Penjujukan Amplikon(16S/18S/ITS)

Penjujukan Amplicon (16S/18S/ITS) dengan Illumina ialah kaedah menganalisis kepelbagaian mikrob dengan mengenal pasti profil mikrob mengikut jujukannya dan kemudian cuba menguraikan kekayaan dan kepelbagaian komuniti dalam setiap sampel dan antara sampel. Saluran paip BMKCloud Amplicon (NGS) membenarkan analisis gen 16S, 18S, ITS dan pelbagai fungsi. Ia bermula dengan pemangkasan baca, pemasangan bacaan akhir berpasangan dan penilaian kualiti, diikuti dengan pengelompokan bacaan yang serupa untuk menjana Unit Taksonomi Operasi (OTU) yang digunakan dalam enam bahagian analisis yang berbeza. Anotasi taksonomi memberikan maklumat tentang kelimpahan dan komposisi relatif setiap sampel, manakala analisis kepelbagaian alfa dan beta memfokuskan pada kepelbagaian mikrob dalam dan antara sampel, masing-masing. Analisis pembezaan antara kumpulan mendapati OTU yang berbeza menggunakan kedua-dua ujian parametrik dan bukan parametrik, manakala analisis korelasi mengaitkan perbezaan ini dengan faktor persekitaran. Akhir sekali, kelimpahan gen berfungsi diramalkan berdasarkan kelimpahan gen penanda, memberikan pandangan tentang fungsi dan ekologi dalam setiap sampel.