Transkriptom Spatial BMKMANU S1000
Skim Teknikal Transkriptom Spatial BMKMANU S1000
Ciri-ciri
● Resolusi: 5 µM
● Diameter Titik: 2.5 µM
● Bilangan tempat: kira-kira 2 Juta
● 3 kemungkinan format kawasan tangkapan: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm atau 15 mm * 20 mm
● Setiap manik berkod bar dimuatkan dengan primer yang terdiri daripada 4 bahagian:
poli(dT) ekor untuk penyebuan mRNA dan sintesis cDNA
Pengecam Molekul Unik (UMI) untuk membetulkan bias amplifikasi
Kod bar ruang
Jujukan pengikatan buku asas jujukan 1 bacaan separa
● H&E dan pewarnaan pendarfluor pada bahagian
● Kemungkinan untuk digunakanteknologi pembahagian sel: penyepaduan pewarnaan H&E, pewarnaan pendarfluor dan penjujukan RNA untuk menentukan sempadan setiap sel dan menetapkan ekspresi gen dengan betul kepada setiap sel.
Kelebihan BMKMANU S1000
●Resolusi Sub-selular: Setiap kawasan tangkapan mengandungi >2 juta Bintik Barcode spatial dengan diameter 2.5 µm dan jarak 5 µm antara pusat spot, membolehkan analisis transkriptom spatial dengan resolusi sub-selular (5 µm).
●Analisis Resolusi Pelbagai peringkat:Analisis pelbagai peringkat fleksibel antara 100 μm hingga 5 μm untuk menyelesaikan ciri tisu yang pelbagai pada resolusi optimum.
●Kemungkinan untuk Menggunakan Teknologi Segmentasi Sel “Tiga dalam satu slaid”:Menggabungkan pewarnaan pendarfluor, pewarnaan H&E dan penjujukan RNA pada satu slaid, algoritma analisis "tiga dalam satu" kami memperkasakan pengenalpastian sempadan sel untuk transkriptomi berasaskan sel berikutnya.
●Serasi dengan Platform Penjujukan Berbilang: Kedua-dua NGS dan penjujukan bacaan lama tersedia.
●Reka Bentuk Fleksibel 1-8 Kawasan Tangkap Aktif: Saiz kawasan tangkapan adalah fleksibel, boleh digunakan untuk 3 format (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm dan 15 mm * 20 mm)
●Perkhidmatan Sehenti: Ia menyepadukan semua pengalaman dan langkah berasaskan kemahiran, termasuk pembahagian krio, pewarnaan, pengoptimuman tisu, pengekodan bar spatial, penyediaan perpustakaan, penjujukan dan bioinformatik.
●Bioinformatik Komprehensif dan Visualisasi Hasil Mesra Pengguna:pakej termasuk 29 analisis dan 100+ angka berkualiti tinggi, digabungkan dengan penggunaan perisian yang dibangunkan dalaman untuk menggambarkan dan menyesuaikan pemisahan sel dan pengelompokan tempat.
●Analisis dan Visualisasi Data Tersuai: tersedia untuk permintaan penyelidikan yang berbeza
●Pasukan Teknikal berkemahiran tinggi: dengan pengalaman dalam lebih 250 jenis tisu dan 100+ spesies termasuk manusia, tikus, mamalia, ikan dan tumbuhan.
●Kemas Kini Masa Nyata pada Keseluruhan Projek: dengan kawalan penuh kemajuan eksperimen.
●Analisis Bersama Pilihan dengan Penjujukan mRNA sel Tunggal
Spesifikasi Perkhidmatan
|
Sampel Keperluan
| Perpustakaan |
Strategi urutan
| Data disyorkan | Kawalan Kualiti |
| Sampel cryo terbenam OCT, 3 blok setiap sampel | Perpustakaan cDNA S1000 | Illumina PE150 (platform lain tersedia) | 100K bacaan PE setiap 100 uM ( 60-150 Gb ) | RIN>7 |
Untuk butiran lanjut tentang panduan penyediaan sampel dan aliran kerja perkhidmatan, sila hubungi aPakar BMKGENE
Aliran Kerja Perkhidmatan
Dalam fasa penyediaan sampel, percubaan pengekstrakan RNA pukal awal dilakukan untuk memastikan RNA berkualiti tinggi boleh diperolehi. Dalam peringkat pengoptimuman tisu bahagian diwarnakan dan divisualisasikan dan keadaan permeabilisasi untuk pelepasan mRNA daripada tisu dioptimumkan. Protokol yang dioptimumkan kemudiannya digunakan semasa pembinaan perpustakaan, diikuti dengan penjujukan dan analisis data.
Aliran kerja perkhidmatan yang lengkap melibatkan kemas kini masa nyata dan pengesahan pelanggan untuk mengekalkan gelung maklum balas yang responsif, memastikan pelaksanaan projek yang lancar.
Data yang dijana oleh BMKMANU S1000 dianalisis menggunakan perisian "BSTMatrix", yang direka secara bebas oleh BMKGENE, menghasilkan Matriks Ekspresi Gen. Dari situ, laporan standard dijana yang merangkumi kawalan kualiti data, analisis sampel dalaman dan analisis antara kumpulan.
● Kawalan Kualiti Data:
Output data dan pengedaran skor kualiti
Pengesanan gen setiap tempat
Liputan tisu
● Analisis sampel dalaman:
Kekayaan gen
Pengelompokan titik, termasuk analisis dimensi yang dikurangkan
Analisis ekspresi berbeza antara kelompok: pengenalpastian gen penanda
Anotasi fungsional dan pengayaan gen penanda
● Analisis antara kumpulan:
Gabungan semula tompok daripada kedua-dua sampel (cth. berpenyakit dan terkawal) dan kelompok semula
Pengenalpastian gen penanda untuk setiap kelompok
Anotasi fungsional dan pengayaan gen penanda
Ungkapan Berbeza bagi kelompok yang sama antara kumpulan
Selain itu, BMKGENE membangunkan "BSTViewer" ialah alat mesra pengguna yang membolehkan pengguna memvisualisasikan ekspresi gen dan pengelompokan tempat pada resolusi yang berbeza.
BMKGene membangunkan perisian untuk visualisasi mesra pengguna
Pengelompokan tempat BSTViewer pada resolusi berbilang peringkat
BSTellViewer: pemisahan sel automatik dan manual
Analisis sampel dalaman
Pengelompokan titik:
Pengenalpastian gen penanda dan pengedaran spatial:
Analisis Antara Kumpulan
Gabungan data daripada kedua-dua kumpulan dan kelompok semula:
Gen penanda kluster baharu:
Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan transkriptomi spatial BMKGene dengan teknologi BMKManu S1000 dalam penerbitan pilihan ini:
Lagu, X. et al. (2023) 'Transkriptomi spatial mendedahkan sel chlorenchyma yang disebabkan oleh cahaya yang terlibat dalam menggalakkan pertumbuhan semula pucuk dalam kalus tomato',Prosiding Akademi Sains Kebangsaan Amerika Syarikat, 120(38), hlm. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Anda, Y. et al. (2023) 'Perbandingan sistematik kaedah transkrip spatial berasaskan penjujukan',bioRxiv, hlm. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
