Exclusive Agency for Korea

Log masuk BMKCloud

Produk

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-Imej Ditampilkan PacBio

Gen rRNA 16S dan 18S, bersama-sama dengan kawasan Internal Transcribed Spacer (ITS), berfungsi sebagai penanda cap jari molekul penting kerana gabungan kawasan yang sangat konservatif dan hiper-pembolehubah, menjadikannya alat yang tidak ternilai untuk mencirikan organisma prokariotik dan eukariotik. Penguatan dan penjujukan kawasan ini menawarkan pendekatan bebas pengasingan untuk menyiasat komposisi dan kepelbagaian mikrob merentas pelbagai ekosistem. Walaupun penjujukan Illumina lazimnya menyasarkan kawasan hiperpembolehubah pendek seperti V3-V4 daripada 16S dan ITS1, ia telah ditunjukkan bahawa anotasi taksonomi unggul boleh dicapai dengan menjujukan panjang penuh 16S, 18S dan ITS. Pendekatan komprehensif ini menghasilkan peratusan yang lebih tinggi bagi jujukan yang diklasifikasikan dengan tepat, mencapai tahap resolusi yang meluas kepada pengenalpastian spesies. Platform penjujukan Single-Molecule Real-Time (SMRT) PacBio menyerlah dengan menyediakan bacaan panjang (HiFi) yang sangat tepat yang meliputi amplikon panjang penuh, menyaingi ketepatan penjujukan Illumina. Keupayaan ini membolehkan penyelidik mencapai kelebihan yang tiada tandingan - pemandangan panorama landskap genetik. Liputan lanjutan dengan ketara meningkatkan resolusi dalam anotasi spesies, terutamanya dalam komuniti bakteria atau kulat, membolehkan pemahaman yang lebih mendalam tentang selok-belok populasi mikrob.

Hubungi Kami

Butiran Perkhidmatan

Bioinformatik

Keputusan Demo

Penerbitan pilihan

Ciri Perkhidmatan

● Platform penjujukan: PacBio Revio

● Mod penjujukan: CCS (dibaca HiFi)

● Penguatan wilayah sasaran diikuti dengan pemautan tandem amplikon sebelum penyediaan perpustakaan loceng HiFi SMRT

Kelebihan Perkhidmatan

●Resolusi taksonomi yang lebih tinggi: Than penjujukan amplikon pendek,membolehkan kadar pengelasan OTU yang lebih tinggi pada peringkat spesies.

●Panggilan asas yang sangat tepat: Penjujukan mod CCS PacBio (dibaca HiFi).

●Bebas pengasingan: Pengenalpastian pantas komposisi mikrob dalam sampel persekitaran.

●Diguna pakai secara meluas: Kajian komuniti mikrob yang pelbagai.

●Analisis bioinformatik yang komprehensif: Pakej QIIME2 terkini (wawasan kuantitatif ke dalam ekologi mikrob) dengan pelbagai analisis dari segi pangkalan data, anotasi, OTU/ASV.

●Kepakaran Luas: Dengan beribu-ribu projek penjujukan amplikon yang dijalankan setiap tahun, BMKGENE membawa lebih sedekad pengalaman, pasukan analisis berkemahiran tinggi, kandungan komprehensif dan sokongan pasca jualan yang sangat baik.

Spesifikasi Perkhidmatan

Perpustakaan	Strategi Penjujukan	Data disyorkan
Amplicon	PacBio Revio	10/30/50 K tag (CCS)

Keperluan Sampel

Kepekatan (ng/µL)	Jumlah amaun (µg)	Isipadu (µL)
≥5	≥0.3	≥20

Penghantaran Sampel yang Disyorkan

Bekukan sampel dalam nitrogen cecair selama 3-4 jam dan simpan dalam nitrogen cecair atau -80 darjah untuk tempahan jangka panjang. Sampel penghantaran dengan ais kering diperlukan.

Aliran Kerja Perkhidmatan

Contoh penghantaran

Pembinaan perpustakaan

Sequencing

Analisis data

Perkhidmatan selepas jualan

Sebelumnya: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Seterusnya: Ujian untuk Kromatin Boleh Akses Transposase dengan Penjujukan Throughput Tinggi (ATAC-seq)

Termasuk analisis berikut:

●Kawalan kualiti data mentah

●OTU clustering/De-noise(ASV)

●Anotasi OTU

●Analisis kepelbagaian Alpha: berbilang indeks, termasuk Shannon, Simpson dan ACE.

●Analisis kepelbagaian beta

●Analisis antara kumpulan

●Analisis korelasi: antara faktor persekitaran dan komposisi dan kepelbagaian OUT

● Ramalan gen berfungsi 16S

Histogram taburan taksonomi

Pokok filogenetik taburan komuniti

Analisis kepelbagaian alfa: ACE

indeks

Analisis kepelbagaian beta: PCoA

Analisis antara kumpulan: ANOVA

Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan penjujukan amplikon BMKGene dengan PacBio melalui koleksi penerbitan yang dipilih susun.

Gao, X. and Wang, H. (2023) 'Analisis Perbandingan Profil dan Fungsi Bakteria Rumen semasa Penyesuaian Kepada Fenologi Berbeza (Hijau Semula vs. Berumput) dalam Biri-biri Merino Alpine dengan Dua Peringkat Tumbuh di Padang Padang Alpine', Penapaian, 9( 1), hlm. 16. doi: 10.3390/FERMENTASI9010016/S1.

Li, S. et al. (2023) 'Menangkap jirim gelap mikrob dalam tanah gurun menggunakan metagenomik berasaskan kultur dan analisis resolusi tinggi', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), ms 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) 'Kesan garam asid lemak terhadap ciri-ciri penapaian, kepelbagaian bakteria dan kestabilan aerobik silaj campuran yang disediakan dengan alfalfa, jerami padi dan dedak gandum', Jurnal Sains Makanan dan Pertanian, 102(4), ms 1475– 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) 'Interaksi antara Biomarker Tekanan Oksidatif dan Mikrobiota Usus dalam Kesan Antioksidan Ekstrak daripada Sonchus brachyotus DC. dalam Tekanan Oksidatif Usus Terinduksi Oxazolone dalam Ikan Zebra Dewasa', Antioksidan 2023, Vol. 12, Halaman 192, 12(1), hlm. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.