BMKMANU S3000_SPATIAL Transcriptome
BMKMANU S3000 Skim Teknikal Transkrip Spatial
Ciri -ciri
- Resolusi: 3.5 μm
- diameter tempat: 2.5 μm
- Bilangan tempat: kira -kira 4 juta
- 3 Format kawasan penangkapan yang mungkin: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm atau 15 mm * 20 mm
- Setiap manik barcoded dimuatkan dengan primer yang terdiri daripada 4 bahagian:
• Ekor poli (dt) untuk sintesis mRNA dan sintesis cDNA,
• Pengenal molekul unik (UMI) untuk membetulkan kecenderungan penguatan
• Kod bar spatial
• Urutan mengikat sebahagian primer penjujukan 1
- H & E dan pewarnaan pendarfluor
- Kemungkinan menggunakan teknologi segmentasi sel: integrasi pewarnaan H & E, pewarnaan pendarfluor, dan penjujukan RNA untuk menentukan sempadan setiap sel dan betul memberikan ekspresi gen ke setiap sel. Memproses analisis profil spatial hiliran berdasarkan tong sel.
- Mungkin untuk mencapai analisis resolusi multilevel: Analisis pelbagai peringkat fleksibel dari 100um hingga 3.5 um untuk menyelesaikan ciri-ciri tisu yang pelbagai pada resolusi optimum.
Kelebihan BMKManu S3000
-Menggandakan tempat menangkap hingga 4 juta: Dengan resolusi yang lebih baik 3.5 um, yang membawa kepada pengesanan gen dan UMI yang lebih tinggi setiap sel. Ini mengakibatkan pengumpulan sel yang lebih baik berdasarkan profil transkrip, dengan perincian yang lebih baik yang sepadan dengan struktur tisu.
- Resolusi sub-selular:Setiap kawasan penangkapan mengandungi> 2 juta bintik barcoded spatial dengan diameter 2.5 μm dan jarak 5 μm di antara pusat tempat, membolehkan analisis transkrip spatial dengan resolusi sub-selular (5 μm).
-Analisis resolusi pelbagai peringkat:Analisis pelbagai peringkat fleksibel antara 100 μm hingga 5 μm untuk menyelesaikan ciri-ciri tisu yang pelbagai pada resolusi optimum.
-Kemungkinan menggunakan teknologi segmentasi sel "tiga dalam satu slaid":Menggabungkan pewarnaan pendarfluor, pewarnaan H & E, dan penjujukan RNA pada satu slaid, algoritma analisis "tiga-dalam-satu" kami memberi kuasa pengenalpastian sempadan sel untuk transkriptomik berasaskan sel berikutnya.
-Sesuai dengan pelbagai platform penjujukan: Kedua-dua NGS dan penjujukan panjang dibaca.
-Reka bentuk fleksibel 1-8 kawasan penangkapan aktif: Saiz kawasan penangkapan adalah fleksibel, mungkin menggunakan 3 format (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm dan 15 mm * 20 mm)
-Perkhidmatan sehenti: Mengintegrasikan semua pengalaman dan langkah-langkah berasaskan kemahiran, termasuk pemilihan cryo, pewarnaan, pengoptimuman tisu, barcoding spatial, penyediaan perpustakaan, penjujukan, dan bioinformatik.
-Bioinformatik yang komprehensif dan visualisasi hasil yang mesra pengguna:Pakej termasuk 29 analisis dan 100+ angka berkualiti tinggi, digabungkan dengan penggunaan perisian inhouse yang dibangunkan untuk memvisualisasikan dan menyesuaikan pemisahan sel dan clustering tempat.
-Analisis dan visualisasi data yang disesuaikan: tersedia untuk permintaan penyelidikan yang berbeza
-Pasukan teknikal yang sangat mahir: dengan pengalaman di lebih daripada 250 jenis tisu dan 100+ spesies termasuk manusia, tetikus, mamalia, ikan dan tumbuhan.
-Kemas kini masa nyata mengenai keseluruhan projek: dengan kawalan penuh kemajuan eksperimen.
-Analisis bersama pilihan dengan penjujukan mRNA sel tunggal
Spesifikasi perkhidmatan
| Keperluan sampel | Perpustakaan | Strategi penjujukan | Data yang disyorkan | Kawalan kualiti |
| Sampel cryo yang dibebaskan (Diameter optimum: lebih kurang. 6 × 6 × 6 mm³) 2 blok setiap sampel 1 untuk percubaan, 1 untuk sandaran | Perpustakaan CDNA S3000 | Illumina PE150 | 160K PE dibaca setiap 100υm (250 GB) | Rin> 7 |
Untuk maklumat lanjut mengenai panduan penyediaan sampel dan aliran kerja perkhidmatan, sila hubungi aPakar Bmkgene
Aliran kerja perkhidmatan
Dalam fasa penyediaan sampel, percubaan pengekstrakan RNA pukal awal dilakukan untuk memastikan RNA berkualiti tinggi dapat diperolehi. Dalam tahap pengoptimuman tisu, bahagian -bahagiannya berwarna dan digambarkan dan keadaan permeabilisasi untuk pelepasan mRNA dari tisu dioptimumkan. Protokol yang dioptimumkan kemudiannya digunakan semasa pembinaan perpustakaan, diikuti dengan penjujukan dan analisis data.
Aliran kerja perkhidmatan yang lengkap melibatkan kemas kini masa nyata dan pengesahan klien untuk mengekalkan gelung maklum balas yang responsif, memastikan pelaksanaan projek yang lancar.
Data yang dihasilkan oleh BMKManu S3000 dianalisis dengan menggunakan perisian "BSTMATRIX", yang direka secara bebas oleh BMKGENE, menghasilkan tahap sel dan resolusi pelbagai resolusi. Dari sana, laporan standard dijana termasuk kawalan kualiti data, analisis sampel dalaman dan analisis antara kumpulan.
- Kawalan Kualiti Data:
- Output data dan pengedaran skor kualiti
- Pengesanan gen di setiap tempat
- Perlindungan tisu
- Analisis sampel dalaman:
- Kekayaan gen
- Clustering Spot, termasuk analisis dimensi yang dikurangkan
- Analisis ekspresi pembezaan antara kelompok: Pengenalpastian gen penanda
- Anotasi fungsional dan pengayaan gen penanda
- Analisis antara kumpulan
-Pengkaji semula bintik-bintik dari kedua-dua sampel (mis.
- Pengenalpastian gen penanda untuk setiap kelompok
- Anotasi fungsional dan pengayaan gen penanda
- Ekspresi perbezaan kelompok yang sama antara kumpulan
Di samping itu, BMKGENE membangunkan "BSTViewer" adalah alat mesra pengguna yang membolehkan pengguna untuk memvisualisasikan ekspresi gen dan kluster tempat pada resolusi yang berbeza.
Bmkgene menawarkan perkhidmatan profil spatial pada resolusi sel tunggal yang tepat (berdasarkan bin sel atau tong persegi multilevel dari 100um hingga 3.5um).
Data profil spatial dari bahagian tisu pada slaid S3000 dilakukan dengan baik seperti di bawah.
Kajian Kes 1: Otak Mouse
Analisis seksyen otak tetikus dengan S3000 menghasilkan pengenalpastian ~ 94 000 sel, dengan urutan median ~ 2000 gen per sel. Resolusi yang lebih baik 3.5 UM menghasilkan kluster yang sangat terperinci sel -sel berdasarkan corak transkrip, dengan kelompok sel meniru struktur otak yang dibezakan. Ini mudah diperhatikan dengan menggambarkan pengedaran sel -sel yang dikelompokkan sebagai oligodendrocytes dan sel -sel mikroglia, yang hampir secara eksklusif terletak di dalam bahan kelabu dan putih.
Kajian Kes 2: embrio tetikus
Analisis seksyen embrio tetikus dengan S3000 menghasilkan pengenalpastian ~ 2200 000 sel, dengan urutan median ~ 1600 gen setiap sel. Resolusi yang lebih baik 3.5 UM menghasilkan kluster yang sangat terperinci sel -sel berdasarkan corak transkrip, dengan 12 kelompok di kawasan mata dan 28 kelompok di kawasan otak.
Kluster sel analisis sampel:
Pengenalpastian gen penanda dan pengedaran spatial:
-Resolusi sub-selular yang lebih tinggi: Berbanding dengan slaid S1000, setiap kawasan tangkapan S3000 mengandungi> 4 juta bintik barcoded spatial dengan diameter 2.5 μm dan jarak 3.5 μm di antara pusat tempat, membolehkan analisis transkrip spatial dengan resolusi sub-selular yang lebih tinggi (Bin persegi: 3.5 μm).
- Kecekapan penangkapan yang lebih tinggi: Berbanding dengan slaid S1000, peningkatan median_umi dari 30% hingga 70%, median_gene meningkat dari 30% hingga 60%
Skim S1000 Chip:
Skim S3000 Chip:
