segar | 1 ~ 2 g | ≥ 5.0 g |
| Kelopak/batang | 1 ~ 2 g | ≥ 10.0 g | |
| Akar/benih | 1 ~ 2 g | ≥ 20.0 g | |
| Sel | Sel berbudaya | - | ≥ 1 x 108 |
Data
Fail urutan genom (.fasta) dan fail anotasi (.gff3) dari spesies yang berkait rapat
Aliran kerja perkhidmatan
Reka bentuk eksperimen
Penghantaran sampel
Pembinaan Perpustakaan
Urutan
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
*Hasil demo yang ditunjukkan di sini adalah semua dari genom yang diterbitkan dengan Biomarker Technologies
1. LTR memasukkan anggaran masa: Angka menunjukkan pengedaran bimodal yang unik dalam masa penyisipan LTR-RTS dalam genom rai, berbanding dengan spesies lain. Puncak yang paling baru muncul sekitar 0.5 juta tahun yang lalu.
Li Guang et al.,Genetik Alam, 2021
2.Phylogeny dan Analisis Keluarga Gen pada Chayote (Sechium edule): Dengan menganalisis Chayote dan 13 spesies yang berkaitan dengan keluarga Gene, Chayote didapati paling rapat dengan Snake Gourd (Trichosanthes anguina). Chayote berasal dari ular ular sekitar 27-45 Mya dan duplikasi genom keseluruhan (WGD) diperhatikan di Chayote dalam 25 ± 4 Mya, yang merupakan peristiwa WGD ketiga di Cucuibitaceae.
Fu A et al.,Penyelidikan Hortikultur, 2021
3. Analisis Synteny: Sesetengah gen yang berkaitan dengan phytohormon dalam perkembangan buah -buahan didapati di Chayote, labu ular dan skuasy. Korelasi antara chayote dan skuasy sedikit lebih tinggi daripada yang antara chayote dan ular ular.
Fu A et al.,Penyelidikan Hortikultur, 2021
4. Analisis Keluarga Gene: Pengayaan KEGG mengenai pengembangan dan penguncupan keluarga gen dalam genom G.thurberi dan G.Davidsonii menunjukkan bahawa biosintesis steroid dan gen yang berkaitan dengan biosintesis brassinosteroid telah diperluaskan.
Yang Z et al.,BIOLOGI BMC, 2021
5. Analisis Duplikasi Genome: Analisis pengedaran 4DTV dan KS ditunjukkan keseluruhan peristiwa duplikasi genom. Puncak intraspesies menunjukkan peristiwa duplikasi. Puncak interspesies menunjukkan peristiwa spesiasi. Analisis menunjukkan bahawa membandingkan dengan tiga spesies lain yang berkait rapat, O. europaea melalui duplikasi gen berskala besar baru -baru ini.
Rao G et al.,Penyelidikan Hortikultur, 2021
Kes BMK
Rose Tanpa Prickle: Wawasan Genomik Berkaitan dengan Penyesuaian Kelembapan
Diterbitkan: Kajian Sains Kebangsaan, 2021
Strategi penjujukan:
'BasyeTanpa duri'(R.Wichurainan) Genom:
Lebih kurang. 93 x pacbio + lebih kurang. 90 x Nanopore + 267 x Illumina
Keputusan utama
1. Genom R.Wichuraiana berkualiti tinggi dibina menggunakan teknik penjujukan panjang, yang menghasilkan perhimpunan 530.07 MB (anggaran saiz genom adalah kira-kira 525.9 MB oleh cytometry aliran dan 525.5 oleh kaji selidik genom ； heterozygosity adalah sekitar 1.03%). Skor anggaran Busco ialah 93.9%. Berbanding dengan "Old Blush" (haploob), kualiti dan kesempurnaan genom ini disahkan oleh ketepatan asas asas dan indeks pemasangan LTR (LAI = 20.03). R.Wichuraiana Genome mengandungi 32,674 gen pengekodan protein.
2.Multi-omics analisis bersama, yang terdiri daripada genomik komparatif, transkripsi, analisis QTL populasi genetik, mendedahkan spesiasi penting antara R. wichuraiana dan Rosa chinensis. Juga, variasi ekspresi gen yang berkaitan dalam QTL mungkin dikaitkan dengan corak prickle batang.
Genomik perbandingan anaysis antara Basye; s Thornless dan Rosa chinensis termasuk analisis synteny, kluster keluarga gen, pengembangan dan analisis penguncupan, mendedahkan banyak variasi, yang berkaitan dengan ciri -ciri penting dalam mawar. Perkembangan unik dalam keluarga gen NAC dan FAR1/FRS sangat mungkin dikaitkan dengan rintangan kepada Black Spot.
Analisis genomik perbandingan antara genom BT dan haploob.
Zhong, M., et al. "Rose Tanpa Prickle: Wawasan Genomik Dihubungkan dengan Adaptasi Kelembapan"Kajian Sains Kebangsaan, 2021;, NWAB092.
